Раз ночью Джироламо тихо встал с постели, чтобы не разбудить домашних, и вышел из дому, как делал это часто в последнее время; но теперь он навсегда простился с родительским домом. Зная заранее, что отец будет против его поступления в монастырь, он не посчитал нужным спрашивать его согласия, тем более что отныне намерен был исполнять только то, что ему приказывала принятая им на себя обязанность относительно Бога и человечества.
Джироламо отправился в Болонью и шёл безостановочно до тех пор, пока не достиг доминиканского монастыря. Он пожелал видеть настоятеля, который с удивлением выслушал просьбу юноши принять его в число послушников. Но Джироламо так ясно сознавал своё призвание и говорил таким решительным тоном, что настоятель должен был уступить его желанию. Во время своего послушничества Джироламо отличался таким точным исполнением обязанностей, самообладанием и беспрекословным послушанием, что по прошествии положенного срока его приняли в орден и назначили на должность проповедника и народного учителя.
Обряды, связанные с поступлением в орден, были настолько торжественны, что могли произвести глубокое впечатление на религиозного человека. Послушник должен быть лечь в гроб как покойник; затем следовало отпевание, монахи ходили вокруг него с пением молитв, где его имя упоминалось как имя умершего; ему окропили лицо святой водой и накрыли Саваном.
Джироламо Савонарола навсегда умер для света. Нервы его, доведённые до болезненного напряжения долгим постом, были ещё больше возбуждены мрачным церемониалом, который вызвал в его воображении ряд фантастических образов и картин.
Впоследствии, когда он занялся чтением драгоценных рукописей библиотеки, его пытливому уму ясно представилась история развития церкви.
Римская церковь, совместившая в себе христианство с остатками древней образованности, стремилась с первых времён своего существования соединить отдельные секты и составить единый братский союз всех наций. Эти стремления должны были благотворно отразиться на развитии человеческого общества и поколебать суровые языческие воззрения с их основными принципами: наслаждением и насилием. Первое подавляло все нравственные стимулы; второе, подрывая достоинство человеческой личности, оправдывало рабство.
Молодой монах мысленно проследил шаг за шагом борьбу христианства с языческим миром, начиная с того времени, когда неминуемая опасность побудила первых адептов нового учения искать убежища среди могильного мрака катакомб, до того дня, когда император Константин, покровительствуя преследуемой церкви, подарил папе Сильвестру Рим и его окрестности. С этих пор христианская церковь, не довольствуясь влиянием, которое она оказывала на нравственность и развитие человечества, стала вмешиваться в область политики и проявлять властолюбивые устремления.
Мечты о могуществе и славе начали всё более и более смущать скромных служителей церкви, которые стали с презрением относиться к смиренной одежде и суровой жизни кающихся грешников. Раб рабов Божиих украсил свою главу короной и заставил людей преклонять перед ним колена. Фимиам лести настолько отуманил его, что вместо кротких слов увещевания он решился, подобно земным королям, бороться с своими противниками мечом. Его предшественники были мученики, тогда как он добровольно принял на себя роль палача. Епископы, которые некогда молились на коленях за свою паству, поверженные в прах, превратились мало-помалу в гордых и недоступных магнатов. Рим утратил свою святость и сделался таким же языческим городом, как во времена Калигулы и Нерона.
Глубокая грусть охватила Джироламо, когда он дошёл до этого периода церковной истории. Не раз у него появлялось желание бросить старые пергаменты; но его останавливала мысль, что если он хочет вести борьбу против зла, то должен основательно познакомиться с ним. Поэтому он с двойным рвением занялся изучением истории светского владычества пап. Первые епископы были так же независимы в своих действиях, как апостолы; затем они стали называться митрополитами, патриархами и, наконец, папами. Сначала было несколько первых епископов, пока Григорий VII на одном соборе, бывшем в Риме в 1075 году, не издал постановления, что только он и его преемники могут именовать себя папами. Целый ряд событий способствовал возвышению римского патриарха над всеми остальными. Так, например, падение Римской империи, возмущение герулов и ругаев при Одоакре, остготов при Теодорике, греков при Нарсесе, лангобардов при Альбоине, а равно и опустошительные войны, которые повергли Италию в бедственное положение, способствовали истреблению миллионов людей и опустошению городов и земель. В то же время вопрос о первенстве в церкви решился в пользу римского духовного владыки, потому что константинопольский патриарх, благодаря присутствию императора в столице, играл жалкую роль, а патриархи в Александрии, Антиохии и Иерусалиме мало-помалу окончательно подпали под власть персов и магометан.