Великий князь Василий II поручил ему возвратиться на собор во главе русской делегации, но при условии, что он не привезет назад в Москву никаких «новшеств». Тем временем папа римский перевел собор в Италию, где Исидор присоединился к другим делегатам от Восточной церкви, прибывшим из Константинополя. Сначала в Ферраре, а затем во Флоренции, где 6 июля 1439 г. был наконец заключен союз, митрополит Киевский во многом способствовал этому успеху и был послан на Русь как кардинал и легат Евгения IV, чтобы добиться принятия этого союза там. Однако такой результат он получил только в епархиях, находившихся в пределах Польши и Литвы, где он останавливался по пути в Москву. В Москве он был брошен в тюрьму Василием II, который отверг все решения собора. Бежав из тюрьмы, Исидор снова посетил польско-литовскую часть своей митрополии, а затем поехал в Рим через Венгрию и больше никогда не возвращался в Россию. Было очевидно, что Флорентийская уния не имела никаких шансов на одобрение в Великорусском (Русском) государстве, несмотря на ее официальное признание Византийской (Восточной Римской) империей. Напротив, когда Василий II получил информацию о том, что греческая церковь теперь по-настоящему воссоединилась с Римом, и когда он разгромил своего внутреннего врага в продолжительной гражданской войне, в которой его поддерживала русская церковь, в 1448 г. он дал ей другого митрополита, разорвав ее связи с Константинополем. Замысел того, что Москва должна стать третьим и последним Римом, можно проследить до этих событий, которые были еще одним шагом на пути к отделению Московской Великой России от территорий старой Киевской Руси, включенной теперь в федерацию Ягеллонов.
Ведущая роль этой федерации во всей Центрально-Восточной Европе стала даже более очевидна, когда в 1440 г. – после смерти Альбрехта II Габсбурга в 1439 г. – король Польши Владислав III был избран королем Венгрии. Там он принял кардинала Исидора, возвращавшегося в Рим, и в дарованной в 1443 г. привилегии гарантировал полное равенство католикам восточного толка (
Однако Габсбургская династия не только продолжала контролировать Чехию, но и противодействовала королю Польши Владиславу в Венгрии, заставляя его отложить борьбу с растущей опасностью со стороны турок-османов, которую он пообещал вести. Но когда кардинал Чезарини вел переговоры с Австрией в 1442 г., наступил момент сделать последнее усилие, чтобы освободить балканские народы и спасти то, что еще осталось от Византийской империи, тем самым укрепляя Флорентийскую унию.
Первый крестовый поход, предпринятый в 1443 г. под командованием молодого короля и Иоанна (Яноша) Хуньяди (Гуниади), могущественного феодала из Трансильвании, оборонявшего южную границу Венгрии в предыдущие годы, имел большой успех. При сотрудничестве с деспотом Сербии Георгием Бранковичем и участии многих польских рыцарей венгерская армия стала наступать по территории Болгарии и достигла Балканских гор. В тот год было слишком поздно продолжать двигаться в направлении Константинополя, но турки потерпели поражения в нескольких сражениях, и другой военный поход был запланирован на следующий год в союзе с западными правителями, которые по приглашению папы римского пообещали подготовить христианский флот и отправить его в пролив.
В Венгрии и Польше были сторонники умиротворения, особенно среди тех, которые поддержали Базельский собор в его оппозиции Евгению IV. На Бранковича тоже повлияли мирные предложения турок, и в июне 1444 г. сербско-венгерская делегация отправилась в Адрианополь, тогдашнюю столицу турок, и там заключила на 10 лет перемирие с Мурадом II. Но король Владислав, верный своим более ранним обязательствам, отказался ратифицировать этот договор, когда турецкие посланники прибыли в Сегед в Венгрии. Зная о том, что флот христиан, снаряженный папой, Венецией, Рагузой (Дубровником) и Бургундией, вышел в сторону пролива, что турки вывели свои главные силы в Малую Азию, а греки, ожидавшие помощи, наступают из Мореи, этот Ягеллон начал второй свой крестовый поход, который, несмотря на сепаратный мир, заключенный Бранковичем, имел серьезные шансы на успех.