Императоръ Александръ I вскорѣ убѣдился въ недостаточной подготовленности членовъ негласнаго комитета къ разрѣшенію крупныхъ государственныхъ вопросовъ. Ближайшимъ сподвижникомъ государя сталъ Михаилъ Мих. Сперанскій
(1772-1839). Сынъ священника, онъ учился во Владимірской семинаріи, окончилъ главную семинарію при Александро-Невскомъ мон. въ Петербургѣ, остался тамъ учителемъ. Вмѣстѣ съ тѣмъ, онъ былъ личнымъ секретаремъ, а потомъ чиновникомъ канцеляріи кн. А. Б. Куракина, въ то время генералъ-прокурора. Сперанскій сталъ извѣстенъ имп. Александру, который назначилъ его статсъ-секретаремъ, все болѣе приближалъ къ себѣ, поручалъ ему разработку важныхъ законопроектовъ.Въ концѣ 1807 г. государь выдвинулъ вопросъ о возвышеніи образованія и матеріальныхъ средствъ духовенства. По-видимому, Сперанскій, знавшій по своему прошлому, существующее положеніе, проявилъ починъ въ этомъ дѣлѣ. Голицынъ, вѣроятно подъ его вліяніемъ, подалъ 20 ноября докладъ государю о учрежденіи особаго Комитета
для обсужденія этого вопроса людьми изъ среды духовенства и лицъ занимающихъ высшія государственныя должности. Членами Комитета были назначены: митр. Амвросій, епископъ Ѳеофилактъ, протопресвитеръ Краснопѣвковъ, оберъ-священникъ Державинъ, кн. Голицынъ и Сперанскій. Въ разработкѣ этого вопроса, наряду съ владыкой Амвросіемъ, принимали участіе видные іерархи, тогда члены Сѵнода. Таковыми были: епископъ Меѳодій (Смирновъ), извѣстный хорошимъ устройствомъ учебныхъ заведеній въ управлявшихся имъ епархіяхъ, возглавлявшій тогда тверскую; архіеп. астраханскій Анастасій (Братановскій), членъ россійской академіи, работавшій надъ этимъ вопросомъ еще до образованія комитета (ум. въ дек. 1806 г.); еп. калужскій, потомъ рязанскій, Ѳеофилактъ (Русановъ), однокурсникъ и другъ Сперанскаго, хорошо образованный и по общимъ наукамъ. Будучи съ 1807 г. членомъ Сѵнода, онъ вскорѣ сдѣлался вліятельнѣе митр. Амвросія. Ближайшимъ помощникомъ митрополита былъ тогда его викарій, еп. старорусскій Евгеній (Болховитиновъ), впослѣдствіи митрополитъ кіевскій и членъ россійской академіи. Онъ былъ воспитанникомъ московскихъ университета и академіи, изъ вдовыхъ священниковъ, префектъ петербургской академіи. Послѣдній разработалъ преимущественно учебную и административную части проекта объ усовершенствованіи духовнаго образованія. При разработкѣ экономической части владыка Анастасій выдвинулъ вопросъ о назначеніи содержанія для духовныхъ школъ изъ свѣчного дохода церквей. Въ іюлѣ 1808 г. Комитетъ выработалъ: 1) планъ новой организаціи всего духовнаго образованія и 2) планъ изысканія средствъ для созданія огромнаго капитала духовнаго вѣдомства.Во главѣ всего духовно-учебнаго дѣла была въ томъ же году поставлена комиссія духовныхъ училищъ
изъ высшихъ духовныхъ и частью и свѣтскихъ сановниковъ, засѣдавшихъ въ прежнемъ комитетѣ. Этимъ при Сѵнодѣ впервые создалось центральное учрежденіе, вѣдавшее духовнымъ образованіемъ въ государствѣ. Окружными органами комиссіи сдѣланы были духовныя академіи, для чего при нихъ были учреждены особыя конференціи, составленныя изъ мѣстныхъ ученыхъ и духовныхъ лицъ. Ближайшее попеченіе о школахъ по прежнему предоставлено было мѣстнымъ архіереямъ, но самимъ лично, безъ участія въ немъ консисторій.Средства
на содержаніе духовныхъ школъ должны были создаться безъ особаго отягощенія государства и народа. Въ основу капитала были положены: 1) экономическія суммы всѣхъ церквей (до 5.600.000), которыя назначено было помѣстить въ банкъ для приращенія; 2) ежегодный свѣчной доходъ церквей (до 3.000.000 р.), тоже назначенный къ помѣщенію въ банкѣ; 3) ежегодное пособіе отъ казны (1.300.000) въ теченіе только 6 лѣтъ. Предполагалось, что Сѵнодъ будетъ ежегодно имѣть на расходы 4 съ лишнимъ мил., которые со временемъ дойдутъ до 8 съ половиною мил. На послѣднюю сумму можно было бы полностью обезпечить содержаніе духовныхъ школъ и всѣхъ церковныхъ причтовъ (отъ 300 до 1000 р. на каждый). Но расчеты эти разстроились частично изъ за утаекъ нѣкоторыми приходами экономическихъ и свѣчныхъ суммъ, главнымъ же образомъ изъ за наступившей вскорѣ войны и вызванныхъ ею бѣдствій.Сѵнодъ пожертвовалъ полтора мил. изъ своего капитала на военныя нужды. Архіереи и монастыри жертвовали, какъ и встарь. Вражеское нашествіе французовъ и подвластныхъ Наполеону пародовъ произвело въ рядѣ губерній и въ самой Москвѣ страшныя разрушенія. Послѣ войны 1812 г. приходилось возстанавливать множество храмовъ и монастырей и помогать разоренному духовенству. На удовлетвореніе этихъ нуждъ Сѵнодъ долженъ былъ отпустить изъ своихъ суммъ еще три съ половиною мил. Къ 1815 г., когда капиталъ долженъ былъ возрасти нормально до 24 мил., онъ едва составлялъ 15 мил. На проценты съ этого капитала съ трудомъ можно было бы содержать однѣ духовныя школы, почему онъ и получилъ назначеніе капитала учебнаго.
Отъ выдачи изъ него окладовъ на причты пришлось отказаться.