После окончательного покорения в 1669 г. Макасара голландские власти постепенно стали более терпимыми к исламу и понемногу ослабили строгие меры, которые они раньше применяли к мусульманам в своих индонезийских владениях. Антиисламистские законы из свода законов Батавии никуда не делись, однако, когда кальвинистские священники пытались претворить их в жизнь, они встречали все меньше и меньше поддержки властей. Официальное отношение было четко сформулировано в 1679 г. Heeren XVII, которые заявили, что индонезийцев не следует принуждать к смене религии, — «Как сказал Павел: Я насадил, Аполлос поливал, но возрастил Бог»[54], — заявили они весьма афористично. Семью годами позже генерал-губернатор Камфуис (кстати, убежденный кальвинист) отверг требование церковного совета Батавии о сносе местных китайских храмов и мусульманских мечетей, «из которых последних очень большое количество». Камфуис заявил священникам, что было бы лучше обращать мусульман и язычников добром и положительным примером, тогда и эти храмы сами постепенно придут в негодность. Правительство Батавии, которое изначально не хотело позволять мусульманским паломникам отправляться в Мекку на своих кораблях, торгующих в Красное море, позже сменило свое отношение и соперничало за право перевозки паломников. В течение XVIII столетия терпимость к нехристианским вероисповеданиям все более становилась общим правилом, хотя потребовался целый век, чтобы ей окончательно сформироваться на Цейлоне, где мусульманские купцы (которых называли «маврами») были неистребимыми розничными торговцами, перемещавшимися из одного места в другое. Здесь, как и в других местах, голландцы применяли более жесткие меры против последователей ислама, чем против индуистов или буддистов. Мусульмане долгое время подвергались юридической и экономической дискриминации, будучи вынужденными платить более высокие пошлины и налоги, чем другие.
Только в трех местах кальвинистские миссии, при поддержке Голландской Ост-Индской компании, достигли скромных успехов — на Формозе (Тайване), Амбоне и Цейлоне, — и лишь на Амбоне успех этот пережил саму компанию. Георгиус Кандидиус, первый священник на Формозе (в 1627–1631 гг.), вполне справедливо предвидел, что на этом острове имеются замечательные возможности для насаждения христианства, поскольку местные жители не подвержены влиянию никакой внешней религии, а их собственная является примитивным анимизмом, культ которого отправляют жрицы или чародейки, называвшиеся «инипс». Между 1627 и 1662 гг. в прибрежных районах, покоренных голландцами, работало всего 32 священника, которым помогал довольно большой штат деревенских учителей и внештатных священников. Поначалу прогресс шел неминуемо медленно, хотя Кандидиус оптимистично докладывал, что его школьники с Формозы способны усвоить за восемь дней столько, сколько учащиеся в Голландии и на Яве смогут осилить лишь за две недели. Дабы поддерживать своих обращенных на должном уровне, кальвинистские миссионеры опирались на поддержку светских властей, сделав посещение школы обязательным путем штрафования прогульщиков и запрета идолопоклонничества. В начале 1640 — х гг. несколько сотен необращенных инипс были изгнаны из контролируемых голландцами районов, создав таким образом среди аборигенов духовный вакуум, сильно облегчивший работу священников.