Тем не менее, создание и поддержание кадров, необходимых для развития военно-морской авиации, оставалось сложной задачей с момента основания Бюро аэронавтики и вплоть до начала Второй мировой войны. 19 ноября 1921 года, спустя всего четыре месяца после того, как Моффетт возглавил Бюро, он заявил: «Недостаток подготовленных морских авиаторов в настоящее время является серьезной проблемой, которая требует немедленных действий, если мы не хотим снизить эффективность морской авиации». Три года спустя, когда ВМС не смогли решить эту проблему, был создан совет по ее решению. Возглавляемый капитаном Альфредом У. Джонсоном, совет Джонсона в апреле 1925 года опубликовал свои выводы, призывая увеличить программу подготовки авиации ВМС, сосредоточенную в Пенсаколе, штат Флорида, и включить в программу дополнительных офицеров.
Хотя министр ВМС одобрил эти рекомендации, Моффетт оказался втянутым в борьбу с адмиралами, которые опасались, что офицеры, занимающиеся авиацией, могут стать (если уже не стали) слишком оторванными от своего основного профессионального развития как "морских" офицеров. Еще не успели высохнуть чернила на рекомендациях Совета Джонсона, как контр-адмирал Уильям Р. Шумейкер, начальник Бюро навигации, отвечавший за кадровые вопросы, включая обучение и продвижение по службе, выдвинул контрплан. Его суть заключалась в том, что морские авиаторы не более специализированы, чем другие офицеры, и поэтому должны пройти свою часть морской службы, прежде чем приступать к выполнению авиационных заданий. Нехватка авиаторов, по мнению Шумейкера, может быть устранена за счет использования пилотов-срочников. Он также предложил в целях экономии резко сократить или отменить оплату за полеты. Моффетт считал, что предложение Шумейкера, если оно будет реализовано, приведет к тому, что число летчиков "сократится до горстки", а "мораль и эффективность существенно пострадают". Проще говоря, «это разрушит военно-морскую авиацию».
Этот спор лежал в основе продолжающегося спора об автономии Бюро навигации. Моффетт считал, что для того, чтобы военно-морская авиация опиралась на надежный фундамент, он должен отнять у Бюро навигации хотя бы фактическую власть над подготовкой и назначением офицеров и людей.
Поскольку отношения между бюро аэронавтики и навигации становились все более напряженными, был созван совет для рассмотрения кадрового вопроса. Его председателем был контр-адмирал Монтгомери Мейгс Тейлор. Отчет совета, опубликованный 20 января 1926 года, искал золотую середину между двумя противоборствующими бюро. В нем рекомендовалось, чтобы выпускники Аннаполиса отслужили два года морской службы перед авиационной подготовкой, но чтобы они имели только один дополнительный год морской службы перед тем, как получить право на повышение в звании до командира. Он также рекомендовал, чтобы в связи с нехваткой авиаторов старших классов линейные капитаны, не являющиеся авиаторами, могли быть направлены на командование авианосцами. При необходимости такие офицеры могли проходить сокращенную программу летной подготовки.
Попытки компромисса, предпринятые в отчете, не удовлетворили ни Моффетта, ни Шумейкера. Дело дошло до того, что Шумейкер попытался заставить Конгресс принять закон, призывающий перевести всех морских конструкторов (проектировщиков) на линейные работы, фактически удалив их из области их специализации и лишив BuAer их опыта. Моффетт обратился непосредственно к министру ВМС Кертису Д. Уилбуру, утверждая, что законопроект противоречит рекомендациям Совета Морроу и что «важные вопросы проектирования должны решаться штатными или постоянными специалистами». Нигде напряжение между двумя бюро не было таким острым, как в отношении офицеров-инженеров аэронавтики. Моффетт считал, что они необходимы для успеха морской авиации. Без них служба не могла гарантировать, что достижения в области авиационных технологий будут использоваться должным образом. Он утверждал, что «для создания группы достаточно квалифицированных технических офицеров их необходимо обучать, поощрять признанием их работы, наделять необходимыми полномочиями и защищать от дискриминации по причине их специализации».
Уилбур выступал против предложенного Шумейкером законодательства. С преемником Шумейкера, контр-адмиралом Ли, был достигнут компромисс. Тридцать три военно-морских строителя и один линейный офицер, ограниченный инженерной службой, были назначены на BuAer на постоянной основе, а дополнительные специалисты назначались по мере необходимости. В 1930 году была учреждена должность дежурного офицера авиационной техники, что позволило техническим специалистам продолжить карьеру в авиации, минуя отнимающую много времени морскую службу, требуемую от линейных офицеров. Моффетт одержал крупную победу. БуАэр добился еще одного успеха: количество летных классов в Пенсаколе было увеличено на 20 процентов, а выпускники Аннаполиса получили отсрочку от службы в море до окончания летной подготовки.