На протяжении тысячелетий Египет был сельскохозяйственной страной, но новые времена требовали развития промышленности. И паша сделал для этого многое. Нельзя сказать, чтобы его стараниями Египет превратился в передовую промышленную державу, но, во всяком случае, египтяне начали самостоятельно перерабатывать производимую сельским хозяйством продукцию, попутно развивая другие отрасли промышленности, в частности, литейную и оружейную. Оружия для реформированной египетской армии, которую Мухаммед Али-паша сделал регулярной и комплектовал с помощью введенной воинской повинности, требовалось много, ведь численность ее составляла около двухсот тысяч человек. Много? Совсем нет, ведь в перспективе предстояло полностью освободиться от османского сюзеренитета, помня и о недавнем французском нашествии. Паша был не из тех, кто склонен торопиться, поэтому до поры до времени он демонстрировал покорность султанскому престолу, в частности отвоевал Хиджаз у захвативших его саудовских эмиров, считавших османского султана лжехалифом.
В 1829 году закончилась очередная русско-османская война, по итогам которой султан Махмуд II оказался вынужден уступить России свои владения в Закавказье, а также должен был выплатить контрибуцию в размере полутора миллионов золотых монет. Момент был очень удачным, и Мухаммед Али-паша не преминул им воспользоваться, разыграв Сирийскую карту.
За поддержку, оказанную султану во время войны с добивавшимися независимости греками, паша получил в 1822 году Крит, а в 1824 году его сын Ибрагим был назначен правителем Морейского пашалыка. Также Махмуд II пообещал передать под управление Мухаммеда Али-паши Сирию, однако выполнять это обещание не спешил. Формально речь шла о передаче султанских земель под управление его и родственников, но на деле эти земли становились личными владениями, подобно Египту. Одним из условий мирного договора, заключенного султаном с Россией в 1829 году, было признание автономии Греции, в результате чего Морея уплыла из рук паши. Султан надеялся, что он удовольствуется Критом, но война за независимость разорила остров, а под конец войны его покинуло почти все греческое население, так что прибыли от острова было совсем мало. В виде компенсации за Морею и оказанную султану поддержку паша хотел получить Сирию, ради которой был готов выплатить русским полуторамиллионную контрибуцию из своих средств. Но Махмуд II, и без того потерявший много территорий, не хотел расставаться с доходной и лояльной Сирией, и тогда Мухаммед Али-паша решил забрать Сирию самостоятельно. По сути, он был прав, ибо обещанное равно подаренному, как гласит старинная мудрость. В войне за Сирию султану оказала поддержку Россия, руководствуясь тем, что раздел Османской империи неизбежно обернулся бы усилением позиций Франции и Англии в регионе. Правда, в военных действиях русские войска не участвовали – они прибыли на кораблях в Босфор и расположились на азиатском берегу пролива, чтобы защищать Стамбул от армии паши, которая 21 декабря 1832 года разгромила силы султана под Коньей (а от Коньи до Стамбула по прямой меньше пятисот километров).
Война закончилась победой Мухаммеда Али-паши, получившего от султана Махмуда Сирию и Адану. Но шербет оказался соленым. Во-первых, от паши ожидали регулярного поступления налогов в султанскую казну, а во-вторых, утвердить власть над Сирией оказалось довольно сложной задачей – восстания здесь вспыхивали одно за другим. Кроме того, условная самостоятельность уже не удовлетворяла Мухаммеда Али-пашу, он стремился к полной независимости, и это желание привело ко второй османоегипетской войне, начатой в 1839 году старшим сыном и преемником Махмуда II султаном Абдул-Меджидом I при поддержке Великобритании, России, Австрии и Пруссии. К началу ноября 1840 года османские войска, поддерживаемые британским и сирийским экспедиционными корпусами, вытеснили египтян из Леванта. 27 ноября 1840 года было заключено перемирие, означавшее капитуляцию Мухаммеда Али-паши, который, помимо Леванта, был вынужден вернуть под султанскую руку Хиджаз, Крит и Киликию. Египетская армия сокращалась до восемнадцати тысяч человек, а приобретать или строить военные корабли можно было только с дозволения султана. Но при всем том Абдул-Меджид в 1841 году издал фирманы, подтверждавшие наследственное правление Мухаммеда Али-паши над Египтом и Суданом, завоеванным пашой к 1822 году, – великие державы не хотели чрезмерного усиления Османской империи за счет возвращения Египта под власть султана.