Промыслительно, что в самом начале патриаршего служения Алексия II, в 1990 году, в Музее истории религии и атеизма в Ленинграде были обнаружены святые мощи прп. Серафима Саровского. 11 января 1991 года они были перенесены в Богоявленский Кафедральный Собор в Москве, где Патриарх с сонмом архиереев и духовенства совершил праздничный молебен. Все пять с половиной месяцев, что находились в Москве святые мощи прп. Серафима Саровского, у Елоховского собора стояла длинная очередь православных, желавших приложиться к святыне. Перед изнесением мощей из Богоявленского собора 23 июля 1991 года раку с мощами преподобного обнесли вокруг храма в сопровождении многотысячного крестного хода понесли по Спартаковской (Елоховской) и Старой Басманной улицам до храма великомученика Никиты (Владимирской иконы Божией Матери), тогда ещё закрытого для богослужений. Далее святыемощи крестным ходом через Владимир перенесли в возрождающуюся Дивеевскую обитель. Вся Россия участвовала в этом событии – десятки тысяч людей встречали святые мощи по пути их следования. Святейший Патриарх возглавлял этот необыкновенный многодневный крестный ход и торжественные богослужения в Серафимо-Дивеевском монастыре. В 2003 году вся православная Россия во главе со своим Предстоятелем отмечала 100-летие прославления старца. В Саров и Дивеево съехалось множество архиереев со всей России и православного зарубежья. Торжества посетил Президент России В.В. Путин.
После распада Советского Союза Церковь столкнулась с проблемой окормления своей паствы во многих суверенных государствах – странах Союза Независимых Государств. И доказательством силы Матери-Церкви стало сохранение единства церковного организма в этих сложных условиях.
Развивая и укрепляя межрелигиозные связи, можно решить многие проблемы современного мира. Патриарх Московский и всея Руси Алексий II в 2000 году совершил официальный визит в Азербайджан по приглашению Президента Азербайджана Гейдара Алиева и председателя Высшего религиозного совета народов Кавказа Шейх-уль-ислама А. Пашазаде. В этом же году состоялся первый в истории визит Предстоятеля Русской Православной Церкви в Японию. Он прибыл для совершения интронизации епископа Даниила и возведения его в сан Митрополита всей Японии.
Духовно значимыми являются для Его Святейшества паломничества на Святую Землю. Во время посещения Святой Земли в январе 2000 года Святейший Патриарх сугубо молился о ниспослании мира на многострадальную Сербскую землю. Трагедия, разыгравшаяся на Балканах, касается всех нас – людей, сознающих себя православными христианами. Достоинство России, всегда бывшей защитницей православных славян, в наши дни сохраняется благодаря Патриарху всея Руси.
В нынешнем году Русской Православной Церкви возвращены земли на территории Палестины и Израиля, приобретенные в конце XIX века членами Царской Фамилии. На этих землях были обустроены подворья Русской Православной Церкви с гостиницами для паломников. В скором будущем будет отменён визовый режим в государство Израиль, благодаря чему для современных паломников из России будет упрощено паломничество на Святую Землю к Христианским святыням.
Одним из величайших событий в жизни Русской Православной Церкви явилось подписание 17 мая 2007 года Акта о каноническом общении между Русской Православной Церковью и Русской Православной Церковью за границей. Тем самым полностью восстановлено евхаристическое общение и каноническое единство. Этому событию предшествовали многолетние переговоры между двумя ветвями Русской Православной Церкви. Это событие в огромной степени предопределено усилиями Святейшего Патриарха и усилиями Президента России В. В. Путина, который по этому поводу сказал: «Восстановление церковной целости, которое сегодня происходит на наших глазах, имеет не только внутрицерковное значение. Оно является важным духовным стимулом к консолидации всего православного, всего Русского мира. Мира, который был трагически расколот в результате революционных событий и гражданской войны».