Заняв таким образом Тироль, Бернадотту он поручил захватить Зальцбург. Он приказал ему передвинуться из Мюнхена к Инну и перейти его либо в Вассербурге, либо в Розенхайме. Генералу Мармону надлежало поддерживать Бернадотта. Так Наполеон получал два преимущества: он полностью прикрывал себя со стороны Альп и обеспечивал себе обладание верхним течением Инна, что мешало австро-русским войскам оборонять его нижнее течение от основной части французской армии. Сам Наполеон с корпусами Даву, Сульта и Ланна, резервом конницы и гвардией подступал с фронта к великой преграде Инна, намереваясь перейти из Мюльдорфа в Браунау.
Мюрат получил приказ отправляться 26 октября, с драгунами генералов Вальтера и Бомона, тяжелой кавалерией генерала д’Опуля и одним понтонным парком прямо на Мюльдорф, следуя из Мюнхена через Гогенлинден и пересекая таким образом поля, увековеченные Моро. Сульту надлежало прикрывать его с тыла, отставая на один переход. Даву двигался левее, через Фрайзинген, Дорфен и Нойёттинг. Ланн, который преследовал вместе с Мюратом эрцгерцога Фердинанда, должен был двигаться еще левее. Наконец, дивизия Дюпона, сильно углубившаяся в том же направлении, спускалась по Дунаю, чтобы завладеть Пассау. Наполеон с гвардией следовал на Мюратом и Сультом по большой дороге из Мюнхена.
Прежде чем покинуть Аугсбург, Наполеон приказал организовать в нем систему безопасности, о которой он всё более заботился по мере увеличения размаха своих операций. Она подразумевала создание на линии операций опорных пунктов, одинаково способных служить и при наступлении, и при отступлении. Помимо того что опорные пункты представляли определенную силу, в них должны были содержаться и запасы всякого рода, весьма полезные для армии наступающей и совершенно незаменимые для армии, которая отступает. В Баварии Наполеон выбрал для этой цели Аугсбург, который предоставлял некоторые средства обороны и ресурсы, подходящие большому населению. Он приказал соорудить там необходимые укрепления для защиты от внезапного нападения и пожелал, чтобы собрали боеприпасы, запасы зерна, скота, сукна, башмаков и обустроили госпитали. Сукно и башмаки он предписал заказать в Нюрнберге, Регенсбурге и Мюнхене, заплатив за них и потребовав быстрого исполнения, с доставкой изготовленной продукции в Аугсбург. Поскольку Аугсбург стал главным пунктом на пути армии, все подразделения должны были пройти через него и обеспечить себя всем недостающим. Приняв эти меры предосторожности, Наполеон пустился в путь, дабы нагнать свои корпуса, опередившие его на один-два перехода.
Движения армии исполнялись согласно его плану. Двадцать шестого октября армия целиком двигалась к Инну. Австро-русские войска не оставили целым ни один мост, но повсюду солдаты бросались в лодки, переправляясь под пулями и шрапнелью целыми подразделениями, очищали противоположный берег и восстанавливали мосты, которые редко оказывались разрушены неприятелем полностью из-за поспешности отступления. Бернадотт почти беспрепятственно перешел Инн в Вассербурге 28 октября. Сульт, Мюрат и Даву перешли Инн в Мюльдорфе и Нойёттинге. Ланн подошел к Браунау и, увидев перерезанный мост, послал на другой берег подразделение на нескольких захваченных лодках. Оно переправилось через реку и предстало перед воротами Браунау. Каково же было удивление французских солдат, когда они обнаружили, что крепость открыта, хоть и совершенно готова к обороне, полностью вооружена и снабжена значительными ресурсами. Ею тотчас завладели, заключив из столь странного факта, что враг отступает со стремительностью, граничащей с полным беспорядком.
Восхищенный столь важным приобретением, Наполеон лично прибыл в Браунау, дабы убедиться в мощи крепости и решить, как ее использовать. После осмотра, сочтя ее более подходящей для задуманного им плана, он приказал перевезти в нее большую часть ресурсов, которые хотели поначалу собрать в Аугсбурге. Он оставил в ней гарнизон и назначил комендантом своего адъютанта Лористона, возвратившегося из морской кампании при адмирале Вильневе. Наполеон назначал Лористона не простым комендантом, а управителем, обеспечивающим все тылы армии. Раненые, боеприпасы, провиант, прибытие из Франции призывников, отправка во Францию пленных – всё должно было проходить через Браунау, под надзором генерала Лористона.