Через пять дней после своего прибытия Альба учредил печально известный Кровавый суд, выносивший приговоры еретикам и мятежникам. Поначалу Альба скрывал факт создания суда. Но вскоре его намерения стали очевидны, когда он приказал правительнице разрешить Оранскому, Горну и Хоогстратену, бежавшим в Германию, вернуться в Брюссель. Только Горн оказался настолько неразумен, чтобы согласиться на это предложение. 9 сентября 1567 года, на следующий день после прибытия Горна, герцог приказал арестовать и его, и Эгмонта, остававшегося в Нидерландах.
Их арест превратился в драму в двух актах. В день ареста Эгмонт и Горн присутствовали на обеде вместе с многочисленными вельможами по приглашению испанского приора дона Эрнандо, сына Альбы. Во время обеда Альба передал короткое послание для Эгмонта и Горна с предложением навестить его в гостинице Яуче, чтобы обсудить дальнейшие планы. Согласно легенде, дон Эрнандо, который хорошо относился к Эгмонту и сидел рядом с ним за столом, прошептал графу на ухо предупреждение: «Немедленно покиньте это место, господин граф; возьмите самого быстрого коня из своей конюшни и бегите, не медля ни минуты». До сих пор остается загадкой, почему Эгмонт поддался уговорам дворян и остался, ведь граф и раньше говорил, что приезд Альбы его очень угнетает; по словам Гранвелы, Эгмонт настолько нервничал, что почти не ел и не спал: «Я слышал… что с тех пор он настолько мрачен, что ест только в три или четыре вечера, а ночью бродит по своим покоям, на что жалуется его жена».
Возможно, Эгмонт пал жертвой сочетания собственной легковерности и слепого тщеславия, которые убедили его, что он все еще может сыграть важную роль в политическом управлении. Альба тепло приветствовал обоих дворян по прибытии в гостиницу и действительно обсудил с ними и инженером Пьетро Урбино планы строительства новой цитадели в Антверпене. Когда Эгмонт и Горн захотели вернуться домой, их задержала стража герцога, после чего обоих увезли в замок Гравенстен в Генте.
Король был в восторге, услыхав новость об аресте. Маргарита, однако, поняла, что Альба ее использовал, поскольку именно она по просьбе герцога предложила дворянам вернуться. Наместница была в смятении: ее правительство потерпело крупное фиаско, она не одобряла новую политику Альбы.
Маргарита удалилась от дел и вернулась в Италию в конце декабря 1567 года. Это оказалось на руку Альбе, назначенному новым наместником в Нидерландах. Ни одного нидерландского чиновника, умершего, бежавшего или ушедшего в отставку, никем не заменили. По словам Альбы, все важные решения все равно должны приниматься в Испании, отныне Нидерландами будут управлять «из [Испании], а не отсюда».
Кровавый суд работал без выходных, проводя аресты мятежников, кальвинистов и книготорговцев, подозреваемых в продаже еретической литературы. Вызванные в суд должны были явиться в течение восьми дней. Тех, кого признавали виновными, вешали или сжигали. Не явившихся в суд приговаривали заочно, после чего конфисковывали все имущество.
29 марта 1569 года Альба организовал рейд по всем книжным лавкам в Нидерландах. В ходе этого рейда были конфискованы тысячи книг, впоследствии сожженных. В общей сложности Кровавый суд провел около 12 000 судебных процессов против мятежников. У 9000 человек конфисковали имущество, а 1100 обвиняемых суд отправил на эшафот.
Но чем жестче действовал герцог, тем сплоченнее становилась оппозиция. Сопротивление формировалось за пределами городов, беглые повстанцы самоорганизовывались и совершали нападения. В Ронсе и Тильте они штурмовали тюрьмы и освобождали заключенных, но помимо того нападали на испанцев, но у них не повернулась рука калечить католическое духовенство, отрезая священникам уши.
Число беженцев за время правления Альбы оценивается примерно в 60 000 человек. В 1567 году испанский августинец Лоренцо де Вильявисенсио, который был приставлен к испанскому двору в качестве королевского советника по Нидерландам, пытался убедить короля в том, что оккупационная армия в Нидерландах никогда не решит проблему: «Ваше величество не должны поддаваться убеждениям, что фламандцы – звери и пьяницы, потому что они – люди, и если они не таковы сейчас, то однажды станут ими… и даже если они убьют одного из нас, а мы убьем десять из них, они в конце концов с нами разделаются. В любом случае испанцы не смогут управлять этими землями, ибо не владеют языком и ничего не понимают в тамошних законах и обычаях». Но Филипп еще не был готов это принять.
Лидер «Компромисса дворян»