В королевских инструкциях приказывалось держать арестованных тамплиеров в строгом одиночном заключении; они должны были являться перед комиссарами инквизиции поодиночке, один за другим; им должна быть прочтена сущность обвинения; им должно быть обещано прощение, если они согласятся признаться и вернуться в лоно Церкви; их должно предупредить, что в случае упорства они будут преданы смерти и что будет применена пытка, чтобы добиться от них сознания. Собранные таким путем показания, скрепленные печатью инквизиторов, должны быть немедленно доставлены королю. Все имущество тамплиеров должно быть немедленно секвестровано и тщательно переписано. Приступая к делу, которое должно было вызвать сильное волнение, нужно было, прежде всего быть в состоянии оправдать его ссылкой на первые признания обвиняемых, и в этом отношении, чтобы добиться желательного результата, не было упущено ничего: ни обещаний, ни угроз, ни насилий.
Все это строго согласовалось с инквизиционной практикой, и результаты оправдали ожидания короля. Благодаря ловкости Ногаре, которому было поручено ведение всего этого дела, аресты были произведены по всему королевству 13 октября на восходе солнца; немногим тамплиерам удалось бежать. Ногаре лично захватил Парижский Тампль, где было арестовано около ста сорока тамплиеров, в том числе Моле и высшие сановники ордена. Богатства ордена перешли в руки короля. Много указаний предвещало эту катастрофу, но тамплиеры плохо знали смелость Филиппа и не сделали ничего для предотвращения удара. Отныне они, безоружные, находились во власти безжалостного трибунала, который сумеет вырвать у них по своему желанию сознание в виновности и предать их на презрение и проклятие всего человечества.
Первой заботой Филиппа было обеспечить себе поддержку общественного мнения и успокоить волнение, вызванное этим неожиданным событием. На другой день, в субботу 14 октября, магистры университета и каноники кафедрального собора были приглашены в собор Парижской Богоматери, где Гильом Ногаре, парижский прево и другие сановники представили изложение преступлений, в которых были обвинены тамплиеры.
На следующий день, в воскресенье 15-го, народ был созван собраться в саду королевского дворца, где доминиканцы и королевские ораторы разъяснили ему дело; подобные же меры были приняты по всему королевству. В понедельник 16-го были посланы королевские письма ко всем князьям христианского мира; в них извещалось об открытии ереси тамплиеров, и князья побуждались прийти королю на помощь в деле защиты веры, следуя его примеру. Тотчас же после этого инквизиция усердно принялась за дело.
С 19 октября по 24 ноября брат Гильом и его помощники отобрали и записали признания ста тридцати восьми узников, арестованных в Парижском Тампле; приемы, применявшиеся ими, были настолько действенны, что все, за исключением трех, сознались, по крайней мере, в некоторых предъявленных им обвинениях. Каковы были эти приемы, об этом, конечно, в протоколах не говорится, ибо мы знаем, что официально сознание всегда составлялось по выходе из комнаты пыток, и жертва обязана была принести клятву, что она сознавалась свободно и без принуждения, не от страха или насилия, хотя несчастный знал, что если он откажется от того, что сказал или что обещал сказать на колесе, то его ждала новая пытка или костер как еретика-рецидивиста.
Те же сцены происходили и по всей Франции, где уполномоченные брата Гильома, а иногда и он сам лично, при содействии королевских чиновников, прекрасно вели это же дело. Кроме того, покладистый Гильом, за недостатком помощников, пригодных для этого серьезного дела, иногда уполномочивал действовать вместо себя королевских чиновников. Сохранилось несколько протоколов допросов, бывших в Шампаньи, Нормандии, Керси, Бигорре, Бокере и Лангедоке; эти документы иногда упоминают о пытке, так что ясно, что к ней прибегали в случае надобности. Но она не всегда была необходима: обещание прощения и угроза костром, соединенные с лишением пищи и строгим тюремным арестом, часто развязывали языки и без пытки, инквизиционное судопроизводство было применено во всей строгости, как это видно из большого числа упоминаемых в регистрах случаев смерти и самоубийства.