В 30-е XIII в. орден, превратившийся в многочисленную и мощную монашескую структуру, был разделен на провинции; были организованы францисканские школы и развернуто широкое строительство →монастырей и храмов. Так как орден не обладал собственностью, а вся недвижимость, которой он пользовался, принадлежала Римской Церкви, для распоряжения ею Папа Григорий IX назначил прокураторов. Уже в 1230-х в ордене обозначились два течения, по-разному понимавшие заветы Франциска, его отношение к бедности и к строгости соблюдения устава. К середине столетия положение осложнилось также распространением среди братьев гетеродоксального апокалиптического учения Иоахима Флорского (иоахимизма – ожидание эпохи →Святого Духа, которая должна была начаться в 1260 и характеризоваться главенством монахов и «духовным», а не буквальным толкованием Св. Писания) и вопросом о пользе науки и образования. Эти проблемы были разрешены седьмым преемником св. Франциска – св. Бонавентурой, который по праву считается вторым основателем ордена. В 1260 он провел в Нарбонне очередной →капитул ордена, на котором было осуждено чрезмерное увлечение бедностью, начавшей в сознании некоторых заменять все другие →добродетели, поддержано развитие больших монастырских общин, которые изымались из-под власти местного епископата, и подчеркнута необходимость обучения монахов и организации школ и кафедр в университетах (→образование католическое). Однако не все братья разделяли взгляды Бонавентуры. Стремление к абсолютной бедности вскоре вылилось в движение «спиритуалов» («духовных»), которые в своем радикализме полностью отошли от Церкви и были отлучены в 1329 Папой Иоанном XXII. В 1368 →генерал ордена Фома Фриньано разрешил брату Павлу из Тринчи удалиться в скит для более совершенного исполнения (лат. observatio) устава и позднее – принимать послушников. Это движение быстро распространилось: открывались монастыри, объединявшиеся в провинции, а в 1388 у обсервантов появился собственный настоятель, ставший викарием генерала ордена. В 1446 Папа Евгений IV предоставил обсервантам автономию. В 1517 Папа Лев X опубликовал буллу
Действует также ряд женских францисканских институтов как созерцательного, так и деятельного типа, духовно, а часто и юрисдикционно связанных с Ф. той или иной ветви. Первая такая община была основана духовной ученицей св. Франциска св. Кларой Ассизской в 1212; по ее имени члены второго (женского) ордена Ф. называются
1253 Папой Иннокентием IV. Монахини ордена каждый день участвуют в →Евхаристии. Почитание Пресвятой Богородицы выражается у них в различных молитвенных формах, прежде всего – в чтении →Розария. К настоящему времени наиболее многочисленное направление кларисс насчитывает около 8 тыс. монахинь.