Русские отступили, оставив на поле битвы 7 тысяч убитых и более 5 тысяч раненых и уведя около 15 тысяч раненых с собой, что позволяло оценить их потери в 26–27 тысяч человек. Французы захватили 3–4 тысячи пленных, 24 орудия, 16 знамен. Таким образом, общие потери русских составляли 30 тысяч, а французы потеряли 10 тысяч человек, из них 3 тысячи убитыми и 7 тысяч ранеными. Меньшие потери французских войск объяснялись неглубокими боевыми порядками и меткостью артиллеристов и солдат. Итого, в тот роковой день от огня и меча пало с обеих сторон около сорока тысяч человек.
В 9 утра Наполеон отправил драгун и кирасиров вдогонку за русскими, дабы оттеснить их к Кенигсбергу и отбросить на всю зиму за Прегель. Маршалу Нею, не сильно пострадавшему в сражении при Эйлау, было поручено поддержать Мюрата. Маршалам Даву и Сульту приказывалось следовать за ними на небольшом расстоянии. Сам Наполеон остался в Эйлау, чтобы перевязать раны своей доблестной армии, накормить ее и привести в порядок ее тылы. Это было важнее преследования, с которым его помощники могли справиться сами. Они остановились лишь на берегу Фришинга, а Мюрат довел свои эскадроны до самого Кенигсберга. Поспешно бежавшие русские – одни за Прегель, другие в сам Кенигсберг – готовились оборонять город и выставили на стены многочисленную артиллерию. Перепуганное население решило, что ему придется испытать участь Любека. К счастью для них Наполеон приказал остановить наступательные операции. Да, он послал к стенам Кенигсберга Мюрата, но не собирался вести туда всю армию. Выдвинув свои корпуса к Фришингу, проведя на нем несколько дней и убедившись, что неприятель не выходит из-за линий, Наполеон принял решение вернуться в свои расположения. По-прежнему стоял холод, и этим воспользовались, чтобы эвакуировать на санях раненых.
Семнадцатого февраля, после полной эвакуации раненых, больных, пленных и захваченной у неприятеля артиллерии, Наполеон начал попятное движение. Он поднялся по Алле до озер, откуда она вытекает и откуда берет начало Пассарге, а затем повернул на Торн, Мариенбург и Эльбинг, решив отныне опираться на нижнее течение Вислы. Последние события переменили его мысли касательно базы операций. И вот каковы были мотивы перемены. Преимущество позиции между ответвлениями Вкры, Нарева и Буга, которую он вначале занимал, состояло в том, что она прикрывала столицу и, в случае выдвижения неприятеля вдоль побережья, позволяла с легкостью его обойти, окружить и прижать к морю. Однако после разоблачения маневра было маловероятно, чтобы русские вновь подвергли себя опасности, которой им удалось избежать почти чудом. Поэтому позиция перед Варшавой, уже не доставляя преимущества, представляла собой серьезное неудобство, вынуждая армию чрезмерно рассредоточиваться, чтобы одновременно прикрывать Варшаву и Данциг, осада которого становилась срочной операцией. Поэтому Наполеон принял решение отойти от Варшавы, вверив охрану столицы пятому корпусу, полякам и баварцам (уже покорившим крепости Силезии), и расположить б\льшую частью своих войск перед низовьями Вислы, за Пассарге. Имея Торн справа, Эльбинг слева, Данциг за спиной, центр в Остероде и аванпосты между Пассарге и Алле, он сам прикрывал Данциг, не имея нужды отправлять туда часть войск.
Корпус Бернадотта Наполеон расположил слева, на Пассарге; корпус Сульта – в центре, между Либштадтом и Морунгеном; корпус Даву – справа, в месте наибольшего сближения Алле и Пассарге; корпус Нея – в авангарде, в Гуттштадте; штаб-квартиру и гвардию – в Остероде, на центральной. Гренадеров и вольтижеров генерала Уди-но, образующих пехотный резерв в 6–7 тысяч человек, Наполеон подтянул в Остероде, а кавалерию рассредоточил в тылах между Остероде и Вислой, в краях, изобилующих всякого рода фуражом.
Перечислив расположение корпусов, мы не указали корпуса Ожеро. Наполеон распустил его. Ожеро покинул армию, расстроенный тем, что произошло с ним в Эйлау, некстати приписав свою неудачу зависти товарищей, которые, по его мнению, не поддержали его. Император отослал его во Францию со свидетельствами удовлетворения, призванными его утешить, но, из опасения, что наполовину уничтоженный седьмой корпус заражен унынием, выказанным его командиром, объявил, предварительно раздав награды, о его роспуске. Полки распределили между маршалами Даву, Сультом и Неем. Из 12 тысяч человек этого корпуса в Эйлау сражались 7 тысяч, и две трети из них были выведены из строя. Выжившие и отставшие доставили различным армейским корпусам 7–8 тысяч человек подкрепления.