Едва только король Казимир урегулировал отношения между поляками и литовцами и заключил что-то вроде
У литовцев был также шанс получить лучший доступ к Балтийскому морю, потому что восточная часть владений ордена с портом Мемелем в устье реки Неман была предназначена, безусловно, для Великого княжества Литовского. Но беспокойные магнаты, контролировавшие Литву, не поддерживали идею ее участия в войне, которая благодаря энергичному противодействию ордена, как военному, так и дипломатическому, продлилась 13 лет. В начале войны почти все крепости Пруссии были заняты мятежниками, а Гданьск оказался особенно полезен в финансовой поддержке войны, и вскоре стало очевидно, что в конечном счете территория ордена будет разделена. В добавление к Польскому Поморью несколько районов на правом берегу Вислы, включая столицу Мариенбург, которая была продана полякам в 1457 г. собственными наемниками ордена, и епархия Вармия (Эрмеланд) была освобождена от власти рыцарей. Но, несмотря на незначительную победу, одержанную в 1462 г. поляками, которые тоже начали использовать наемников в этой изнурительной войне, восточная часть Пруссии с новой столицей, Кёнигсбергом, была оставлена ордену по мирному договору, который был заключен в Торуни в 1466 г. при посредничестве папы после провала перед этим дипломатического вмешательства других держав. Но Великий магистр должен был стать вассалом короля Польши, так что формально вся Пруссия была объединена с Польшей – ее западная часть, теперь называемая Королевской Пруссией, в качестве автономной провинции, а восточная часть как феодальное владение.
Такое решение совершенно не удовлетворило орден, и он почти немедленно начал требовать пересмотра договора, который так и не был окончательно одобрен ни папой, ни императором – традиционными защитниками ордена, Великие магистры которого едва соблюдали свои феодальные обязательства перед Польшей. Тем не менее возвращение свободного доступа к балтийским берегам, где Гданьск был обладателем привилегированного положения, стало огромным успехом для Польского королевства, которое теперь достигло пика своего могущества и простиралось от Балтийского до Черного моря.
В ходе войны королю пришлось сделать новые уступки аристократии, но ему удалось изолировать аристократическую оппозицию Малой Польши, возглавляемую кардиналом Олесницким, а законодательные полномочия, дарованные провинциальным законодательным собраниям в 1454 г., ускорили развитие парламентской формы правления. Во второй половине царствования Казимира Законодательное собрание Польши (сейм) уже существовал как двухпалатный орган, состоявший из Королевского совета, теперь называвшегося сенатом, и палаты представителей, выбираемых законодательными собраниями провинций. Тем не менее власть короля, который пытался сохранить устойчивый баланс между всеми классами общества, была все еще настолько велика, что почти сразу же после Прусской войны он имел возможность предпринять широкую дипломатическую акцию в интересах своей династии.
Действительно, в интересах польского народа было иметь, по крайней мере, династические связи с соседними странами – Чехией и Венгрией, а в интересах всей Центрально-Восточной Европы было оставаться объединенной в политическую систему, которая, не будучи реальной федерацией, гарантировала мир и безопасность под властью общей династии, представители которой везде способствовали свободному развитию наций. Поэтому Ягеллоны гораздо больше подходили для заинтересованного населения, чем Габсбурги, олицетворявшие немецкое проникновение и влияние империи, корона которой находилась в их роду с 1438 г.