Мюрат собрал свои эскадроны и устремился к Веймару за новыми трофеями. На некотором расстоянии от города, на вершине длинного спуска, который образует большая дорога, соединяясь с долиной Ильма, собрались вперемешку подразделения австрийской пехоты, кавалерии и артиллерии. Эти войска опирались на небольшой лес, который называют Вебихтской рощей. Внезапно показались блестящие каски французской кавалерии. Несколько ружейных выстрелов раздалось из растерянной толпы. По этому сигналу вся масса, охваченная ужасом, покатилась по спуску, ведущему к Веймару: пехотинцы, всадники, артиллеристы, перескакивая друг через друга, устремились в бездну. Новое поражение, и весьма достойное жалости! Мюрат отправил за ними часть своих драгун, которые, подталкивая саблями эту исполненную ужаса толпу, преследовали ее до самых улиц Веймара. Мюрат обошел Веймар и отрезал путь беглецам, которые сдавались тысячами.
Из 70 тысяч пруссаков, появившихся на этом поле битвы, не осталось ни одного целого корпуса, ни одного, который отступил бы в порядке. Из 100 тысяч французов, составлявших корпуса Сульта, Ланна, Ожеро, Нея, Мюрата и гвардию, в сражении принимали участие от силы 50 тысяч, и их хватило, чтобы опрокинуть прусскую армию. Большинство ее солдат, пораженных своего рода помутнением рассудка, бросая оружие, не признавая более ни знамен, ни офицеров, разбегались по всем дорогам Тюрингии. Около 12 тысяч пруссаков и саксонцев, убитых и раненых, около 4 тысяч французов, также убитых и раненых, покрывали своими телами местность от Йены до Веймара. Пятнадцать тысяч пленных, двести пушечных орудий перешли в руки французских солдат, хмельных от радости. Снаряды пруссаков подожгли Йену, и с поля, где велось сражение, виднелись столбы пламени, вздымавшиеся среди тьмы. Снаряды французов бороздили Веймар и грозили ему той же участью. Крики беглецов, грохот кавалерии Мюрата, галопом проносившейся по его улицам и безжалостно рубившей саблями всех, кто не успевал бросить оружие, наполнили страхом этот очаровательный город, благородное пристанище прекрасной словесности и мирный театр прекраснейших умственных занятий! Большинство жителей Веймара и Йены спаслись бегством. Победители, по-хозяйски располагаясь в этих почти оставленных городах, устраивали склады и госпитали в церквях и общественных зданиях. Прибывший в Йену Наполеон, занимаясь, по обыкновению, сбором раненых, слышал крики «Да здравствует Император!» вперемешку со стонами умирающих. Ужасные сцены, вид которых был бы непереносим, если бы светоч славы, украшающий всё, не обволакивал их слепящими лучами!
Но как ни велики были достигнутые результаты, Наполеон еще не знал всего размаха своей победы, а пруссаки – всего размаха их поражения. В то время как пушки палили в Йене, пальба доносилась и справа, от Наумбурга. Наполеон часто смотрел в ту сторону, думая, что маршалам Даву и Бернадотту, соединившим вместе пятьдесят тысяч человек, нечего опасаться остальной прусской армии, основную часть которой, как он полагал, он разгромил в Йене. Наполеон неоднократно посылал им приказ скорее умереть до последнего, чем оставить мост Наумбурга. Князь Гогенлоэ, отступавший с болью в душе, также слышал пушки и склонялся к тому, чтобы двинуться к Наумбургу, то притягиваемый, то отталкиваемый известиями, доходившими из Ауэрштедта, где стояла лагерем армия герцога Брауншвейгского. Одни гонцы сообщали, что его армия одержала полную победу, другие, напротив, что она потерпела еще более сокрушительное поражение, чем армия Гогенлоэ. Вскоре князь узнал правду. Вот что произошло в тот памятный день, отмеченный двумя кровопролитными сражениями, данными в четырех лье друг от друга.