Вскоре после окончания войны Липпер в числе других унтер-офицеров военного времени был демобилизован и устроился на работу на предприятие по производству фарфора. Однако оказалось, что работа на фабрике 23-летнего ветерана войны не привлекала, и 17 ноября 1921 г. он поступил на службу в баварскую земельную полицию города Регенсбург. В полиции Липперт прослужил семь лет, был 1 января 1927 г. произведен в гауптвахмистры, а 9 февраля 1929 г. оставил службу. Будучи человеком правых взглядов Липперт еще во время службы в полиции был сторонников националистов, теперь же 1 июня 1930 г. он вступил в НСДАП, получил NSDAP-Nr 246989. 10 марта 1931 г. он также стал членом СС № 2968 и получил звание труппфюрера. Всего через восемь месяцев – 15 ноября 1931 г. – Липперт получил первое «офицерское» звание штурмфюрера СС и возглавил 2-й штурм 31-го штандарта СС «Нижняя Бавария» в Ландсхуте. С 19 июня по 5 июля 1933 г. он был откомандирован на учебу на курсы руководителей СС при Высшем германском училище физической подготовки, базой которого был стадион в Берлине – Грюнвальде. 5 августа 1933 г. он был произведен в штурмгауптфюреры СС.
В 1933 г. Липперт был переведен в Караульные части СС и включен в зондеркоманду бригады СС «Юг». Способного администратора с опытом службы в армии и полиции сразу же заметил сам Теодор Эйке, который приблизил Липперта к себе, сделав его свои адъютантом и доверенным лицом. Одновременно в июне 1933 г. Липперт стал заместителем коменданта концентрационного лагеря Дахау (комендантом был сам Эйке), затем он также возглавил штурмбанн СС D, осуществлявший охрану концлагеря. 9 ноября 1933 г. он получил звание штурмбаннфюрера СС, а 20 апреля 1934 г. – оберштурмбаннфюрера СС. В выданном ему документе 12 июля 1934 г. он значился как «исполняющий обязанности коменданта».
Когда 1 июля 1934 г. Гитлер наконец согласился на ликвидацию своего старого друга Эрнста Рёма, Гиммлер перепоручил исполнение «мероприятия» Эйке, распорядившись, чтобы Рёму сначала был дан шанс совершить самоубийство. Эйке, взяв с собой Липперта, в сопровождении командира оберабшнита СС «Юг» (Мюнхен), депутата Рейхстага группенфюрера СС Генриха Шмаусера прибыл в мюнхенскую тюрьму «Шдательхейм», где находился Эрнст Рём. В районе 18:00 трое эсэсовцев вошли в камеру к Рёму, и Эйке сообщил ему, что жизнь его уже закончена, но Гитлер дает ему шанс уйти из жизни как настоящему офицеру. Эйке положил на стол заряженный пистолет, свежий номер
В «Ночи длинных ножей» Липперт продолжил службу в системе концлагерей, и через некоторое время Эйке перевел его в Инспекцию караульных частей СС. 1 апреля 1936 г. Липпер принял командование 5-м штурмбанном соединений СС «Мертвая голова» (SS-TV) «Бранденбург», чины которого осуществляли охрану концлагеря Заксенхаузен, в – октябре 1936 г. он даже исполнял обязанности коменданта этого концлагеря, но на этом поприще ничем себя не проявил. 1 июля 1937 г. его штурмбанн был развернут во 2-й штандарт SS-TV «Бранденбург», а Липперт переведен в Ораниенбург, в центральный аппарат Инспекции концлагерей.
В мае 1939 г. он оставил службу в SS-TV и был направлен в Общие СС, где возглавил в мае 1939 г. 1-й штурмбанн 49-го штандарта СС. В июне 1939 г. Липперт был назначен и.о. командира 69-го штандарта СС «Зауерланд» в Хагене, а 1 августа 1939 г. был перемещен на пост командира 105-го штандарта СС в Мемеле. После начала Второй мировой войны посты командиров штандартов СС во многом стали фикцией, поскольку большинство функционеров СС этого уровня были либо отправлены на фронт, либо использованы для службы в различных эсэсовских или государственных структурах. Липперт не стал исключением. Несмотря на то что командиром 105-го штандарта СС Липперт числился по 1 июля 1943 г., а затем до 1 октября 1943 г. командиром 69-го штандарта СС, фактически в руководстве этими частями он участия не принимал.