Вернувшись в том же году с Подолии в Санкт-Петербург и поселившись в северной столице, граф усиленно занялся сочинением и публикацией своих произведений, а с воцарением в 1801 году на Всероссийском престоле государя императора Александра Павловича был принят и всячески обласкан последним: новый русский монарх ценил разносторонние таланты магната из Юго-Западной России, стараясь привлечь его к осуществлению своей программы реформирования и обновления страны. В 1802 году Ян Потоцкий издал в Санкт-Петербурге свой труд: «Histoire primitive des peuples de la Russie avec une exposition complete de toutes les notions locales, nationelles et traditionelles, necessaires a l’intelligence du quatrieme livre d’Herodote» («Первоначальная история народов России с полным изложением местных, национальных и традиционных сведений, необходимых для понимания четвертой книги Геродота»), посвященный им императору Александру Павловичу. Однако произведение подверглось неуместной и необоснованной критике известного историка Августа Людвига Шлёцера (1735–1809), одного из протагонистов «норманской теории» истории России, с кем яростно полемизировал русский гений-энциклопедист Михайло Васильевич Ломоносов (1711–1765). К слову, свое последнее произведение «Нестор. Русские летописи на древнеславянском языке, сличенные, переведенные и объясненные А. Шлёцером» (1802–1805) немецко-русский историк и статистик посвятил равно государю императору Александру I.
Герб Серебряная Пилява рода Потоцких