Покидая Ферроль, Вильнев не осмелился сказать генералу Лористону, что идет в Кадис; однако, выйдя в море, он не скрыл от товарища мучительных тревог, побудивших его удалиться от Ла-Манша и направиться к оконечности Пиренейского полуострова. Вильнев появился в виду Кадиса 20 августа. Он, разумеется, готовился к бурной вспышке властительного гнева, провел несколько дней в глубоком отчаянии и не ошибся. Получив от своего адъютанта Лористона подробное донесение обо всём произошедшем, приняв двойственные речи Вильнева по выходе из Ферроля за двуличие, а умолчание о возвращении флота в Кадис – за предательство Лальмана, подвергшее последнего риску очутиться в Бресте в одиночестве, но в особенности вменив в вину Вильневу разрушение величайшего из его замыслов, Наполеон в присутствии министра Декре употребил в отношении адмирала самые оскорбительные слова и даже назвал трусом и предателем. Несчастный Вильнев не был ни трусом, ни предателем. Хороший солдат и гражданин, он был чрезмерно подавлен неопытностью французских моряков и несовершенством оснащения флота, напуган полной дезорганизацией испанского флота, и потому всякая встреча с неприятелем казалась ему непременным поражением. Он был в отчаянии от роли побежденного, назначенной ему Наполеоном.
Подхваченный потоком великих дел, Наполеон вскоре забыл об адмирале Вильневе и его поведении. Тем не менее перед отбытием на берега Дуная он последний раз подумал о своем флоте и подходящем его использовании. Флот Бреста и его дивизию он приказал разделить на несколько крейсерств, в соответствии с планом Декре отказаться от крупных морских сражений до той поры, пока французский флот не наберется опыта, а в ожидании этого времени устраивать дальние экспедиции небольшими эскадрами, почти неуловимыми для англичан, наносящими урон их торговле и выгодными для обучения моряков. Кроме того, Наполеон хотел придать флот Кадиса и его десантные войска в поддержку слабой армии генерала Сен-Сира в Таранто. Он полагал, что флот из сорока кораблей, и даже из сорока шести после соединения с картахенской дивизией, сможет какое-то время господствовать в Средиземном море, как господствовал там прежде флот Брюи, разгромить слабое английское крейсерство перед Неаполем и доставить генералу Сен-Сиру полезную помощь в виде четырех тысяч солдат. Поэтому он приказал флоту выйти из Кадиса, войти в Средиземное море, соединиться с дивизией Картахены, после чего идти в Тарентский залив, а в случае, если английские эскадры соединятся перед Кадисом, не позволить им себя запереть и выйти при условии своего численного превосходства, ибо лучше быть разбитым, чем обесчестить себя малодушием.
Решения эти, принятые Наполеоном под впечатлением от робости Вильнева, недостаточно зрелые и мало обсуждавшиеся с Декре, который не осмелился вновь повторять то, о чем он и так говорил слишком много, были без промедления переданы в Кадис. Адмирал Декре не пересказал Вильневу всех слов Наполеона, но перечислил, изъяв оскорбительные выражения, упреки его поведению начиная с выхода из Тулона и кончая возвращением в Испанию. Он также не скрыл от него, что придется немало потрудиться, чтобы вернуть себе уважение императора. Уведомляя Вильнева о новом назначении, он приказал ему выйти в море и подойти последовательно к Картахене, Неаполю и Таранто, дабы исполнить там предписания, о которых мы сообщили выше. Не приказывая ему выходить в море любой ценой, он передал ему и пожелание императора, чтобы французский флот не отказывался от боя при численном превосходстве над англичанами. Этим он и ограничился, не решившись ни объявить Вильневу всю правду, ни проявить настойчивость в отношении Наполеона, дабы предотвратить крупное морское сражение, уже не продиктованное необходимостью. Так, все подготовили свою долю вины за великое поражение: Наполеон – своим гневом, министр Декре – умолчаниями, а Вильнев – отчаянием.
Перед отбытием в Страсбург Наполеон отдал Декре последний приказ относительно морских операций. «Ваш друг Вильнев, – сказал он ему, – вероятно, не осмелится выйти из Кадиса. Отдайте командование эскадрой, если она еще не вышла, адмиралу Розили и прикажите адмиралу Вильневу явиться в Париж, чтобы отчитаться передо мной о своем поведении». У Декре не достало сил объявить Вильневу об этом новом несчастье, лишавшем того всякого средства оправдать себя, и он удовольствовался тем, что сообщил об отправке Розили, умолчав о причине таковой. Он не стал советовать Вильневу отплывать до прибытия Розили в Кадис, но понадеялся, что так и случится.
Получив письма Декре, Вильнев угадал всё, о чем тот умолчал, и почувствовал себя крайне несчастным. Более всего задело его обвинение в трусости, которого он никогда не заслуживал и которое усматривал в умолчаниях министра, его покровителя и друга.