Во время войны, писал Джонс, ряд смертей как среди военных, так и среди гражданских был напрямую связан с последствиями вакцинации. Он также отметил, что этой теме были посвящены доклады нескольких военных врачей. Джексон Чемблисс, к примеру, руководивший госпиталем имени Виндера в Ричмонде, задокументировал огромное количество случаев поддельной вакцинации, сопроводив их рисунками местных поражений кожи [45].
В конце войны все эти документы были уничтожены, когда союзная армия захватила Ричмонд и разгорелся пожар. [46]. Согласно Джонсу, эти документы были посвящены «одному из важнейших вопросов во всех отношениях, связанному с благополучием всего человечества» [47]. Джонс решил написать бывшим врачам Конфедерации, разбросанным по послевоенному Югу, и попросил их отправить ему копии сохранившихся отчетов. За исключением нескольких выходивших на то время на Юге медицинских журналов, врачебная профессионализация находилась еще в зачаточном состоянии. Даже у Американской медицинской ассоциации, основанной в 1847 году, собственного журнала не было вплоть до 1883 года. Война же не только привела к созданию Санитарной комиссии, которая облегчила сотрудничество для медицинского сообщества, но и объединила врачей Юга под знаменем Конфедерации. Война свела вместе врачей из самых разных южных штатов, и после войны они занимались сбором, сохранением и консолидацией своих отчетов, а также объединились для создания профессиональной сети, которая способствовала развитию научных идей. Гражданская война закрепила понятие региональной идентичности, объединив врачей, которые в противном случае оказались бы в профессиональной изоляции [48].
Усилия Джонса по воссозданию данных, собранных врачами Конфедерации, обошли послевоенные попытки федерального правительства стереть их с лица Земли. Джонс ни от кого не скрывал, что пытается сделать это. Он также опирался на свидетельства вакцинации, предоставленные врачами Севера. А южане, в свою очередь, цитировали его труды [49]. Джонс, как и Вуд, выступал в защиту научных методов, стоявших за вакцинацией. Он решительно поддерживал предложенную Дженнером технологию и заявлял, что возникавшие в результате вакцинации проблемы были связаны с невежеством и невнимательностью тех, кто проводил процедуру. «Мы не принимаем точку зрения современных противников вакцинации, – писал он, – равно как и точку зрения тех английских врачей, кто пытался обесценить труд и украсть честную славу их бессмертного соотечественника, опускаясь вплоть до того, чтобы высмеивать процесс вакцинации». Он отметил, что российский император в 1811 году и король Вюртемберга (территория современной юго‑западной Германии) в 1818 году объявили обязательную вакцинацию для своих подданных [50]. Как и многие другие врачи девятнадцатого века, Джонс подкреплял свои доводы примерами со всего света. Однако многих «белых» южан, а также федеральное правительство все это не убедило. Джонс же считал, что война предоставила свидетельства, доказывающие эффективность вакцинации, и возможность понять, какие факторы препятствовали ее успешной работе.
Подобно рабству, колониализму и Крымской войне, Гражданская война породила зависимые группы населения, обитавшие на ограниченных территориях. Эти группы населения было удобно изучать. Власти Конфедерации возглавили усилия по вакцинации целой армии. Они начали всеобщую вакцинацию в первую очередь для того, чтобы защитить солдат от биологического врага. Но эта программа также позволила врачам Конфедерации изучать реакцию, которую вакцинация вызывала у разных пациентов. Они получили возможность проверить гипотезу о том, что плохое и недостаточное питание или плохая вентиляция могут привести к ослабленному здоровью, в результате чего организм может странно реагировать на вакцину. Они изучали обоснованность теорий, что путем вакцинации могут передаваться другие болезни. Они узнали, какие организмы производили эффективный материал для вакцин, а какие – нет. Гражданская война создала сеть врачей‑южан, которые могли обмениваться информацией о процессе вакцинации, который в теории предусматривал очень четкие инструкции, но на практике приводил к неожиданным последствиям.