Вскоре общественное мнение обратилось против самой Марии. Ее посол в Париже сообщал, что взрыв шокировал всю Европу. Рассказывали, что она «стояла за всем этим и что все было сделано по ее распоряжению». Ее роль бурно обсуждалась во Франции и «по большей части интерпретировалась в дурном смысле». Екатерина Медичи не испытывала к ней дружеских чувств, и от нее отреклись даже Гизы. Теперь очень важно, настаивал посол, проявить «великие достоинства, благородство и твердость, которыми наделил Вас Господь… [и] такое благоразумие, чтобы весь мир мог объявить о Вашей невиновности… без страха перед Богом или человеком». В противном случае лучше бы Мария погибла сама. Подобные слова — неслыханная дерзость в отношении королевы, но худшее было еще впереди. Екатерина и ее сын, Карл IX, выдвинули ультиматум. Если Мария не накажет убийц, они будут считать ее опозоренной. Вернулась старая вражда между Екатериной и Марией.
И как будто этого было мало, Марию предала ее семья, отказавшаяся трактовать сомнения в ее пользу. Она уже мягко пеняла герцогу Немуру, который присутствовал на ее свадьбе с дофином и недавно женился на ее вдовствующей тете, Анне д’Эсте, что родственники теперь пишут ей не так часто, как должны бы. Вероятно, Мария почувствовала, что ей нанесли удар в спину, когда ее дядя, кардинал Лотарингский, написал примирительное письмо Морею. Он предложил забыть о разногласиях и объединиться, чтобы восстановить в Шотландии порядок и приличия. Кардинал направил своего представителя Клерно в Эдинбург, чтобы тот лично вручил тайное послание Морею. Дядя полностью проигнорировал племянницу — и уже не в первый раз.
Даже католики покинули Марию в трудную минуту. Воодушевленный усердием Дарнли во время его награждения орденом св. Михаила, папа назначил епископа Мондови папским нунцием в Шотландии. По рекомендации Тайного совета Мария отказалась принять его. Епископ добрался только до Парижа и остался там. Узнав об убийстве, он начал действовать, убежденный, что причиной падения Марии стали ее неспособность восстановить мессу и избавиться от своих протестантских советников. Он утверждал, что все это предсказывал заранее. Если бы Мария присоединилась к соглашению Католической лиги между Францией и Испанией в Байонне, то «теперь была бы полной хозяйкой в своем государстве, с властью, позволяющей восстановить святую католическую веру. Однако она никогда не желала этого слушать». Во всем случившемся, твердо верил он, виновата только Мария, перешедшая на сторону еретиков.
Последний удар нанесла Елизавета. Катастрофа наступила через месяц после смерти Дарнли, когда Мария получила письмо от английской королевы, доставленное Генри Киллигрю, зятем Сесила. Мария, одетая в траур, приняла его в затемненной комнате Эдинбургского замка. «Я не мог видеть ее лица, — впоследствии докладывал он Сесилу, — но если судить по ее речам, она казалась очень печальной и приняла письма и сообщение моей госпожи с благодарностью, которая, не сомневаюсь, будет выражена в ответе, который я надеюсь получить в течение двух ближайших дней».
Либо Киллигрю прибег к дипломатическому жаргону, либо в комнате было так темно, что он не мог видеть истинную реакцию Марии. Она едва сдерживала слезы. В письме, которое Елизавета написала сама, а не по настоянию Сесила, английская королева не выбирала выражений:
Мадам, мои уши отказываются слушать, мысли мои в смятении, а сердце потрясено сообщением об ужасном убийстве Вашего мужа. Я с трудом нашла в себе силы написать Вам. Тем не менее я должна выразить Вам мое сочувствие в постигшем Вас горе и высказать Вам откровенно — я больше горюю о Вас, нежели о нем. О, мадам, я не выполнила бы свой долг верной кузины и преданного друга, если бы говорила Вам только приятное и не старалась сохранить Вашу честь. Я должна высказать Вам то, что думает весь мир. Люди говорят, что вместо того, чтобы искать убийц, Вы смотрите сквозь пальцы и позволяете им скрыться, что Вы не наказываете тех, кто оказал Вам такую огромную услугу… Я советую Вам принять это дело близко к сердцу, так, чтобы Вы не опасались затронуть даже того, кто ближе всех к Вам, если он в этом замешан…