Неутомимый Мюрат в это время примчался со своими эскадронами в Эрфурт и осадил крепость, хоть и не слишком мощную, но окруженную крепкими стенами и снабженную значительными припасами. Ее переполняли раненые и беглецы. Туда доставили маршала Мёллендорфа, в отношении которого Наполеон приказывал демонстрировать величайшее почтение. Мюрат предъявил городу ультиматум, подкрепив его пехотой маршала Нея. Среди прусских беглецов не было никого, кто мог бы противостоять французам и оказать энергичное сопротивление. Крепость капитулировала в тот же вечер, 15 октября. Помимо находившихся в ней шести тысяч прусских раненых, взяли девять тысяч пленных и огромную добычу. Мюрат и Ней без промедления отбыли для преследования основной части прусской армии.
Мюрат послал в Вайсензее драгун Клейна на перехват бежавших разрозненно корпусов. Город находился между Соммердой, где король провел предыдущую ночь, и Зондерсхаузеном, где он должен был провести следующую. Генерал Клейн добрался туда раньше пруссаков. Блюхер, прибыв со своей кавалерией, был весьма удивлен, встретив уже на пути драгун Мюрата. Он начал переговоры с Клейном, и, ссылаясь на письмо Наполеона королю Пруссии, содержавшее, по слухам, предложение мира, заявил, что уже подписано перемирие. Генерал Клейн поверил Блюхеру и не стал мешать его отступлению. Военная хитрость спасла осколки прусской армии. Генерал Блюхер и маршал Калькрейт смогли отправиться в Гройсен. Но за их корпусами той же дорогой следовал маршал Сульт. Утром 16-го он настиг в Гройсене арьергард Калькрейта, который, желая выиграть время, тоже пустил в ход басню о перемирии. Сульт не поддался его словам, объявив, что не верит в подписание перемирия и, несколько потянув переговоры, чтобы дать время подойти своей пехоте, атаковал Гройсен, захватил его и собрал множество пленных, лошадей и пушек. Семнадцатого октября преследуемые и преследователи двинулись на Зондерсхаузен и Нордхаузен, притом что первые оставляли последним обозы, пушки и целые батальоны. На дорогах уже было подобрано более двухсот орудий и множество пленных.
В Нордхаузене Фридрих-Вильгельм нашел князя Гогенлоэ. Всё еще веря в таланты этого генерала, который был разбит, как и герцог Брауншвейгский, но в глазах армии имел заслугу порицания плана главнокомандующего, король назначил главнокомандующим его. Командование двумя резервными дивизиями он оставил, тем не менее, старому Калькрейту, который также имел обыкновение порицать всё, что было сделано. Эта мера была единственной, которую принял король после великого поражения. Печальный, молчаливый, сурово взирая на безумцев, желавших войны, но избавляя их от упреков, которые они могли ему вернуть, ибо если они были виноваты в безрассудстве, он был виноват в слабости, Фридрих-Вильгельм двинулся к Берлину в ту самую минуту, когда его присутствие было бы не лишним в армии, чтобы воспрянули ее впавшие в уныние, разделенные и исполненные горечи сердца, чтобы собрать из ее обломков целый корпус, который мог замедлить переход через Эльбу, прикрыть на время Берлин и, отступив на Одер, доставить русским солидное подкрепление. Отъезд был серьезной ошибкой, недостойной личной отваги, которую король Прусский выказал в сражении. Монарх добавил лишь одно действие к назначению князя Гогенлоэ: он написал Наполеону, выразив ему сожаление по поводу войны с Францией и предложив незамедлительно начать переговоры.
Поскольку король покинул штаб-квартиру, не дав никаких указаний генералам, те действовали без малейшего согласия. Князь Гогенлоэ собрал остатки двух армий, за вычетом резерва, вверенного Калькрейту, и соединил их в три подразделения: два из войск, сохранивших кое-какую организацию, третье, включающее массу беглецов. Все три он направил на Эльбу, приказав следовать тремя линиями в одном направлении, из Нордхаузена в Магдебург. Генерал Блюхер с двумя батальонами и кавалерийским корпусом, обогнув горы Гарца, собирался спуститься на равнины Ганновера. Герцог Веймарский, уходивший с авангардом в Тюрингский лес, но вскоре вернувшийся на шум сражений, узнав о движения Блюхера, решил соединиться с ним. Маршал Калькрейт, оставшись ненадолго в Нордхаузене для прикрытия отступления, направился прямо на Эльбу, под Магдебург.
Ней, Сульт и Мюрат преследовали прусскую армию форсированными маршами, на каждом шагу захватывая пленных и снаряжение. Но путь из Нордхаузена в Магдебург был слишком недолог, чтобы они успели нагнать пруссаков. Однако, не оставляя их в покое ни на день, французы достигли главной цели, лишив их всякой возможности реорганизоваться и сформировать уже на Эльбе сколько-нибудь прочное соединение.