В связи с возросшим объемом работ с 1 января 1938 г. авиаотряд получил статус самостоятельной хозяйственной единицы. После упомянутой выше передачи Дальстроя в ведение НКВД и создания новой структуры ГУСДС[83]
приказом от 9 июня 1938 г. авиаотряд вошел в его систему в качестве одного из отделов Главного управления.В апреле 1938 г. создана комиссия для выбора площадки под строительство аэродрома в районе 20–30 км от Магадана.
После предварительных изысканий комиссия предложила расположить аэропорт на 13-м километре основной трассы. Близость аэропорта от административного центра, наличие гравийно-песчаных карьеров грунта, свободные подходы к порту с северной стороны были основными аргументами при утверждении этого предложения. Изыскания и проект были закончены к сентябрю 1938 г., а подготовительные работы на территории будущего аэропорта начались и того раньше — в июне 1938 г.
Магаданский аэропорт был сдан в эксплуатацию в начале февраля 1940 г. И с этого момента начались регулярные рейсы пассажирских самолетов на трассе Магадан — Хабаровск (с посадкой в Охотске, Николаеве, Комсомольске).
В конце 1938 г. Дальстрой закупил в Москве несколько самолетов: один ПС-7, один Р-6 и два Р-5, оборудованные для полетов в приполярных условиях.
В апреле 1938 г. Всеколымский совет Осоавиахима впервые выпустил 6 учеников-летчиков, подготовленных в Магадане, и направил их в Хабаровскую школу пилотов-инструкторов летного дела при совете Осоавиахима. После окончания курсов всем пилотам надлежало вернуться для работы на Колыме.
Полеты в столь сложных условиях, естественно, не обходились без аварий и катастроф. Так, только за 9 месяцев 1938 г. в авиаотряде произошел ряд вынужденных посадок, из них по техническим причинам — 7, по износу материальной части — 10, по метеосводкам — 3, а также в течение последних 3 месяцев были зарегистрированы три катастрофы с гибелью экипажей и пассажиров и полным выводом из строя самолетов.
Вот один характерный пример. 9 июля 1938 г. произошла катастрофа самолета при не вполне выясненных обстоятельствах. Он стартовал 11 октября 1937 г., чтобы доставить уполномоченного по выборам в Верховный Совет СССР из Нагаева в Николаевск-на-Амуре. 15 октября самолет вынужденно приземлился на озере Мухтель, где из-за погодных условий экипаж остался на зимовку до 26 марта, после чего прибыл в Николаевск. Там самолет был поставлен на ремонт до 3 июля и в тот же день вылетел в Нагаево, но по пути произвел вынужденную посадку в Аяне из-за сложных метеоусловий. 9 июля пилот Новиков принял решение вылететь в Охотск, но спустя 2 часа полета связь с ним прервалась, и в пункт посадки самолет не прибыл. Предпринятые сразу поиски успехов не принесли, и обломки летательного аппарата были обнаружены местными жителями поселка Аян лишь 17 июля. Прибывшая спустя 3 дня комиссия после проведенной идентификации установила их принадлежность пропавшему самолету и квалифицировала случившееся как катастрофу.
В 1-м полугодии 1938 г. авиотряд Дальстроя налетал 2806 часов, более 364 тысяч км, перевез 561 пассажира. План июля был выполнен на 130 %.
31 марта 1939 г. на самолете № Х-198 был совершен первый полет по маршруту Магадан — Хабаровск без промежуточной посадки за 9 часов 5 минут, а также рейс Магадан — Петропавловск-на-Камчатке — Магадан протяженностью 2800 км, пробыв в пути более 13 часов.
В 1939 г. авиаотряд Дальстроя начал исследовать воздушные трассы для полетов в центральные районы страны. Экипаж самолета ПС-7 совершил рейс Нагаево — Москва. Самолет вылетел 8 сентября, преодолев расстояние 9202 км за 52 часа 50 минут, из них 4 часа в ночном полете. Обратно самолет вылетел 8 октября, пролетев расстояние 9320 км за 48 часов 46 минут, и прибыл в Нагаево 27 октября. Полет туда и обратно проходил в тяжелых метеоусловиях.
Также в марте 1939 г. экипаж под руководством командира авиаотряда С.Д. Добрынина совершил перелет Москва — Иркутск — Якутия — Магадан протяженностью 9 тысяч км.
В 1940 г. основная деятельность воздушного транспорта Дальстроя значительно расширилась. Для выполнения работ имелась сеть действующих аэропортов: Берелёх, Нера, Ямск, Наяхан, Балаганное и центральный гидропорт в бухте Нагаева. В мае 1940 г. началось строительство нового аэродрома вблизи поселка Нижний Сеймчан, поскольку там пересекались авиалинии местного значения и пролегал маршрут Якутск — Чукотка.
8 октября на новый аэродром приземлился первый самолет № Н-178, пилотируемый летчиком Шарковым, после чего планировалось открыть регулярные рейсы из Нижнего Сеймчана до Стрелки и Магадана.
В годы войны аэропорт Сеймчан стал важным промежуточным аэродромом на трассе Алсиб (Аляска — Сибирь), по которой было перегнано в 1942–1945 гг. около 8 тысяч самолетов. На аэродроме Сеймчан в 1942–1945 гг. базировался 3-й перегоночный авиаполк. Еще два (2-й и 4-й) перегоночных полка базировались на аэродроме Уэлькаль на Чукотке и в Якутске.
Ближе к концу 1940 г. был закрыт аэропорт Таскан, а его хозяйство частично передано Тасканскому энергокомбинату.