С началом войны Липперт поступил в люфтваффе, и хотя участие в военных действиях он не принимал, но 1 декабря 1939 г. ему было присвоено звание обер-лейтенанта резерва. Вскоре – 4 января 1940 г. – Эйке перевел Липперта в штаб дивизии СС «Мертвая голова» в качестве офицера «резерва войск СС», а в мае 1940 г. назначил командиром 2-го батальона 16-го пехотного полка «Мертвая голова». Липперт принял участие в кампании на Западе и даже за заслуги получил Железный крест 2-го класса. После завершения боев во Франции Липперт, не оставляя командования батальоном, также возглавил унтер-офицерское училище СС (
Весной следующего года он был ненадолго переведен в Главное оперативное управление СС, а в июле 1941 г. принял командование над сформированным в Радоме добровольческим соединением СС (фактически батальоном) «Фландрия». В сентябре 1941 г. оно было развернуто в Добровольческий легион СС «Фландрия» (
Немногим более полугода ушло у Липперта на лечение и реабилитацию, и лишь 8 января 1943 г. ему было поручено исполнять обязанности только-только начавшей формироваться в Южной Франции танковой дивизии СС – пока без названия[45]. Однако это было лишь временное назначение, и через полтора месяца, 15 февраля, он сдал командование Лотару Дебесу и вернулся в резерв при Главном оперативном управлении СС дожидаться вакансии. 20 апреля 1943 г. Липперт получил свое последнее звание штандартенфюрера СС (со старшинством с 1 октября 1943 г.).
Свою последнюю должность Липперт получил 2 ноября 1944 г., когда был назначен командиром 83-го гренадерского полка СС, входившего в состав 10-й добровольческой гренадерской бригады СС «Ландшторм Нидерланд» (голландской № 2)[46]. После завершения переформирования бригада заняла оборону по рекам Ваал и Рейн; за эти бои Липпертт 5 января 1945 г. получил Пристежку почетного списка сухопутных войск на ленту Железного креста – награду довольно редкую, но все же не столь высокую, как Золотой Германский крест или Рыцарский крест. В середине февраля его полк был переброшен в Нидерланды, в район между Бетуве и Боммелерваардом[47]. Полк Липперта отчаянно сопротивлялся британским и канадским частям, имевшим абсолютное превосходство как в численности, так и в тяжелом вооружении. Эсэсовцы не прекратили боев, даже когда 5 мая капитулировала немецкая группировка в Голландии. Лишь после окончания войны – 10 мая 1945 г. – полк Липперта сложил оружие.
В мае 1945 г. Липперт оказался в плену у англичан, которые не особенно заинтересовались штандартенфюрером и, продержав его несколько лет в лагере, передали Нидерландам. Там против него было выдвинуто обвинение в расстреле в начале 1945 г. 19 голландских подданных, причем не военных, а гражданских. Их подчиненные Липперта обнаружили в районе небольшого голландского городка Ренена и зоне военных действий без документов. Не особо разбираясь, эсэсовцы объявили голландцев шпионами и расстреляли, причем двое из них были казнены по прямому приказу Липперта. Преступление в общем-то было налицо, и 12 мая 1950 г. Специальное присутствие Высшего земельного суда Арнема приговорило эсэсовца к 10 годам тюремного заключения. Он отбывал наказание в тюрьме города Бреда, работая на тюремной прачечной. Срок приговора он до конца все же не отбыл и был 17 апреля 1953 г. депортирован в Западную Германию.