В 638 город был завоеван арабами-мусульманами, многие его святыни разрушены, а на Храмовой горе возведены →мечети Куббат ас-Сахра (691) и аль-Акса (709–715). К XI в. в исламе складывается представление об И. как о третьем по значению священном месте (после Мекки и Медины): кроме общих для христиан, иудеев и мусульман мотивов почитания Авраама, возникает толкование 17-й суры →Корана, в которой говорится, что Всевышний «перенес ночью своего раба (т. е. Мухаммада) из мечети неприкосновенной (т. е. из мечети в Мекке) в мечеть отдаленнейшую», как указывающей на его мистическое путешествие в И.
Ухудшение положения иерусалимских христиан и затруднение паломнических путешествий, в особенности – после прихода к власти династии Фатимидов (вторая половина X в.), стремившихся искоренить христианство и →иудаизм в И., заставляло их обращаться за помощью к единоверцам как на Западе, так и на Востоке. С 1095 освобождение И. стало основной целью →Крестовых походов. В 1099 он был взят войском крестоносцев, основавших Иерусалим ское латинское королевство. Султан Салах ад-Дин (Саладин) сделал основой своей идеологии джихад – священную войну – против крестоносцев, целью которой было возвращение И. под власть мусульман; эта задача была достигнута им в 1187. И. (исключая Храмовую гору), а также Назарет и Вифлеем вновь были возвращены христианам по договору 1229, однако уже в 1244 И. снова был захвачен.
В дальнейшем вплоть до XX в. власть над городом переходила от одних исламских правителей к другим: с 1260 это были мамелюки (представители пришедшей к власти в Египте военной «касты», рекрутировавшейся из числа рабов тюркского, кавказского и славянского происхождения), с 1517 – разгромившие государство мамелюков турки-османы, при которых христианам, как и иудеям, были предоставлены определенные гарантии безопасности и терпимости. С середины XIX в. в Святой Земле появляются дипломатические представительства европейских христианских держав, в т. ч. России, что дает им возможность оказывать поддержку этническим и религиозным меньшинствам и способствует восстановлению древних христианских святынь И. и появлению новых. В И. переселяется также некоторое количество иудеев. Город, население которого прежде не превышало 8 тыс. человек, начинает постепенно разрастаться. Наконец, после Первой мировой войны, в которой Османская империя стала одной из проигравших сторон, И. вошел в зону «Британского мандата» – территории, управление которой международное сообщество поручило Великобритании. В последующие десятилетия И., как и вся Святая Земля, был ареной борьбы между евреями, стремившимися к воссозданию здесь собственного государства (это движение получило название сионистского – по названию Сион) и негативно относившимися к ним арабами и англичанами, в чью задачу входило поддержание порядка.
После Второй мировой войны ООН был предложен план, предполагавший разделение «Британского мандата» на два государства – еврейское и арабское. И., согласно этому плану, должен был находиться под международным управлением; он был полностью окружен территорией предполагаемого арабского государства и соединен с еврейским лишь узким коридором. Однако арабо-израильская война, начавшаяся сразу же после провозглашения еврейского государства в 1948, привела к разделу И. между Израилем и арабской Иорданией, причем его исторический центр – Старый город – отошел к последней. Лишь в 1967, в ходе еще одной войны, израильтяне заняли весь И.; несмотря на то, что отношения между Израилем и королевством Иордания с тех пор значительно улучшились, ООН и многие страны не признают объединенный И. частью Израиля. В 2000 Папа Иоанн Павел II вновь предложил придать И., в котором сконцентрированы святыни трех мировых религий, особый международный статус, который обеспечивал бы «мир и сосуществование» их представителей.
Нынешний Старый город, площадь которого едва достигает 1 кв. км, обнесен стенами XVI в. и разделен на четыре квартала: Армянский (принадлежащий Иерусалимскому Патриархату Армянской Апостольской Церкви – одной из →Дохалкидонских Церквей), Христианский (бывший Латинский, в котором находится храм →Гроба Господня), Еврейский и Мусульманский. Он не включает в себя ни район Офел, находящийся к югу от него на месте города Давида, ни Храмовую гору.