Тем не менее, к моменту внезапного нападения Императорского флота Японии на Перл-Харбор в декабре 1941 года, окончательное решение в пользу авианосцев как нового капитального корабля еще не было принято. Адмирал Хасбенд Э. Киммел, главнокомандующий в Перл-Харборе, рассматривал авианосцы как вспомогательные суда для боевой линии. Фактически, старший эксперт по авиации в штабе Киммела из сорока человек имел скромное звание командира. Однако в течение нескольких месяцев после атаки авианосец утвердился в качестве доминирующего оружия флота, и не столько потому, что приверженцы Gun Club прозрели, сколько потому, что флот, который теперь значительно уступал в линкорах японскому боевому флоту, был ограничен налетами, которые лучше всего проводить с помощью авианосцев, которые были быстрее и потребляли меньше топлива.
Сражения при Коралловом море и Мидуэе в мае и июне 1942 года, соответственно, подтвердили, что в военно-морской войне произошла трансформация, и что ВМС США располагают всеми возможностями для ее использования. Сражение в Коралловом море стало первым в истории, когда два флота так и не достигли визуальной видимости друг друга. Месяц спустя в битве за Мидуэй доминировала авианосная авиация. И снова противоборствующие флоты не подошли друг к другу на расстояние видимости. Как и во время противостояния флотов в 1930-х годах, атакующие самолеты обеих сторон искали в качестве основной цели авианосцы другой стороны, причем американские летчики находили свои цели первыми. За шесть минут пикирующие бомбардировщики с "Йорктауна" и "Энтерпрайза" уничтожили три полетные палубы японских авианосцев со всем их авиационным составом. Решающая победа флота была подтверждена общей потерей Японией четырех авианосцев. Как заметил в то время Бернард Броуди, «в аспекте войны на море действительно произошла большая перемена. Появление штурмовика было по меньшей мере столь же революционным, как и все, что произошло с момента появления пара на военном корабле. Было ясно, что не только тактика, но и вся стратегия морской войны была сброшена со своих основ, и что, какие бы новые коррективы ни вносились, ситуация уже никогда не будет такой, как прежде. Аэроплан должен был оставаться инструментом, который будет привлекать к себе первостепенное внимание в любом морском сражении или кампании будущего».
ВМС соответственно изменили свои приоритеты в кораблестроении. После Перл-Харбора Генеральный совет хотел увеличить количество авианосцев, но выступал против переоборудования корпусов легких крейсеров в легкие или эскортные авианосцы и предложил программу строительства, которая предусматривала закладку только девяти дополнительных авианосцев до 1944 года. В мае, однако, адмирал Кинг, теперь уже начальник военно-морских операций, в одностороннем порядке изменил рекомендации Генерального совета, отложив на неопределенный срок строительство пяти линкоров и заменив их пятью авианосцами и десятью крейсерами. Вскоре после битвы за Мидуэй конгрессмен Карл Винсон представил законопроект, разрешающий строительство 1,9 млн. тонн авианосцев, крейсеров и эсминцев, но без дополнительных линкоров. Когда начальник Бюро кораблей давал показания на слушаниях по этому законопроекту, он согласился с приоритетами Винсона. В какой-то степени законопроект отражал нехватку брони для линкоров, но он также признавал, что линкоры затмили авианосцы в качестве центрального элемента флота. В конце июля Кинг сообщил председателю Генерального совета, что подводные лодки будут строиться в первую очередь, а линкоры отойдут на шестое место. В итоге из запланированных шести линкоров класса "Айова" были построены только четыре, а линкоры класса "Монтана" были отменены в июле 1943 года.
Трансформация операций флота в ответ на появление авианосца как нового капитального корабля была настолько глубокой, что к концу войны ни одна из основных категорий военных кораблей, кроме минных, не использовалась в тактическом отношении для целей, для которых они были построены. Не менее драматичными были кадровые решения Кинга. Он постановил, что адмирал авиации, командующий оперативной группой, будет офицером тактического командования, даже если он младше командира надводной группы. Затем, 1 сентября, он учредил должность командующего авиацией Тихоокеанского флота. Авиаторы составили почти две трети из сорока офицеров, повышенных до контр-адмирала в период с ноября 1942 года по август 1943 года. Адмирал Тауэрс был назначен заместителем Нимица, что делало Тауэрса, авиатора, его логическим преемником. Как заметил Кларк Рейнольдс, назначение Тауэрса означало, что «военно-морская авиация наконец-то получит контроль над флотом».
От нападения к защите