Почти сразу же после принятия резолюции ООН в Палестине начались вооруженные столкновения. 2 декабря толпа арабов, пройдя Яффские ворота, разгромила еврейский торговый центр на улице Бен Иегуды. «Иргун» ответил на это нападением на арабские пригороды Катамон и Шейх-Джаррах. К марту 1948 г. насчитывалось уже 70 евреев и 230 арабов, убитых в окрестностях Иерусалима, – при том, что срок действия Британского мандата официально еще не истек. Вступившие в Палестину сирийские и иракские войска блокировали дороги на Иерусалим, но Хагана, перейдя к осуществлению предусмотренного на этот случай плана «Далет», провела военную операцию, в результате которой еврейским силам удалось создать коридор к Иерусалиму со стороны побережья. Британцы отказались вмешиваться в войну. Еще в феврале 1948 г. арабы осадили еврейские пригороды Западного Иерусалима, и эти пригороды оставались отрезанными от остальной территории страны до тех пор, пока силы Хаганы не отбили дороги. Новая фаза войны началась 9 апреля, когда отряды «Иргуна» и «Лехи» атаковали арабскую деревню Дейр-Ясин, в трех милях к западу от Иерусалима. Нападавшие убили 250 человек – мужчин, женщин, детей – и изуродовали их тела. Арабы, в свою очередь, напали 13 апреля на еврейский конвой, перевозивший раненых (в том числе двух участников боя в Дейр-Ясине) в медицинский центр «Хадасса» на горе Скопус; из погибших тогда евреев 40 были медицинскими работниками, не причастными ни к какому кровопролитию.
До того, как англичане официально покинули Палестину (что произошло 15 мая 1948 г.), «Иргун» успел предпринять штурм Яффы. В результате из города бежали 70 000 арабских жителей, опасавшихся повторения трагедии Дейр-Ясина. Так начался исход палестинцев из собственной страны. Некоторые беженцы искали пристанища в Иерусалиме. 26 апреля Хагана развернула наступление на обширные и богатые арабские пригороды Западного Иерусалима. Группы диверсантов перерезали телефонные и электрические кабели; по улицам были пущены грузовики с установленными на них громкоговорителями, из которых раздавались предупреждения вроде: «Если вы не покинете свои дома, вас постигнет судьба жителей Дейр-Ясина!». В итоге арабам действительно пришлось уйти. К концу мая они полностью оставили Западный Иерусалим, многие нашли убежище в Старом Городе. В начале мая в Иерусалим прибыли представители ООН, чтобы организовать международную администрацию, но ничего не смогли сделать, поскольку и англичане, и обе воюющие стороны их игнорировали. А 14 мая 1948 г. в здании Тель-Авивского музея искусств состоялась торжественная церемония, на которой Бен-Гурион провозгласил образование Государства Израиль. На следующий день, когда англичане официально покинули Палестину, еврейские силы были готовы нанести удар по Старому городу, но их остановило прибытие иорданского Арабского легиона, успевшего подойти в последний момент. Иорданцы учредили в Старом Городе и Восточном Иерусалиме военную администрацию.
В июле представители ООН сумели добиться перемирия, по условиям которого Иерусалим был поделен между Израилем и Иорданией. Граница прошла по западной крепостной стене и полосе ничейной земли, покрытой развалинами и необитаемой. 2000 евреев, живших в Еврейском квартале, были изгнаны из Старого Города; через новую границу их переправили в Западный Иерусалим, который теперь контролировался Израилем. Захватив его и выселив жителей, новое государство оставило без крова 30 000 арабов. Старый город был переполнен беженцами из Яффы, Хайфы и окрестностей Иерусалима. Ни Израиль, ни Иордания не соглашались оставить район Иерусалима. Оба государства отказались повиноваться Резолюции 303 Генеральной Ассамблеи ООН, требовавшей, чтобы они отвели свои войска из Иерусалима и его пригородов, дав международному сообществу возможность создать там corpus separatum, как планировалось с самого начала. 15 ноября в Старом Городе коптский епископ короновал короля Иордании Абдаллу, провозгласив его королем Иерусалима; Восточный Иерусалим и Западный берег реки Иордан были объявлены иорданской территорией, а 13 декабря иорданский парламент одобрил присоединение Палестины к Иордании. О создании независимого палестинского государства не было и речи, вместо того король даровал жителям Восточного Иерусалима и Западного берега иорданское гражданство. Соседние арабские государства яростно протестовали против иорданской оккупации, однако в конце концов были вынуждены признать ее как свершившийся факт. В качестве ответного шага Бен-Гурион 13 декабря объявил о переводе в Западный Иерусалим кнессета и всех правительственных органов за исключением министерств обороны и иностранных дел, а также департамента полиции. Затем 16 марта 1949 г. Израиль и Иордания подписали официальное соглашение, по которому линии прекращения огня признавались законными границами между двумя государствами. ООН продолжала рассматривать оккупацию Иерусалима Израилем и Иорданией как незаконную, однако после апреля 1950 г. не предпринимала никаких шагов по этому поводу.