К концу 1940 г. парк авиаотряда состоял из 14 самолетов, распределенных по типу следующим образом: П-5 и ПР-5 — 5 шт., ПС-7 — 4 шт., МП-1 — 1 шт., СП-1 — 3 шт., У-2 — 1 шт.
К началу Великой Отечественной войны в ведении авиаотряда Дальстроя находились аэропорты: Нагаево, Стрелка, Берелёх, Нера, Нижний Сеймчан, Наяхан, Зырянка и ряд посадочных площадок.
В первый год войны воздушный транспорт увеличил объем перевозок. В 1941 г. перевезено 1114 тонн грузов (при плане 645) и 2902 пассажира (при 507 по плану).
Протяженность авиалиний увеличилась на 4214 км, возросло количество посадочных площадок, на 125 % выросла перевозка пассажиров. В 1941 г. авиаотряд в основном обслуживал горнопромышленные управления, на удовлетворение нужд которых приходилось 81,7 % от общего количества полетов. В целом за 1941 г. план был перевыполнен: налет часов составил 130,2 %, грузоперевозки — 166,9 %.
В составе отряда по-прежнему работали заключенные. Так, в 1942 г. в авиаподразделении Дальстроя работали 69 заключенных и 212 вольнонаемных.
В 1943 г. авиаотряд перевез 1065 тонн грузов, 65 % из которых приходилось на нужды горнопромышленных управлений, и 4111 пассажиров. Самолетный парк уменьшился на 5 машин: из-за непригодности к эксплуатации (3 самолета) и потерь в результате аварии (2 самолета).
В 1943 г. в состав авиаотряда Дальстроя поступил один двухмоторный самолет С-47 («Дуглас»).
В 1944 г. в авиаотряде произошли 2 катастрофы, 2 аварии, 5 поломок и 7 вынужденных посадок (из них 3 — по метеоусловиям).
В 1944 г. в авиаотряде списано 6 самолетов типа Г-1, Г-2, ПС-7, МП-1бис и ПР-5 (выпуска 1930–1939 гг., налет от 1,5 до 2,7 тысячи часов), которые не подлежали капитальному ремонту.
По состоянию на 1944 г. общее количество сотрудников авиаотряда составляло 385 человек, из которых 119 были заключенными.
Согласно указаниям наркома внутренних дел СССР Л.П. Берии, на авиаотряд Дальстроя возлагалась перевозка золота из Магадана и Сусумана до Хабаровска. Для этого в первую очередь использовались самолеты типа «Дуглас», что позволяло за один рейс перевезти 1200–1250 кг драгоценного металла. Кроме этого, летчики из состава 8-го транспортного авиаполка 1-й Краснознаменной перегоночной авиадивизии организовали вывоз драгметалла из Магадана и Сеймчана до Красноярска на самолетах С-47 в количестве не более 1 тонны на каждый борт.
Как уже говорилось, аэродромы Дальстроя использовались для перегонки самолетов, поступавших по ленд-лизу из США. В частности, гидроаэродром в бухте Нагаева получил вторую жизнь во время перегонки летающих лодок PBN-60 «Каталина» по маршруту Кадьяк — Анадырь — Магадан — Суходол (Владивосток), который проходил с 25 августа по 11 сентября 1944 г.
В 1945 г. Особая воздушная линия ГВФ СССР (один из вариантов названия Особой воздушной трассы АЛСИБ) передавала Дальстрою три новых самолета типа С-47 «Дуглас» с запасными моторами. К ним добавлялись два самолета типа «СБ» и три Р-5, выделенные Наркоматом обороны для аэрофотосъемки. Также наркому внешней торговли А.И. Микояну предписано решить вопрос о закупке в США для Дальстроя одного гидросамолета типа «Каталина» и двух самолетов «Дуглас».
Для обеспечения приема приобретаемых самолетов провели реконструкцию ряда аэродромов. Так, в районе поселка Индигирский районного геологоразведочного управления была обустроена посадочная площадка, а в аэропорту 13-го км провели работы по удлинению взлетно-посадочной полосы и укреплению покрытия. Аналогичные мероприятия выполнили на аэродромах Кресты Колымские, мыс Шмидта и Апапельхин, находившихся в ведении ГУСМП.
Кроме этого, началось строительство аэродрома в районе деятельности Янского ГПУ для регулярного воздушного сообщения с его предприятиями. После получения новой материальной части один из самолетов «Дуглас» С-47 переделали силами авиаотряда под пассажирский вариант и совершили рейс из Магадана в Москву и обратно. За выполнение этого задания экипажу от лица руководства Дальстроя была объявлена благодарность.
В 1945 г. самолеты Дальстроя перевезли 1109 тонн грузов, 5827 пассажиров и выполнил план грузопассажирских перевозок на 117 %. Помимо коммерческих перевозок, самолеты Дальстроя выполняли аэрофотосъемочные работы, фактически засняв 146,6 тысячи кв. км, что равнялось 130,9 % плана. Налет составил 7125 часов, или 106,3 %.
Деятельность авиаотряда Дальстроя в 1941–1945 гг.
Итого за годы войны авиаотряд Дальстроя перевез 19 680 пассажиров, доставил 5800 тонн грузов. Общий тоннаж перевозок составил 8370 тонн.
Несколько слов скажем о морской авиации, которая, естественно, не подчинялась Дальстрою. С 1939 г. на аэродроме Магадан базировалась 37-я отдельная среднебомбардировочная эскадрилья в составе 15 бомбардировщиков СБ. Расформирована эскадрилья в 1946 г.