Плантен приехал в Антверпен в пик его расцвета, а после 1566 года вынужден был наблюдать, как город, ставший ему родным, сначала сотрясается от беспорядков, а потом медленно угасает у него на глазах. Он выстроил в нем крупнейший издательский дом Европы. Стал величайшим типографом. Но теперь годы славы, похоже, остались позади. Перед ним встал целый ряд серьезных проблем.
Например, что делать с лейденским филиалом? Оставленные там активы – вовсе не безделица. Даже как филиал эта типография – довольно крупная для своего времени, серьезный капитал. Там недвижимость, оборудование, запасы материала и книг – не надумают ли нидерландские власти конфисковать все вышеперечисленное в качестве мести за то, что Плантен переметнулся к врагу? Он знает, есть конкуренты, которые вполне могут подтолкнуть Генеральные Штаты к такому решению. Необходимо срочно переоформить этот бизнес на кого-то другого. В начале 1586 года Плантен за символическую сумму продает типографию и другое имущество в Лейдене Францу Рафеленгу – единственному кальвинисту в семье. У Рафеленга, имя которого когда-то стояло на антииспанской литературе по заказу Генеральных Штатов, никто не посмел бы это отобрать.
Франц переезжает в Лейден и 3 марта вступает в должность университетского печатника. Затем в 1587 году становится профессором в Лейденском университете. Его будущее гарантировано, он превосходно нашел себя в этом городе. Его сын Кристоф, уже совсем взрослый, управлял всем лейденским бизнесом в то время, когда его дед уже покинул Лейден, а отец еще не переехал туда, а после остался руководить книжной лавкой при университете. Второй сын, Франц-младший, после отца взял на себя управление типографией. На титульных листах изданий стояло