В результате все 42 дня, прошедших с момента отъезда императора до приезда нового главнокомандующего М. И. Кутузова, Барклай оставался командующим лишь одной из армий. Как отмечает историк А. Г. Тартаковский, «подобно Багратиону и Тормасову, на равных с ними началах».
В это время Барклай буквально умолял Багратиона поторопиться. Он писал:
Находясь под Витебском, Барклай с минуты на минуту ожидал подхода 2-й Западной армии. Потом он назначил Багратиону направление к Орше. Более того, он просто умолял Багратиона побыстрее занять Оршу.
В конечном итоге только Смоленск стал той точкой, где смогли соединиться русские армии.
Военный историк Карл фон Клаузевиц излагает следующую точку зрения по этому вопросу: «Когда Барклай прибыл в Смоленск, Багратион заявил, что весьма охотно будет служить под его начальством».
Охотно будет служить под его начальством? На самом деле, как подчеркивает историк А. Г. Тартаковский, «подчинение это было чисто символическим и эфемерным, что обнаружилось буквально через несколько дней».
25 июля (6 августа) в Смоленске состоялся военный совет, на котором присутствовали Барклай, князь Багратион, великий князь Константин Павлович, начальники штабов армий генералы Ермолов и Сен-При, генерал-квартирмейстеры двух армий и еще несколько офицеров.
М. Б. Барклай де Толли находился под сильным давлением, в том числе и самого императора Александра. При этом (подчеркнем это еще раз) он оставался убежден в том, что тогда еще не настало время к решительному сражению с Наполеоном. Однако оставаться в бездействии у Смоленска было совершенно невозможно…
Кончилось все это тем, что у Смоленска был начат бой, хотя там и не было выгодной оборонительной позиции.
А тем временем бурлящий необузданной энергией князь Багратион все никак не мог успокоиться. Раздраженный всем, что делает Барклай, в конце июля он писал Ф. В. Ростопчину:
В своей горячности Багратион пошел и еще дальше, пытаясь обвинять в военных неудачах самого императора:
Как бы то ни было, после боя под Смоленском соединенные русские армии продолжили отступать, и продолжилось противостояние Барклая и Багратиона. Более того, второй стал открыто обвинять первого в неспособности руководить войсками.
Позднее Барклай написал про свои отношения с князем Багратионом следующее: «Я должен был льстить его самолюбию и уступать ему в разных случаях против собственного своего удостоверения, дабы произвести с большим успехом важнейшие предприятия».