На церемонию награждения в Эдинбург приехала большая делегация. Посла Карла IX сопровождал посол кардинала Лотарингского — дяди Марии, который привез необычное письмо от папы римского, поздравлявшего ее и Дарнли с официальным восстановлением католицизма. Разумеется, подобных попыток даже не делалось, и из документов, хранящихся в архивах в Симанкасе, мы знаем, что письмо понтифика было результатом визита Яксли в Испанию, где Дарнли воспринимали как человека, который повернет вспять шотландскую реформацию.
За день до награждения Дарнли собрал столько шотландских лордов, сколько смог, и пригласил всех на мессу. Но приглашение приняли только католики. Протестанты, в том числе Босуэлл и Хантли, отказались. Дарнли потерял самообладание. Он удалился из зала на первом этаже дворца и заперся, угрожая выбросить ключ. Мария спустилась из своих апартаментов, чтобы узнать причину криков мужа. Желая избежать скандала, она попыталась успокоить Дарнли, поведение которого становилось все более оскорбительным. Она даже взяла за руки Босуэлла и Хантли, своих самых верных сторонников, и попыталась отвести их на мессу. Но они вновь отказались. Тем не менее Дарнли громогласно объявил, что собирается восстановить торжественную мессу в соборе св. Джайлса в Эдинбурге — эти слова точно довели бы Нокса до апоплексического удара, если бы он их услышал.
В итоге Мария не смогла остаться в стороне. Конечно, Дарнли стал поборником католицизма только для того, чтобы добиться международного авторитета, но тем не менее он разбудил совесть королевы. В сущности, он использовал искренние религиозные убеждения Марии, чтобы заронить в ее сознание мысль о том, что она предает свою церковь и своих собратьев-католиков, пойдя на компромисс, лишающий их права на публичные богослужения. Эта мысль особенно остро проявилась тогда, когда ее муж демонстрировал свой псевдокатолицизм перед важными иностранными дипломатами.
Возможно, имелись и другие причины, убедившие Марию повернуть к католицизму? Вне всякого сомнения, и главной из них было влияние семьи Гизов. Когда посол ее дяди, все еще недовольного политикой шотландской королевы, сердечно поздравлял ее с восстановлением католической веры в Шотландии, в глубине души она понимала, что подвела свою семью, а также своих братьев во Христе.
Еще одна причина заключалась в том, что Мария была в положении — на пятом месяце. Каковы бы ни были недостатки Дарнли, но ребенка он зачал быстро. Первым о беременности королевы узнал Кастельно. Он обратил внимание, что Мария кутается в мантию даже в помещении, перестала ездить верхом, и ее все чаще видели в паланкине. Ее мучила тошнота и боли в животе, которые Рэндольф называл возвращением «ее старой болезни». Однако на этот раз это были первые месяцы беременности. Мария пять дней не выходила из своей комнаты и не вставала с кровати. Затем даже Рэндольф понял, что слухи верны. Он сразу же стал проявлять повышенный интерес к менструальному циклу Марии, подкупая служанок, чтобы получать самую свежую информацию.
Во время торжественной мессы в праздник Сретения Господня Мария и Дарнли поднесли свечи к алтарю королевской часовни в Холируде в сопровождении Леннокса, Атолла и еще трехсот человек. Наконец Дарнли получил то, что хотел. Мария даже пообещала, что «сделает мессу доступной для всех, кто пожелает ее слушать». Это было очень важное заявление, тут же подхваченное протестантами и вызвавшее общий испуг. Через неделю после награждения Дарнли с друзьями бродил по Хай-стрит в Эдинбурге, хвастаясь, что они одним ударом уничтожили шотландскую реформацию.
Но Мария не была рабыней Дарнли. Рэндольф еще этого не понимал, но брак шотландской королевы дал трещину. Первые «разногласия», или ссоры, возникли между молодоженами по поводу соперничества Леннокса и Босуэлла, желавших возглавить королевскую армию в походе против Морея. Впоследствии Леннокс утверждал, что критический момент наступил «где-то в ноябре» 1865 г., когда Мария «внезапно переменилась» к его сыну. К тому времени она уже знала, что беременна, и, вероятно, решила, что теперь, когда Дарнли выполнил свое назначение, потакать всем его капризам больше нет необходимости.
Ситуация обострилась в декабре, когда Мария простила Шательро и его семью, давних врагов Ленноксов, за участие в мятеже Морея. Ленноксы были в ярости. Дарнли прямо заявил Марии, что как ее муж и повелитель запрещает дальнейшие помилования. Еще никто так не говорил с Марией и при этом остался безнаказанным. Ее реакция была предсказуемой. Она не подчинится человеку, который был никем и которого она сама возвысила.