Если смотреть на это с точки зрения развития профессионализации, то заметен процесс закрепления биологических дисциплин на естественных отделениях и отказ от их подчиненного медицине положения, которое было нормой в начале XIX в., когда физико-математические факультеты создавались. Кроме того, произошло окончательное отделение минералогии от ботаники и зоологии, а также технологии от сельского хозяйства, физики от химии, физической географии от физики. Любопытно отметить, что процесс этот происходил по мере развития естественных наук и, если можно так сказать, «сверху». И если другие естественные науки, такие как физика, химия или минералогия, оказались логично встроены в физико-математические факультеты, то биология тяжелее сепарировалась от медицины и только в середине XIX в. биологическими дисциплинами (на тот момент ботанико-зоологическими) в профессиональном смысле (ученый-биолог, он же профессор университета, занимающий соответствующую кафедру) стали заниматься, за некоторыми редкими исключениями, выпускники естественных отделений. К началу 1830‑х гг. естественная история разделилась на три ветви, поэтому научное изучение дисциплин оказывалось возможным только при дроблении кафедр и вместе с ними научных специальностей. Это привело к появлению новых кафедр, разделению факультетов на отделения, а также появлению новых разрядов ученых степеней.
Положение о присуждении ученых степеней 1844 г. отражало дифференциацию биологических наук, произошедшую к середине XIX в. Можно отметить, что «главными» науками считались ботаника и зоология, по ним же присуждались магистерские степени. К «второстепенным» относились сравнительная анатомия, физиология животных и растений, по этим наукам степени не присуждались. Докторское достоинство предполагало знание всего комплекса наук, входящих в понятие «естественная история». Впрочем, естествознание оставалось скорее номинальным обозначением комплекса наук о природе, так как в свои права все больше входила дифференциация биологических наук. В первую очередь это касалось выделения из «старых» наук более молодых, которые в силу своей молодости еще не были столь обширны, поэтому часто изучались в качестве дополнительных курсов или отдельных частей тех или иных предметов. Это касается, например, физиологии растений и сравнительной анатомии, так как физиология животных существовала в качестве отдельной кафедры только на медицинском факультете, а ее преподаватели имели степень доктора медицины.
Пополнение корпорации профессоров-биологов в первой половине XIX в., таким образом, шло двумя путями: за счет выпускников медицинских и физико-математических факультетов, однако первый путь оставался основным до 1840‑х гг. После неуспешного итога политики подготовки кадров в 1810–1820‑е гг., в 1830‑е гг. и в начале 1840‑х гг. благодаря Профессорскому институту и стажировкам в Европе были подготовлены профессора-биологи, занимавшие кафедры во всех университетах наряду с теми, кто такую подготовку не проходил. Однако ограничение на выезд в период «мрачного семилетия» и одновременное старение корпорации профессоров-биологов к 1850‑м гг. оказали фатальное воздействие на систему подготовки научных кадров. Все без исключения университеты испытывали кадровый голод в середине 1850‑х гг. В отношении биологов это было особенно заметно, так как университеты либо не могли заместить кафедры, либо имели недостаточно квалифицированные кадры (магистры, а не доктора наук). Более того, ситуация осложнилась тем, что к середине XIX в. медицинские факультеты стали играть меньшую роль в качестве базы для пополнения корпорации биологов. Все это привело к тому, что возникла острая необходимость массовой подготовки значительного числа людей с научными степенями во второй половине 1850‑х гг.
Министерство, понимая сложившуюся ситуацию, сделало все возможное для того, чтобы ее изменить. В конце 1850‑х – 1860‑е гг. оно прикладывало усилия для пополнения научных кадров, в частности это касалось массовых стажировок за рубежом. Анализ данных 30 профессоров ботаники и зоологии (по 15 тех и других), которые работали в университетах в 1860–1870‑е гг. и выезжали на стажировки во второй половине 1850‑х – 1860‑е гг., говорит о том, что среди них за границей не были пять ботаников и три зоолога. При этом среди тех, кто посещал Европу в этот период, четыре ботаника и шесть зоологов сами оплачивали свои путешествия. Очень часто стипендиаты посещали не один университетский город, иногда они старались побывать в максимально возможном количестве университетов, но в основном их интересовал конкретный профессор, чья специальность была наиболее близка к их специальности.