В мусульманском мире воцарение женщины, вдобавок еще и бывшей рабыни, было воспринято крайне негативно. К месту можно привести хотя бы слова аббасидского халифа Абдуллаха аль-Мустасима, который писал эмирам Египта: «Если среди вас нет ни одного мужчины, достойного стать султаном, то я пришлю вам такого, ибо горе народу, управляемому женщиной». Сирийские эмиры отказались признавать власть Шаджар ад-Дурр, тем более что у них был кандидат в правители из рода Айюбидов (Салах ад-Дин Юсуф II ибн Мухаммад), а бедуины Верхнего Египта подняли восстание, продлившееся целых три года. Айюбидские султаны были независимыми правителями, которые вершили дела, не оглядываясь на Багдад, но тем не менее формальное признание их полномочий халифом имело важное значение, поскольку придавало правлению легитимность. Поняв, что с женщиной на престоле им не будет добра, мамлюкские эмиры решили сделать султаном Айбека, который хоть и не принадлежал к наиболее видным бахритам, но всех устраивал. Передача власти была организована следующим образом – Айбек женился на Шаджар, которая отреклась от престола в его пользу (ее правление, вызвавшее столько возмущения, длилось всего два месяца). Айбек объявил себя представителем халифа, что должно было успокоить Багдад, а для усмирения сирийских и прочих Айюбидов дали в соправители правнука аль-Камиля по имени Шараф Музафер ад-Дин Муса, которому было то ли шесть, то ли десять лет. Однако это не избавило от недолгой войны с Айюбидами, закончившейся победой мамлюков.
После своего отречения Шаджар ад-Дурр не устранилась от государственных дел, а продолжала активно в них принимать участие. До поры до времени Айбеку приходилось с этим мириться, поскольку Шаджар имела поддержку в кругах немамлюкской знати, чем была очень полезна. Бахриты возвели Айбека на престол и разбирались с его врагами, будь то Айюбиды или восставшие бедуины, но в то же время они представляли угрозу. Айбек прекрасно понимал, что лидеры бахритов рассматривают его как временного правителя. В 1253 году, после того как бахриты подавили восстание в Верхнем Египте, Айбек коварно убил их предводителя Фариса ад-Дина Актая. Он пригласил его на совет, обезглавил и сбросил голову свите, дожидавшейся своего хозяина у стен Цитадели. После этого все видные бахриты бежали в Сирию к Салах ад-Дину Юсуфу II и вся власть сосредоточилась в руках Айбека и «помогавшей» ему Шаджар.
В 1257 году Айбек собрался жениться на дочери айюбидского эмира Мосула Бадра ад-Дина Лулу. Этот брак означал политический союз с влиятельным правителем, поддержка которого много значила для Айбека, опасавшегося возвращения бежавших мамлюков с сирийским войском. Шаджар, заставившая Айбека развестись с его первой женой, восприняла намерение взять еще одну жену как предательство. 10 апреля 1257 года шестидесятилетний султан Айбек был задушен в бане, куда отправился после игры в поло.
Шаджар ад-Дурр не могла занять престол, а найти замену Айбеку ей не удалось – потенциальные кандидаты боялись и мамлюков Айбека, и коварства Шаджар ад-Дурр. Представить смерть Айбека как естественную тоже не удалось. 16 апреля Шаджар ад-Дурр и убийцы султана были взяты под стражу. Шаджар ад-Дурр заключили в Красную башню каирской цитадели, где она и оставалась до 28 апреля, когда ее обнаженное тело нашли в крепостном рву. Обстоятельства гибели Шаджар ад-Дурр остались неясными. Согласно наиболее распространенной версии, ее забили до смерти наложницы Айбека, но скорее всего к убийству приложили руки те, кому она служила помехой…
Предание гласит, что в заточении Шаджар ад-Дурр занималась перетиранием своих драгоценностей в ступе, не желая, чтобы они достались кому-то после ее смерти. Вряд ли она смогла растолочь алмазы, рубины и изумруды, разве что жемчуг, который дал ей имя.
После гибели Айбека султанский престол перешел к его пятнадцатилетнему сыну от первой жены аль-Мансуру Нур ад-Дину Али, который правил лишь номинально, поскольку реальная власть сосредоточилась в руках мамлюкских эмиров во главе с аль-Маликом аль-Музаффаром Сайф ид-Дином Кутузом и султанским атабеком Аламом ад-Дином Санджаром аль-Халаби. Кутуз принадлежал к мамлюкской группировке муиззи, поскольку возвысился при Айбеке, полное имя которого было аль-Малик аль-Муизз Изз ад-Дин Айбек ат-Туркмани ад-Джашнакир ас-Салихи, а Санджар был главой салихийя, мамлюков, служивших султану ас-Салиху Айюбу. Был еще третий влиятельный эмир мамлюков – Санджар аль-Гатми, предводитель остававшихся в Египте бахритов. Разумеется, три льва не могли ужиться вместе – должен был остаться кто-то один.