Через год после того, как он стал наместником Сирии, его люди вступили в бой с дамасским вали Мустафа-пашой при Анджаре в Бекаа и взяли его в плен. Однако Фахр ад-Дин немедленно выпустил его на свободу. В течение следующих одиннадцати лет эмир получил возможность свободно добиваться третьей цели своей жизни – модернизации Ливана. К своим государственным и частным проектам он привлекал архитекторов, инженеров по ирригации и специалистов по сельскому хозяйству, которых привез из Италии. Имеющиеся документы свидетельствуют о том, что он приглашал делегации из Тосканы, чтобы познакомить ливанских крестьян с усовершенствованными методами земледелия, и просил прислать ему скот для улучшения местной породы. Он украсил и укрепил Бейрут, где построил роскошную резиденцию с великолепным садом. Мондрелл в 1697 году посетил этот сад, где стояло несколько пьедесталов для статуй, «из чего можно сделать вывод, что этот эмир не был очень ревностным магометанином». Его недостроенный дворец в Сидоне стоял напротив хана, построенного там для французов. В этот период в Сидоне обосновалась миссия капуцинов и открыла свои центры в Бейруте, Триполи, Алеппо, Дамаске и некоторых деревнях Ливана. Иезуиты и кармелиты появились в стране примерно в то же время. В интересах сельского хозяйства Фахр ад-Дин поощрял переселение христиан из Северного Ливана в Южный. Он также охотно принял в Ливане своих друзей Джанбалатов из Алеппо. Он допускал в свой ближний круг европейских миссионеров, коммерсантов и консулов, причем все принятые при Сулеймане капитуляции оставались в силе. Консульские доклады показывают, что он защищал европейских торговцев в Сидоне от пиратов. На протяжении всей жизни у него были советники-марониты, и первым из них – Абу-Надир аль-Хазин. Еще один Хазин командовал его войсками. Он поднял статус этого рода, который защищал и воспитывал его как сироту, от простолюдинов до шейхов, один раз в письме обратившись к его главе со словами «дорогой брат» (аль-ах аль-азиз) – таковы были тогдашние порядки. При наследственных правителях из этого рода Кисраван превратился в процветающий христианский регион. Какое-то время выдающийся ученый аль-Хакилани выполнял роль его агента в Италии. Через него Фахр ад-Дин вложил в один из флорентийских банков деньги, которые век спустя его потомки попытались вернуть при помощи другого ученого, ас-Самани, но безуспешно.
Симпатии Фахр ад-Лина к христианам заставили некоторых объявлять его христианином. По словам Сэндиса, «никто не видел, чтобы он молился, он никогда не появлялся в мечети». Д’Арвье полагал, что эмир исповедует религию своего народа, «у которого нет религии». Вполне вероятно, что он, как и другие Мааны, представал мусульманином перед османскими властями и внешним миром, а в душе был друзом, как и его народ. Согласно одному источнику, в 1633 году его крестил монах-капуцин, его врач.
Социально-экономическая программа эмира не заставила его пренебречь и военными потребностями своего государства. Доходов от увеличения торговли, особенно за счет морских портов Триполи и Сидона, хватало и на первое, и на второе. В то время с особым успехом выращивались тутовые деревья. Годовой доход эмирата оценивался в 900 тысяч золотых фунтов, из 43 три тысячи шли в императорскую казну. Используя новейшее материально-техническое оснащение из Тосканы, Фахр ад-Дин снарядил армию численностью от сорока до ста тысяч человек, в основном маронитов и друзов, и отстроил некоторые из старинных замков. Крепость, венчающая гору в Тадмуре, до сих пор носит его имя. Эти возросшие вооружения, переговоры эмира с европейцами и симпатии к христианству снова привлекли к нему подозрительные взоры султана. В 1633 году Мурад IV приказал своему вали в Дамаске Кючюку Ахмед-паше выступить на Фахр ад-Дина во главе огромной армии, набранной в Анатолии и Египте. Тем временем флот под командованием Джафар-паши открыл действия против прибрежных крепостей и портов. Подчиненные Фахр ад-Дину Сайфы, Харфуши и йемениты отступились от него. Его храбрый сын Али, управлявший Сафадом, пал в битве в Вади-ат-Тайм у подножия горы Хермон. Просьбы эмира о помощи к его итальянским союзникам остались без ответа. В течение нескольких месяцев он скрывался в Калаат-Нихе, а затем в почти неприступной пещере в горах у Джаззина, где его наконец обнаружили и вместе с тремя сыновьями в цепях доставили в Константинополь (около 10 февраля 1635 г.). Красноречие, которое когда-то спасло эмират его деду, на этот раз спасло ему жизнь – но лишь ненадолго. Он обратился к султану с такими словами: