Между тем беглецы генерала Тауенцина оповестили весь прусский лагерь. При звуке пушек князь Гогенлоэ вышел на Веймарскую дорогу, где стояла лагерем прусская пехота, всё еще не веря в генеральное сражение и жалуясь на то, что войска утомляют напрасными призывами к оружию. Быстро выйдя из заблуждения, он начал принимать необходимые меры. Зная, что французы перешли Заале в Заальфельде, он ожидал их появления между Йеной и Веймаром и выстроил армию вдоль дороги между этими городами. Поскольку предположение не оправдалось, следовало изменить диспозиции: он сделал это решительно и быстро. Большую часть прусской пехоты под командованием генерала Граверта он отправил на позиции, оставленные генералом Тауенцином. У Шнеке, которая формировала его правый фланг, он оставил саксонскую дивизию Низемейшеля с приказом защищать насмерть подъемы дороги на плато. В помощь ей он придал присоединившуюся бригаду Черрини, укрепленную четырьмя саксонскими батальонами. Позади центра князь поместил резерв из пяти батальонов под командованием генерала Дигерна, для поддержки Граверта. В некотором удалении от поля сражения он приказал собрать и снабдить боеприпасами остатки корпуса Тауенцина. Генералу Хольцендорфу на левом фланге он приказал по возможности выдвигаться вперед и атаковать правый фланг французов, в то время как он сам попытается остановить их с фронта. Рюхель также получил сообщение о происходящем с призывом ускорить марш. Наконец, сам князь Гогенлоэ выступил навстречу французам с кавалерией и конной артиллерией, дабы удержать их и прикрыть пехоту Граверта.
Прервавшийся бой возобновился с еще большим жаром около десяти часов утра. В то время как Сульт справа взбирался на высоты с дивизией Сент-Илера, Ланн в центре разворачивал дивизии Сюше и Газана, а Ожеро слева захватывал деревню Иссерштедт, Ней под покровом тумана привел три тысячи элитных бойцов и занял место между Ланном и Ожеро, перед деревней Фирценхейлиген, оказавшейся посередине поля сражения. Он прибыл в ту самую минуту, когда во главе прусской кавалерии появился князь Гогенлоэ. Внезапно очутившись перед неприятелем, Ней вступил в бой прежде, чем Наполеон дал приказ возобновить его. Поскольку конная артиллерия князя была уже расставлена, Ней бросил на нее в атаку 10-й егерский. Построившись в роще, полк вылетел из нее галопом, поднялся на фланг прусской артиллерии, под огнем всей неприятельской линии порубил саблями канониров и захватил семь орудий. Но атакованные всей массой прусских кирасиров, французы вынуждены были стремительно ретироваться. Тогда Ней бросил вперед 3-й гусарский. Этот полк сманеврировал так же, как 10-й: построился в роще, поднялся к флангу кирасиров, внезапно обрушился на них, разметал и заставил отступить. Однако двух полков легкой кавалерии было недостаточно для противостояния тридцати эскадронам драгун и кирасиров, и французским егерям и гусарам вскоре пришлось искать убежища за пехотой. Тогда Ней выставил вперед батальон гренадеров и батальон вольтижеров, поставил их в два каре и, лично войдя в одно из них, выступил против атак прусской кавалерии. Он подпускал неприятельских кирасиров на двадцать шагов к штыкам, приводя их в ужас видом неподвижной пехоты, сдерживающей огонь. Затем по его сигналу открывался огонь в упор и участок покрывался убитыми и ранеными. После нескольких атак оба каре оставались непоколебимы.
Наполеон на Ландграфенберге был весьма удивлен возобновлением огня без его приказа. Еще с большим удивлением он узнал, что Ней, который, как он полагал, находится сзади, ведет бой с пруссаками. Он был весьма недоволен, но, прибыв к Фирценхейлигену, увидел с высоты, как два небольших каре Нея обороняются против всей прусской кавалерии. Их героическое самообладание развеяло всё его недовольство. Наполеон послал Бертрана с двумя полками легкой кавалерии, единственными, оказавшиеся у него под рукой в отсутствие Мюрата, на помощь Нею и приказал Ланну выдвинуть вперед его пехоту.
Бесстрашный Ней в ожидании подмоги не падал духом. Вновь двинув в атаку четыре конных полка, он перевел 25-й легкий пехотный на левый фланг, дабы опереться на лес Иссерштедта, который пытался захватить, в свою очередь, Ожеро; он выдвинул гренадерский батальон к роще и бросил батальон вольтижеров на деревню Фирценхейлиген, чтобы завладеть ею. Ланн, в ту же минуту подоспевший на помощь, бросил на эту деревню 21-й легкий пехотный и во главе нескольких легких полков вышел прямо на прусскую пехоту генерала Граверта. Три небольших подразделения Нея жестоко пострадали, но Ланн, несмотря на повторные атаки кавалерии князя Гогенлоэ, попытался обойти пехоту Гравер-та справа.