Женщины узнали кого-то, кто был близок к вершинам власти. Но главным в их свидетельствах является не то, что они ставят все новые вопросы, а сам факт, что информацию из этих показаний умалчивали. Подробно записанные клерком для Тайного совета, они никогда не были использованы. В 1568 г. эти документы даже привезли в Англию и показали Сесилу, но на этом все и закончилось. К тому времени версия прикрытия была гораздо важнее истины — для всех участников этой драмы, за исключением самой Марии.
Показания женщин датированы «11 февраля 1567», на следующий день после взрыва, что никак не свидетельствует о медленной реакции королевы. Мария призвала к тщательному расследованию, потребовав быстрого и сурового наказания убийц. К несчастью для ее репутации, система уголовного наказания в Шотландии находилась под контролем Тайного совета. И маловероятно, что Тайный совет будет действовать эффективно или беспристрастно, когда почти половина его членов были либо подстрекателями преступления, которое им предстояло расследовать, либо втайне попустительствовали ему. Что касается женщин из соседних с Кирк-о-Филд домов, то именно эти лорды скрыли важные свидетельские показания.
Мария была в ужасе. Ей казалось, что преступники покушались на нее и что она станет следующей жертвой убийц. Поскольку Холирудский дворец всегда считался не слишком безопасным местом, Мария решила снова переехать в Эдинбургский замок, как после убийства Риццио. Переселение, для которого потребовалась сотня мулов и телег, нагруженных одеждой, постельным бельем и мебелью, не говоря уже о документах и личных вещах, должно было занять почти целый день.
Только через два дня после взрыва Мария приказала вывесить на Маркет-Кросс в Эдинбурге объявление, в котором предлагалась награда 2000 фунтов за информацию об убийцах. Кроме того, первому из виновных, который признается и даст свидетельские показания королеве, будет даровано прощение. Этому шагу предшествовали продолжительные дебаты в Тайном совете, во время которых Мария сама выдвинула идею о прощении в надежде раскрыть загадочное убийство. Но даже такое щедрое предложение не дало результатов. Наоборот, оно разочаровало публику и вызвало новую волну слухов и разнообразных предположений о взрыве и злоумышленниках.
В большинстве своем подозрения были направлены на Босуэлла. За очень короткое время он высоко поднялся в глазах Марии. Босуэлл был ее самым верным и деятельным сторонником; в то же время он был заносчив и непопулярен. Вскоре появились слухи, что он входил в число убийц Дарнли, и причиной этих слухов были действия его слуг — люди видели, как они катили бочонки с порохом. Слухи подогревались тем обстоятельством, что когда Босуэлл в качестве шерифа Эдинбурга прибыл к Кирк-о-Филд, то приказал всем вернуться домой и запретил зевакам разбирать развалины в поисках улик. Он также не разрешил тщательно осмотреть труп Дарнли.
Кампания по очернению Босуэлла началась в ночь на 16 февраля. За одну ночь неизвестные развесили множество обличительных листовок на стенах церквей и других общественных зданий. По ночам на улицах раздавались голоса, «исполненные раскаяния и жалости» и призывающие к отмщению — все это создавало атмосферу страха и тревоги. Призрачная фигура бродила по улицам Эдинбурга, обвиняя Босуэлла в том, что он убил короля. За всем этим стояла фракция Ленноксов. Начиналась еще одна кровавая распря, и Ленноксы искусно сыграли на настроениях общества. Чтобы заявить о своих подозрениях во всеуслышание, они приказали по ночам вывешивать на воротах и разбрасывать по переулкам и тупикам изображение человека, похожего на Босуэлла, с надписью: «Вот убийца короля». Были и подстрекательские надписи, худшая из которых: «Прощай, милый Генрих. Отмщение Марии».
Мария приказала своему послу в Париже любой ценой добиться благосклонности Екатерины Медичи. Это было легче сказать, чем сделать. Весть об убийстве достигла Парижа уже 19 февраля, и около двух недель Марию считали невиновной. 21 февраля венецианский источник описывал взрыв как протестантский заговор с целью убийства Марии и Дарнли. Целью заговора был долгосрочный период регентства, чтобы мятежные лорды могли править от имени принца Джеймса, которого воспитают как кальвиниста.
Но общественное мнение быстро изменилось. Взрыв считался ужасным преступлением, и с трудом верилось, что Мария, обладая такой властью, ничего не знала о нем. Публичные обвинения Босуэлла усилили подозрения, особенно дипломатов, которые видели, как он командовал всеми во время крестин. Моретта, который уже прибыл в Париж через Лондон, был в числе тех, кто не устоял перед силой слухов — он еще не обвинял Марию, но уже не оправдывал ее. У дю Крока, который покинул Шотландию за три недели до убийства и которому теперь приказали вернуться, тоже возникли подозрения. Оглядываясь назад, он начал по-новому осмысливать то, что видел в Шотландии, и его воспоминания о ссорах между Марией и Дарнли приобрели зловещую окраску.