Аргайл не присоединился к Морею. Он начал собственную кампанию в горных районах, где ему противостояли граф Атолл и Ленноксы. Когда они в конечном счете окружили Аргайла, Мария не стала чинить расправу и оставила за ним его анклав. Затем она занялась базой Морея в Файфе, отрезав его от линии снабжения. 13 сентября в Сент-Эндрюсе она издала манифест, обрушившись на тех, кто, «прикрываясь верой», поднял «волнения», чтобы «самим стать королями». Морей и его союзники ответили ей из Дамфриса, утверждая, что они не предатели и не мятежники, а действуют в интересах Бога, своей королевы и «державы». Их недовольство было вызвано тем, что Мария, выйдя замуж за Дарнли и объявив его королем без согласия парламента, попрала законные права своих лордов.
17 сентября Босуэлл прибыл из Франции в Аймут. Через четверть часа он уже скакал на коне в поисках Марии и ее войска, с которыми встретился в Холируде 20 сентября. Зная, что Сесил приказал схватить и арестовать его в море, Босуэлл нанял известного пирата Уилсона, который должен был доставить его в Шотландию. Тем не менее он принял дополнительные меры предосторожности и сбежал с судна на лодке, захватив с собой шесть или восемь человек. Все вещи пропали, но у него остались кое-какие доспехи и несколько ящиков с пистолетами.
Мария была рада видеть Босуэлла, которому впоследствии отдала всю славу своего успеха. 28-го числа она восстановила его членство в Тайном совете. После Леннокса и Атолла он стал самым близким ее советником. Рэндольф не зря боялся Босуэлла. «В его власти, — говорил он, — причинить больше зла, чем он за всю свою жизнь собирался сделать добра». Однако его возвращение также было на руку Рэндольфу, поскольку провоцировало многочисленные ссоры между Марией и Дарнли по поводу того, кто должен занять должность лейтенант-генерала королевской армии. Мария хотела поставить во главе войска Босуэлла, тогда как Дарнли видел на этом посту своего отца лорда Леннокса. В конечном итоге Леннокса назначили командовать авангардом, а Босуэлл присоединился к Дарнли во главе основных сил армии. В Аргайлшире командующим армией Марии был назначен граф Атолл.
К 4 октября численность королевской армии уже составляла от десяти до двенадцати тысяч человек. Хантли, как сообщал Рэндольф, тоже жаждал мщения и привел «большой отряд с севера». Он «приписывает ниспровержение отца исключительно милорду Морею, хотя это было одобрено самой королевой». Тем временем Босуэлл «берет на себя очень много и много обещает». Мария «больше всего доверяет» Босуэллу, Хантли и Атоллу.
И они ее не разочаровали. 8 октября основные силы королевской армии вышли из Эдинбурга и двинулись к Дамфрису. Мария сопровождала их — по-прежнему в стальном шлеме.
Никакого сражения не случилось. К моменту прибытия армии Морей и его союзники бежали. Они просто перешли границу и скрылись в Карлайле. Отдохнув несколько дней, они двинулись дальше и 16 октября достигли Ньюкасл-апон-Тайна. Просьба Морея к англичанам о подкреплениях осталась без ответа. Тайный совет взвесил все за и против и в конце концов решил, что открытая военная интервенция в Шотландию может привести к неограниченным обязательствам. Поэтому англичане откупились финансовой помощью. Сначала Рэндольф передал 3000 крон леди Морей, а затем Бедфорд вручил ей еще 1500 крон.
Тем временем Аргайл был заперт в Аргайлшире. Он ждал, что теперь Мария обрушится на него, однако этого не случилось. После того как Морей и остальные мятежные лорды сбежали в Англию, она распустила армию. Победа была окончательной. Никогда еще Мария не была настолько могущественной и популярной. Она вышла замуж за Дарнли и тем самым объединила их права на английский трон. Она обратила врагов в бегство, не пролив ни капли крови и без боя. У нее были такие верные и преданные советники, как Босуэлл и Хантли.
Мария добилась успеха потому, что взяла инициативу в свои руки. Пока Елизавета пребывала в замешательстве и английская политика оставалась непоследовательной, она действовала решительно, продемонстрировав завидную смелость и неуемную энергию. Она искусно лавировала в вопросах религии. Умело держала в стороне Англию, чем помешала Елизавете и Сесилу помочь Морею поднять мятеж во второй раз.
Елизавета требовала второго раунда дипломатических переговоров, но Мария не видела в этом смысла. Она больше не позволит иностранному правителю вмешиваться во внутренние дела ее страны или в борьбу с мятежниками, которых она собиралась сурово наказать. Об этом Мария сообщила английской королеве в решительном заявлении, которое вручила Рэндольфу 7 сентября. Никогда еще Елизавета так не сердилась на кузину и не была так разочарована в ней, как после получения этого письма.