Большим подспорьем для Мехмеда-паши стала поддержка мамлюкских беев, которые играли важную роль в жизни Египта. Ни один правитель не мог добиться чего-то значимого без поддержки местной знати. Беи были не только крупными землевладельцами, но и командирами ополчения, которое регулярно пополнялось за счет покупки новых мамлюков. Принято считать, что регулярные войска превосходят ополченцев по всем параметрам, но мамлюкские ополченцы были мотивированы лучше османских солдат и не уступали им по части вооружения (разве что не имели тяжелых пушек). Пожалуй, Кул Кыран Мехмед-паша стал последним из наместников, выстроившим хорошие взаимоотношения с мамлюками.
В 1623 году османские командиры, поддерживаемые мамлюкскими беями, выступили против нового бейлербея Чештеджи Али-паши и потребовали от султана Мурада IV, недавно взошедшего на престол, восстановить в должности прежнего наместника Кара Мустафа-пашу. Это требование также поддержала часть египетских чиновников. В результате Мустафа-паша приказал стрелять из пушек по кораблю, на котором находился Али-паша. Одиннадцатилетний султан Мурад, сын Ахмеда I, находился под опекой своей матери Кёсем-султан, которую ситуация в дворцовых кругах заботила гораздо больше египетских дел, поэтому в феврале 1624 года полномочия Кара Мустафа-паши были подтверждены Стамбулом. Так создался весьма опасный прецендент – «египтяне» сами решили, кто должен ими управлять.
В 1631 году этот прецендент имел продолжение. Бейлербей Коджа Муса-паша, по происхождению босниец, с первых дней правления начал проявлять решительность, часто переходившую в жестокость. Султанский наместник имел право выносить смертные приговоры, но мало кто пользовался им так часто, как Муса-паша. Жестокость сочеталась у Мусы-паши с такими злоупотреблениями, как кумовство, мздоимство и необоснованные отъемы имущества. В марте 1631 года султан Мурад IV приказал Мусе-паше отправить войско для очередного похода на Иран. Паша поручил командование этим войском мамлюкскому эмиру Китас-бею. Для сбора средств на экипировку и перевозку войска наместник ввел дополнительный налог, но якобы не смог собрать нужную сумму. Китас-бей выразил недовольство тем, что египетское войско не станет участвовать в походе (а сам он лишится богатой добычи), и обвинил пашу в присвоении собранных средств. Муса-паша приказал убить Китас-бея. Жестокое убийство произошло 9 июля 1631 года, в день Арафы, в памятный день, который положено отмечать благими поступками. Люди наместника набросились на Китас-бея, один снес ему голову ударом топора, а остальные изрубили бездыханное тело бея на куски, и все это произошло на глазах эмиров. Дело закончилось тем, что эмиры при поддержке общества вынудили султана назначить в Египет нового бейлербея – Халила-пашу, который показал себя справедливым и мягкосердечным правителем. Примечательно, что 1 апреля 1633 года, в день окончания полномочий Халила-паши, каирские торговцы в знак траура закрыли свои лавки.
С течением времени власть султанских наместников ослабевала все сильнее и сильнее, пока не стала сугубо формальной. Султаны предпочитали не вникать в египетские дела, для них было важно своевременно получать из Египта положенную дань. Наместники там сменялись часто – за три столетия около ста пятидесяти человек. С одной стороны, длительное пребывание в должности способствовало расцвету злоупотреблений, а с другой, на каждого бейлербея султану поступало множество жалоб как от тех, чьи права были ущемлены, так и от многочисленных интриганов. Пятилетняя служба в должности бейлербея считалась продолжительной, а Хадима Сулеймана-пашу, который управлял Египтом одиннадцать лет и еще два года после небольшого перерыва, можно назвать рекордсменом.
Наряду с бейлербеями в источниках часто упоминаются каймакамы. Каймакам – это заместитель, который заменяет великого визиря или наместника во время его отсутствия или болезни. Между смещением прежнего бейлербея и прибытием нового могло пройти довольно много времени. В период временного безвластия на место бейлербеев заступали каймакамы. Нужно помнить, что в новой армии, которая в 1826 году, по воле султана Махмуда II, заменила распущенный им корпус янычар, каймак был старшим офицером, соответствующим европейскому подполковнику. А в шестидесятых годах XIX века в результате административно-территориальной реформы, каймакамами сначала стали называть правителей санджаков, а затем правителей каза (территориальной единицы третьего уровня).