Этот совет подействовал. Когда в 1531 году Мария сменила свою покойную тетку Маргариту Австрийскую на посту штатгальтера Нидерландов, она благоразумно отказалась от своей прежней симпатии к учению Лютера. Но указы и ордонансы Карла не помогли остановить рост религиозных движений, состоящих из инакомыслящих. В сентябре 1540 года Карл и Мария были расстроены тем, что «проклятые секты извращенцев продолжают множиться, а ситуация становится все хуже и хуже».
Сопротивление не утихло даже после издания Карлом в сентябре 1550 года нового указа, известного как «Кровавый указ». Согласно этому указу, местным властям предоставлялась определенная самостоятельность в вынесении приговоров, но сами наказания были ужесточены.
Всем арестованным, независимо от раскаяния во время допроса, выносили смертный приговор без права на помилование. Казнь исполнялась обезглавливанием с последующим сожжением тела еретика на костре. При переезде на новое место жительства человек должен был предъявить документ, выданный священником прихода, в котором этот человек родился, подтверждающий, что данное лицо является католиком и прошло обряд крещения. После того как совет Брабанта выразил недовольство тем, что это требование может отпугнуть иностранных купцов, Карлу пришлось пойти на уступку. В 1555 году штатгальтер Мария доложила о продолжающемся сопротивлении ордонансам в Лилле, Антверпене и прибрежной Фландрии: «Очень мало тех, кто готов сдать преступных еретиков в руки правосудия и говорить правду под присягой… Случается, что дело против них не возбуждается, а их сообщников не ищут».
Сопротивление местных властей в сочетании с тем фактом, что объявлений о публичных казнях сохранилось мало, свидетельствует о том, что казней было относительно немного.
В период с 1523 года до конца XVI века в Нижних Землях судебному преследованию за ересь подверглось приблизительно от 4000 до 8000 человек. Это составляет менее одного процента от общей численности населения. С 1540 года преследование и казни усилились, но репрессии шли волнами. Годы экономических трудностей привели к волнениям среди населения и новым преследованиям. В Нидерландах на костер было отправлено около 1500 последователей реформаторских учений.
Новый император
Карл уже был королем Священной Римской империи, но его императорская коронация откладывалась в течение десяти лет из-за постоянных военных конфликтов. Все изменилось в 1530 году, когда Карл решил заключить договор с папой Климентом VII. После разграбления Рима папа был обязан платить Карлу огромную контрибуцию, но в этот раз Карл предложил выдать свою восьмилетнюю незаконнорожденную дочь Маргариту за папского кузена Аллесандро Медичи, тем самым вернув семье Медичи власть над Флоренцией. За это папа обещал короновать Карла императором, а сам Карл был убежден, что он избран на императорский трон самим Богом.
24 февраля 1530 года, спустя десять лет после того, как был коронован в Ахене как король Священной Римской империи, Карл получил императорскую корону из рук папы.
Церемония состоялась в Болонье, поскольку Рим после разграбления испанскими и немецкими войсками все еще лежал в руинах. Дело осложнялось еще и тем, что османские войска неуклонно приближались и уже стояли лагерем перед городскими воротами Вены. В связи с этим Карл был вынужден согласиться на коронацию в свое тридцатилетие в базилике Сан-Петронио, которая намного уступала размерами базилике Святого Петра в Риме. Карл однажды заметил, что на нем уже столько корон, «что не поднять голову», но это не помешало церемонии в Болонье стать одним из самых важных событий XVI века.
То был последний случай коронации светского правителя главой церкви, и он положил конец семивековой традиции. Церемония открыто отсылала публику к Древнему Риму. Четыре рыцаря держали балдахин из золотой парчи над головой Карла, когда тот, в доспехах и шлеме с изображением золотого орла, держа в руке скипетр, ехал к базилике вдоль триумфальных арок и колонн со статуями римского консула Сципиона и карфагенского полководца Ганнибала. Среди свиты Карла были канцлер Меркурино Гаттинара и граф Нассау-Бреда Генрих III, сменивший сеньора де Шьевра на посту верховного камергера. Их окружала сотня вооруженных солдат.