Начальник тюрьмы А. М. Петренко проявил необычайное внимание к немецкому насельнику его учреждения. Помимо создания для него достаточно удобных условий, Петренко часто навещал Руста и много с ним разговаривал. Будучи фронтовиком, встретившим Победу в Берлине, Петренко охотно делился воспоминаниями о войне и живо интересовался современными событиями, так или иначе связанными с Германией.
Внимательное отношение к подсудимому выходило и за тюремные стены. Во время перерывов в судебных заседаниях из тюрьмы доставляли довольно вкусные и разнообразные обеды. Позже Руст вспоминал, что за обедом начальник тюрьмы рассказывал ему об истории Лефортово, о друге и сподвижнике Петра I Франце Лефорте. По просьбе Руста Петренко даже отложил выход на пенсию до того момента, пока судьба немецкого пилота не будет полностью решена.
Непосредственно суд над Рустом проходил три дня, со 2 по 4 сентября 1987 года. Юношу обвиняли в нарушении государственной границы, несоблюдении воздушного законодательства и хулиганстве, создавшем угрозу жизни и здоровью людей при посадке в центре города. На суде, говоря о мотивах своего полета, Руст повторил показания, данные на следствии: совершенные им действия он назвал призывом к миру.
Матиас Руст был приговорен к 4-м годам лишения свободы и еще более года продолжал находиться в Лефортово. Однако в некий день к нему в камеру пришли охранники, принесли штатскую одежду и приказали собираться. В комнате свиданий, куда его привели, Русту зачитали указ об амнистии, подписанный Председателем Президиума Верховного Совета СССР А. А. Громыко. Руст позднее признавался:
После амнистии Руст вернулся в ФРГ, где практически сразу стал мишенью обвинений в безрассудстве. Обвинений, предполагающих судебное разбирательство, ему не предъявляли, но подвергли множеству проверок, по итогам которых лишили его лицензии пилота.
Для советской армии полет Руста стал катализатором перемен, прежде всего в руководящем составе. Своих постов лишились министр обороны Сергей Соколов и командующий ПВО Александр Колдунов. В первые две недели после случившегося в отставку были отправлены в общей сложности более 30 генералов и офицеров более низкого ранга. Среди участников событий распространилось мнение, что Горбачев воспользовался ситуацией, чтобы заменить неугодные ему военные кадры, поскольку волна отставок затронула в первую очередь руководящий состав Министерства обороны. Теория подкреплялась и тем, что на пост министра обороны был назначен лояльный Горбачеву Дмитрий Язов.
Но главный вопрос заключается в самой возможности этого полета. Почему он вообще был осуществлен, почему не был пресечен задолго до приближения «Сессны» к Москве? Если отбросить неподтвержденные теории об участии в подготовке этой акции иностранных спецслужб и об их связи с высшим руководством советского государства, что якобы сделало полет возможным, в сухом остатке окажется целый набор удачно совпавших факторов.
Прежде всего к таким факторам следует отнести выбранную Рустом в качестве прикрытия оживленную трассу Хельсинки — Москва. Продолжают этот список бездействие поднятых на перехват МиГов, учения, проходившие по маршруту следования Руста, ошибочное присвоение метки «свой» и отнесение «Сессны» к нарушителям режима полетов, и, наконец, невозможность активных военных действий в небе над Москвой. Такое совпадение может выглядеть невероятным, но в ситуации с Рустом случилось именно оно, что и позволило полету состояться.
Следует сказать, что за 4 года до полета Руста в советском небе произошла катастрофа, напрямую повлиявшая на ход рассматриваемых событий. 1 сентября 1983 года неподалеку от Сахалина советскими ВВС по ошибке был сбит южнокорейский «Боинг‑747» с 23 членами экипажа и 246 пассажирами на борту. Пилоты «Боинга» неправильно настроили автопилот и не проверили координаты движения, в результате чего самолет отклонился от курса, пересек воздушную границу Советского Союза и пролетел над территориями Камчатки и Сахалина. Исходя из данных радиолокационного наблюдения, советские военные приняли его за американский самолет-разведчик, который некоторое время до пересечения границы сопровождал южнокорейский лайнер. При визуальном контакте летчик поднятого на перехват истребителя Су‑15 также не опознал в нарушителе гражданское судно.