Наполеон тем не менее повел себя так, как если бы такое решение было вероятно. Единственной позицией, которую мог занять неприятель для прикрытия Вены силами одной армии Кутузова или с присоединившимися к ней эрцгерцогами, была позиция Санкт-Пёльтен. Позиция эта весьма известна. Тесня Дунай к северу, Штирские Альпы от Мелька до Кремса продолжаются отрогом, который называют Каленбергом и который оканчивается у самого берега реки, почти не оставляя места для дороги. Каленберг прикрывает своей массой Вену, и, чтобы добраться до столицы, нужно пересечь его во всю глубину. На середине подъема на него и находится получившая имя расположенного по соседству города позиция Санкт-Пёльтен, на которой отступающая австрийская армия могла бы с преимуществом дать оборонительное сражение. Широкий деревянный мост через Дунай, находящийся в Кремсе, позволяя этой позиции сообщаться с обоими берегами реки, мог позволить русским и австрийским резервам подойти к ней из Богемии. Следовательно, только здесь Наполеон и мог встретить объединенные силы коалиции, если их соединение было возможно перед Веной. Поэтому при приближении к этому пункту он принял меры предосторожности, какие и можно было ждать от генерала, который, как никто из известных полководцев, соединял расчет с отвагой. Располагая справа корпусом Мармона, он решил отправить его в Леобен через Штирию. Мармон, если ему станет известно о приближении эрцгерцогов, должен был отступить к Великой армии и стать ее крайним правым флангом, или же, если эрцгерцоги передвинутся из Фриуля прямо в Венгрию, водвориться в самом Леобене и выручать Массена. Между дорогой, по которой должен был двинуться Мармон, и большой дорогой вдоль Дуная, по которой шла основная часть армии, имелась еще одна горная дорога, которая через выходит к Лилиенфельду, по ту сторону позиции Санкт-Пёльтен, предоставляя таким образом средство ее обойти. По ней Наполеон направил корпус Даву. После занятия Неем Тироля в корпусе Бернадотта в Зальцбурге не было более нужды, и Наполеон предписал ему сблизиться с центром армии, направив баварцев к корпусу Нея, что должно было им весьма понравиться, ибо они всегда притязали на владение Тиролем. Себе он оставил корпуса Сульта, Ланна и Бернадотта, а также конницу Мюрата и гвардию, которых было достаточно, чтобы подойти к позиции Санкт-Пёльтен с фронта, ибо в обход ее был отправлен корпус Даву.
Не ограничившись этим, Наполеон пожелал принять меры предосторожности и на левом берегу Дуная. До сих пор он двигался только по правому берегу. Между тем доходили слухи о некоем соединении в Богемии, сформированном эрцгерцогом Фердинандом, ушедшим из Ульма с несколькими тысячами всадников. Говорили также о приближении второй русской армии, ведомой из Моравии Александром. Поэтому следовало обезопасить себя и с этой стороны. Наполеон, передвинувший до того дивизию Дюпона в Пассау, приказал ей теперь выдвигаться по левому берегу Дуная, держась на одной линии с армией и отправляя разведчиков на дороги Богемии, чтобы знать, что там происходит. К дивизии Дюпона присоединились голландцы, оставившие Мармона. Рассудив, что этого недостаточно, Наполеон откомандировал к нему на левый берег дивизию Газана из корпуса Ланна. Командование обеими дивизиями он поручил Мортье и, чтобы не оставлять их без связи с Великой армией, продолжавшей движение по правому берегу, задумал составить из лодок, собранных на Инне, Трауне, Энсе и Дунае, многочисленную флотилию, на которую погрузил провиант, боеприпасы и всех уставших людей. Флотилия, спускаясь по Дунаю вместе с армией, способная за час перебросить направо или налево не менее десяти тысяч человек, соединяла оба берега и служила одновременно средством связи и транспорта. Во главе флотилии он поставил капитана Лостанжа, гвардейского офицера из моряков.