Глазго кишел вооруженными сторонниками Дарнли, и визит Марии туда был настолько опасен, что королева нуждалась в постоянном присутствии телохранителей. Босуэлл и Хантли проводили ее до Каллендер-хауса, дома лорда Ливингстона, одного из ее бывших опекунов и отца одной из четырех Марий. После этого охрану королевы обеспечивали Гамильтоны, родственники и сторонники изгнанного герцога Шательро и злейшие враги и соперники Ленноксов, вследствие чего они являли собой идеальную защиту от любых попыток похищения принца.
Мария выехала из Эдинбурга 20 или 21 января и прибыла в Глазго 22 января. Она направилась прямо в комнату к больному Дарнли. В те времена уже было известно, что сифилис заразен, но Мария не собиралась прикасаться к мужу и поэтому пошла на риск контакта с больным. Причиной была не любовь к мужу и не забота о его здоровье. Чтобы предотвратить возможный переворот, она решила поселить Дарнли в Крейгмилларе, всего в нескольких милях от Холируда, где хозяин замка, католик сэр Саймон Престон, был беззаветно предан Марии и при необходимости держал бы под домашним арестом ее отбившегося от рук мужа.
Действия Марии не имели никакого отношения к встрече в замке Уиттингем. Она даже не подозревала о заговоре лордов. Ее просто беспокоили полученные сообщения о намерении Дарнли украсть Джеймса, а ее саму заточить в тюрьму. Во время свидания с Дарнли она использовала его известные слабости. Мария предъявила ему обвинения, основываясь на сведениях Уокера и Хейгейта, а когда он несколько раз отверг их, притворилась, что поверила, чтобы усыпить его бдительность. Нарциссизм Дарнли был столь силен, что он отказывался признавать любые обвинения в заговоре и вместо этого выставлял себя жертвой.
Мария немного посидела у его постели, и в следующие пару дней навестила больного еще несколько раз. Однако Дарнли с маниакальным упорством отказывался ехать вместе с ней в Эдинбург. Наконец она сделала то, что должно. Иногда говорят, что Мария, обладая более сильным характером, могла командовать своим безвольным мужем, когда они оставались наедине. Главным оружием Марии всегда было обаяние, и в данном случае его оказалось достаточно. Чтобы взять верх над Дарнли, ей требовалось доказать свою любовь к нему единственным способом, который понимала его похотливая и испорченная натура. И она обнадежила его в том, что касается интимных дел, как только он поправится, но при условии возвращения вместе с ней в Крейгмиллар.
Мария хотела любым способом вернуть Дарнли в Эдинбург, где можно будет следить за каждым его шагом. А в том случае, если он планирует переворот, нужно разлучить его с кланом Ленноксов, окопавшимся в своих цитаделях в Глазго и Дамбартоне. У Марии была своя цель — достичь окончательного династического соглашения с Елизаветой. По сравнению с этим все остальное представлялось второстепенным. У нее был мотив держать Дарнли под домашним арестом, но не убивать его. Если Дарнли убьют, то все, о чем мечтала Мария с момента возвращения из Франции, будет потеряно, поскольку Елизавета тут же прервет переговоры и даже потребует возмездия. Дарнли, несмотря на все свои недостатки, все же был ее родственником.
Ситуация, сложившаяся после крестин принца, была чрезвычайно сложной и запутанной. Существовали три независимые интриги. Дарнли и Ленноксы планировали заговор, чтобы заточить Марию в тюрьму и править от имени принца Джеймса. Мария, поощряемая Босуэллом и его союзниками, хотела привезти мужа в Крейгмиллар, где можно будет контролировать его. Это позволяло Марии получить то, в чем она нуждалась: передышку до окончательного примирения с Елизаветой. И наконец, существовал заговор с целью убийства Дарнли, готовящийся в замке Уиттингем. Мортон и Дугласы жаждали отомстить Дарнли, а Босуэлл видел в этом возможность занять его место. Заговорщики планировали убить Дарнли, и произойдет это в Крейгмилларе или другом месте, не имело значения. Единственным местом во всей Шотландии, где попытка убийства была невозможна, был Глазго, находившийся во власти Ленноксов и их вассалов.