В 9.15 при налете группы «Не-111» из I/KG100 была потоплена баржа, стоявшая у правого борта судна, а в 9.20 серия бомб попала в «Абхазию». Возник пожар, но транспорт оставался на плаву. Затем последовал налет пикировщиков Ju-87. В 9.35, получив несколько прямых попаданий авиабомб, «Абхазия» начала крениться на правый борт. Личный состав во главе с капитаном покинул транспорт и укрылся на берегу в штольне, опасаясь взрыва боезапаса. Транспорт тонул долго, до вечера, но его уже никто не спасал. Взрыва не произошло, и транспорт сел на грунт с креном в 20 метрах от пирса № 1. Над водой торчали его надстройки и дымовые трубы. Возникает ряд вполне резонных вопросов: почему в течение ночи не был выгружен транспорт? Почему командующий ЧФ дал приказ прекратить задымление? Почему выгрузка не была прикрыта зенитной артиллерией? Ответа на эти вопросы мы, наверное, уже не найдем. «Абхазия» стала последним транспортом, принятым к причалам Сухарной балки. Причин было две: первая – причал оказался заблокированным затонувшим транспортом, а вторая заключалась в том, что вскоре на обороне Северной стороны, похоже, «поставили крест».
Но это была не единственная потеря. Эсминец «Свободный» разгрузился быстро (к 4.30 разгрузка была завершена). Около 9.00 корабль ошвартовался к стенке Павловского мыска, где располагались артиллерийские мастерские. В 9.35 его атаковали 15 самолетов Ju-87. Бомбы упали возле борта. Примерно в 10.30 еще несколько бомб взорвались на расстоянии 5–7 м от кормы. В обшивке образовалось множество пробоин и вмятин, загорелись дымовые шашки. Впоследствии вблизи правого борта произошло еще несколько взрывов, число осколочных повреждений продолжало расти.
Роковой для «Свободного» авианалет начался только после полудня, в 13.15. На эсминец набросились сразу 27 «юнкерсов»: 15 зашли с носа и 12 – с кормы. Обзорность на той точке, где стоял эсминец, с кормы, была ограничена высотами и строениями. Отвлекшись на отражение самолетов с носа, со стороны города, зенитчики не заметили вторую группу, которая зашла с кормы. Они открыли ответный огонь, но было поздно: корабль получил 9 прямых попаданий бомбами весом 100–250 кг. Одна угодила в щит 2-го 130-мм орудия, две в ходовой мостик, одна – в район первой трубы, одна – во 2-е машинное отделение, две – в кормовой мостик и две – в кормовую часть корпуса. Т. е. немецкие самолеты прошлись бомбами по кораблю с носа до кормы. Эсминец был полностью разрушен. Ситуация осложнилась тем, что загорелся мазут, затем начали рваться поднесенные к зенитным орудиям снаряды. Из экипажа 67 человек погибли, многие были ранены, в том числе и командир капитан 3-го ранга П.И. Шевченко. В данной ситуации был отдан единственно правильный приказ – покинуть судно. Вскоре после эвакуации личного состава от пожара взорвались торпеды в первом аппарате, а затем прогремели еще два взрыва – сдетонировал боезапас в кормовых погребах. «Свободный» лег на грунт с креном 50° на правый борт. Носовая надстройка осталась над водой и горела в течение 3 суток. Погиб новейший корабль, который благодаря тяжелому труду морзаводцев только 2.01.1942 г. вступил в строй. Вскоре последовали еще более досадные потери, но об этом чуть позже.
11 июня. В 02.35 транспорт «Белосток» (капитан М.П. Рымкус) в охранении базовых тральщиков «Взрыв» (командир старший лейтенант Н.Ф. Ярмак), «Трал» (командир старший лейтенант Б.П. Фаворский) и трех сторожевых катеров типа МО прибыл из Новороссийска в Севастополь. В 22.15 транспорт «Белосток», отстоявшись днем у холодильника в Южной бухте, в охранении базовых тральщиков «Трал» и «Взрыв», трех сторожевых катеров вышел из Севастополя в Новороссийск.
12 июня в 23.32 из Новороссийска прибыл крейсер «Молотов» (командир капитан 1-го ранга М.Ф. Романов) в охранении эсминца «Бдительный» (командир капитан 3-го ранга А.Н. Горшенин). Крейсер доставил 2998 человек личного состава 138-й стрелковой бригады под командованием майора П.П. Зелинского, вооружение бригады и ее боезапас. В светлое время суток корабли остались на отстой в бухте.
Рано утром 13 июня должен был подойти еще один конвой, в составе которого находился транспорт «Грузия». Конвой в составе транспорта, базовых тральщиков «Щит», «Гарпун» и пяти морских охотников вышел из Новороссийска вечером 12.06.1942 г. Крейсер с эсминцем, вышедшие из Новороссийска много позже, благодаря высокой скорости догнали «Грузию» и в момент начала налета обгоняли ее, двигаясь в 4–5 милях восточнее. Именно в этот момент корабли были атакованы немецкой авиацией. Атаки вражеских бомбардировщиков и торпедоносцев начались в 20.28, т. е. в вечерних сумерках. Обращает на себя внимание то, что корабли были атакованы вскоре после выхода из порта (т. е. на своей территории) и в сумеречное время, чего ранее не бывало. За 29 минут боя (с 20.28 до 20.57) крейсер израсходовал 96 шт. 100-мм, 147 шт. 45-мм, 406 шт. 37-мм снарядов и 1082 12,7-мм патронов.