3 июня крейсер «Красный Крым» в охранении эскадренных миноносцев «Сообразительный» и «Свободный» прибыл из Новороссийска в Севастополь с маршевым пополнением и боезапасом. Кроме этого, корабли доставили 8 45-мм орудий, 76 противотанковых ружей, 225 автоматов ППШ, 14 шт. 82-мм и 5 шт. 50-мм минометов, 2009 винтовок и 2 т медикаментов. После этого из Новороссийска в Севастополь прибыла подводная лодка С-32, доставившая 10 т боезапаса и 9 т продовольствия. Стоит обратить внимание на то, что далеко не всегда подводные лодки шли в полной загрузке. В данном случае лодка была загружена всего на 40 %. С чем это связано, сложно сказать.
5 июня из Новороссийска в Севастополь прибыли лидер «Харьков» и подводная лодка С-31, доставив 254 человека маршевого пополнения, 16 человек летного состава, 57 т боезапаса, 8 автоматов ППШ, 12 противотанковых ружей и четыре лейнера: два к 130-мм орудиям и два для 100-мм для береговых батарей № 702 бис (х. Молочный) и 2 бис (Воронцова гора). В тот же день лидер и подводная лодка вышли в Новороссийск. Лейнера к 100-мм орудиям, доставленные подводной лодкой, были найдены в районе 35-й батареи, т. е. скорее всего, замену лейнеров произвести не успели.
7 июня. В этот день из Новороссийска в Севастополь прибыли подводные лодки Л-23 (командир капитан 3-го ранга И.Ф. Фартушный) и Л-24 (командир капитан 3-го ранга Г.П. Апостолов). Они доставили 85 т боезапаса, 50 т продовольствия и 40 т бензина. Т. е. подводные лодки были загружены «под завязку».
Рано утром в Севастополь прибыл транспорт «Грузия» (капитан М.И. Фокин) в охранении эскадренного миноносца «Незаможник» (командир капитан 3-го ранга П.А. Бобровников), базового тральщика «Трал» (командир старший лейтенант Б.П. Фаворский) и четырех катеров МО. Поздним вечером транспорт «Грузия», приняв на борт раненых, эвакуированных, 36 т гильз и 38 т боезапаса для 100-мм орудий, в охранении эсминца «Незаможник», тральщиков «Трал», «Щит» и двух МО вышел из Севастополя в Туапсе.
До сих пор все обходилось. Корабли приходили и уходили почти без потерь. Но следующая потеря флота связана со странной ситуацией. Общепринято писать, что Севастополь не удалось удержать из-за нехватки снарядов. За десять дней обороны СОР выпустил 70 тыс. снарядов, или 2,5 тыс. тонн. На складах еще оставалось порядка 3,2 тыс. тонн, но в основном это были снаряды 45-мм, 76-мм старого образца и корабельный боезапас. В дефиците были 122-мм и 107-мм боезапас. Мало было 85-мм и 76-мм зенитных снарядов. Совсем трудно было с минометными минами. Минометов было очень много, но стрелять было нечем. И вот в этой сложной ситуации, из-за плохой организации приема транспортов Севастополь теряет сразу несколько кораблей.
В 2.40 10.06.1942 г. транспорт «Абхазия» (капитан М.И. Белуха) в охранении эсминцев «Свободный» (командир капитан 3-го ранга П.И. Шевченко) и «Бдительный» (командир капитан 3-го ранга Горшенин), базовых тральщиков «Якорь» (командир старший лейтенант И.В. Коровкин), «Защитник» (командир старший лейтенант В.Н. Михайлов) и трех сторожевых катеров типа МО прибыл из Новороссийска. На переходе конвой подвергся атаке 12 торпедоносцев, продолжавшейся с перерывами около двух часов. Немцы сбросили 24 торпеды, но ни одна из них не попала в цель. Налет был успешно отражен, и в ночь на 10 июня корабли ошвартовались у причала № 3 в Северной бухте. В 5 утра ЭМ «Бдительный», разгрузившись, покинул базу.
Оставшиеся в Севастополе транспорт «Абхазия» и эсминец «Свободный» оказались в сложной ситуации, хотя, в общем, был опыт отстоя транспортов и боевых кораблей в базе в дневное время. Утром транспорт находился у причала в Сухарной балке, имея на борту невыгруженными 168 тонн боезапаса, около 90 тонн авиационного боезапаса (т. е. его выгрузка только началась, было выгружено только продовольствие и личный состав). В это время начался налет авиации. Транспорт попытались накрыть дымзавесой, но по приказу командующего флотом в 6.40 задымление прекратили. В 7 утра опять начали задымление, и опять последовал звонок от командующего (обращаю внимание, по воспоминаниям, звонил лично командующий ЧФ!), так повторялось трижды.
На военно-исторической конференции, посвященной 20-летию начала обороны Севастополя, начальник штаба Севастопольского базового района ПВО И.К. Семенов так вспоминал обстоятельства этого боя: «Однажды товарищ Октябрьский говорит мне: “Семенов, у вас дым идет в сторону немцев, и под ним скрываются немцы”. Второй раз звонит. Я спрашиваю, что делать, он ничего не сказал. В третий раз говорит, что противник накапливает силы и может ринуться в наступление, и приказывает прекратить дымить».
Выгрузка прикрывалась всего одной зенитной 45-мм полубатареей (два 45-мм орудия 552-й зен. бат.). Эсминец, который, по логике, мог прикрыть транспорт, отвели за Павловский мысок.