Такое положение дел имело последствия и в Европе, где гугенотский священник-изгнанник Пьер Жюрье пытался опровергнуть широко распространенное мнение, будто протестанты по сравнению с католиками проявляли меньшее — если вообще проявляли — рвение в распространении христианства за морями. Как ни странно, он не упоминал относительно успешную (хоть и недолговечную) миссионерскую деятельность голландцев на Формозе (Тайване), зато писал о массовых обращениях краснокожих в Новой Англии, совершенных Джоном Коттоном и Джоном Элиотом. Пример оказался не слишком убедительным, поскольку он, по-видимому, не знал, что разразившиеся в 1675 г. Индейские войны уничтожили все следы этого зыбкого успеха. Утверждения Жюрье имели под собой более твердую почву, когда он заявлял, что одной из причин относительно малого количества протестантских миссионеров на Востоке являлась нехватка кальвинистских священников в самих Соединенных провинциях — дабы противостоять католикам и протестантским инакомыслящим.
Точно так же, как классисы и синоды в Нидерландах непрестанно, но по большей части впустую выражали протест гражданским властям по поводу неисполнения уголовных законов против практики папистских обрядов, духовенство в Батавии безо всякой пользы возмущалось «свободой, почетом и привилегиями», которые, по их утверждению, получали здесь католики. Такие заявления находили слабую поддержку Heeren XVII, которые, признавая, что антикатолические положения должны соблюдаться, в 1654 г. отметили, что невозможно помешать католическим священникам проникать на Восток тайно. Не большей поддержки находили они и у генерал-губернаторов Батавии, особенно у тех, чья ортодоксальность была более чем сомнительна, — таких, как Мацуйкер и ван дер Лейн. Общепризнано, что такие события, как восстание португальских поселенцев в захваченном голландцами Пернамбуку в 1645 г. и отмена во Франции Нантского эдикта 40 годами позднее, естественно, вызвали ужесточение направленных против католиков мер, как только новости достигали Батавии. Однако подобная реакция проявлялась лишь временно, и положение вскоре вернулось к своей неопределенности. В 1754 г. власти Батавии разрешили католическому епископу, практически не скрывавшему своей деятельности, проводить скромные обряды крещения и служить мессы, вопреки неистовым протестам кальвинистского церковного совета. К концу правления компании антикатолические меры превратились буквально в «закон на бумаге», хотя первый официальный католический храм в Батавии построили только в 1809 г.
«Liever Turck dan Paus» («Лучше Турок (Султан), чем папа») — таков был лозунг морских гёзов-протестантов в 1574 г., однако в глазах пионеров-кальвинистов в Восточных Индиях особой разницы между этими двумя «ипостасями антихриста» не существовало. Оскорбительные эпитеты, которыми столь свободно награждали в голландской официальной и частной переписке римских католиков, также щедро лились и на приверженцев ислама — вплоть до того, что исламских богословов, а более всего хаджи, то есть тех, кто совершил паломничество в Мекку, совершенно нелепо называли papen или moorse papen — «мавританскими папистами». Поначалу голландцы действовали сообща с мусульманами Молуккских островов против португальцев, но только до той поры, пока не изгнали католиков с островов Пряностей, после чего над кальвинистами взяли верх их предрассудки в отношении мусульман в целом. Многие из протестантов и без того были преисполнены такими предрассудками, как показывает пример одного влиятельного голландского купца, взявшего за привычку публично мочиться на стену мечети в Джапаре на западе Индонезии в 1618 г. Голландцам пришлось противостоять мусульманским противникам или торговым конкурентам на Яве, Суматре, Молукках и Сулавеси (Целебес), и такое коммерческое соперничество сильно повлияло на их отношение к мусульманам повсюду. Точно так же, как против римской церкви, они издавали законы против публичного отправления мусульманских обрядов — там, где считали, что могли подкрепить свои запреты силой. С другой стороны, они быстро осознали, к чему в конечном итоге пришли их португальские предшественники — что у них нет шансов обратить мусульман в христианство в сколь-нибудь значительных количествах. Вследствие этого они направили свои усилия по обращению в собственную веру на «невежественных язычников» и католические общины, захваченные у португальцев.