Банды Ширяя и Наливайко вызвали своими зверствами возмущение даже у Лжедмитрия II, разоряли районы, которые ему покорились. Поссорившись с «цариком», они ушли под Смоленск, передались на службу Сигизмунду III. А атаман Олевченко привел королю аж 30 тыс. «запорожцев». Такого количества казаков в Сечи никогда не было, численность настоящих запорожцев не превышала 8–9 тыс. Очевидно, Олевченко набрал по Украине кого угодно. В реестр это воинство не входило, вот и обозначало себя «запорожцами». Но другие вспоминали о вере, о родстве с русскими. В результате разделялись. Так, отряд запорожцев Тараса Трясило вместе с донскими казаками присоединился к Первому Земскому ополчению, участвовал в осаде Москвы, потом ушел к Пожарскому. А в армии Ходкевича, пытавшегося прорвать осаду, было 4 тыс. запорожцев Ширяя и Наливайко.
Однако и Сечь в это время не опустела. Часть казаков на Русь не пошли, стекались новые удальцы. Они продолжали традиционную борьбу с «басурманами». В данный период в Запорожье выдвинулся Петр Конашевич-Сагайдачный. Он родился в Галиции в семье шляхтича, окончил школу Острожского православного братства. Потом из-за каких-то домашних неурядиц подался на Сечь. Сагайдачный оставался твердым в православии, но считал, что веру и права казаков можно отстоять в рамках польского государства. Заслужить доблестью и кровью – неужели король и правительство не оценят, не пойдут навстречу? В составе польской армии он воевал с турками, шведами. Выдвинулся как талантливый командир. Запорожцы избрали его гетманом, и он год за годом возглавлял морские походы. Под его началом казаки брали Варну, Очаков, Перекоп, Измаил, Аккерман, Синоп, Кафу, эскадра его «чаек» появлялась возле самого Стамбула.
Но Польша продолжала войну с русскими, ополчение Пожарского и Минина отбило Москву, отразило несколько вторжений. В таких условиях задирать турок казачьими набегами было для короля совершенно ни к чему. А в России войск не хватало. Шляхта, потеряв многих товарищей, призывы Сигизмунда игнорировала. Возникла идея перенацелить запорожцев на нужное направление. Коронный гетман Жолкевский вступил в переговоры с Сагайдачным. Обещал за помощь серьезные уступки. Сошлись на том, что поляки признают права и неприкосновенность православной церкви, увеличат реестр, предоставят Запорожскому войску автономию.
В 1617 г. королевич Владислав возглавил поход на Москву. Но у него собралось лишь 15 тыс. «рыцарства», и русские зажали его под Можайском, обложили с нескольких сторон. Спас его Сагайдачный. Со своим авторитетом и польскими обещаниями он поднял 20 тыс. казаков и ринулся к Москве с юга. По пути разорял и сжигал города – Ливны, Путивль, Рыльск, Курск, Валуйки, Елец, Лебедянь, Данков, Скопин, Ряжск, Каширу, Касимов. Царское правительство принялось передергивать полки на новое направление, но это привело к тому, что к Москве прорвались и Владислав, и Сагайдачный. Пошли на штурм с двух сторон, ворвались в посады. Однако в уличных боях ратники Пожарского порубили и выкинули их. Королевич отступил, и после этого наконец-то завязались переговоры, было заключено Деулинское перемирие.
Но едва война завершилась, обо всех обещаниях, которые надавали казакам, было забыто. Никто не собирался признавать какие-то их права. Реестр увеличили только до 3 тыс. Гонения на веру возобновились с новой силой. Полоцкий униатский епископ Иоасаф Кунцевич позакрывал православные храмы в Восточной Белоруссии. А у короля не было денег, за долги он расплачивался с магнатами бенефициями – православными епископиями, монастырями, даже отдавал их в приданое за дочерьми. Паны-католики становились владельцами этих бенефиций, закрывали храмы, передавали униатам. Казаки забурлили, но Сагайдачный удержал их от восстания. Пытался все-таки договориться с польскими властями, они упирались. Тогда гетман отправил посольство в Россию, просил царя Михаила Федоровича принять Запорожское войско в свое подданство.
В Москве отнеслись к этому осторожно. Сагайдачному не доверяли, память о погроме южных городов была слишком свежей. Да и возобновлять войну с поляками для разоренной страны было невозможно. Послов заверили, что готовы дружить, но для решения вопроса о подданстве еще не пришло время. Не исключено, что Сагайдачный всего лишь пугал панов обращением к царю. Но он и сам предпринимал энергичные меры. Объявил, что Запорожское войско в полном составе вступает в Киевское православное братство, будет защищать его. А в Москву в это время приехал патриарх иерусалимский Феофан. Невзирая на тяжелое положение, царское правительство помогло единоверцам, выделило кое-какие средства. Казачьи послы по поручению гетмана обратились к Феофану с просьбой восстановить православные структуры в Речи Посполитой. Патриарх согласился. На обратном пути, в марте 1620 г., он остановился в Киеве, рукоположил в сан митрополита Иова Борецкого, пятерых епископов. Хотя при этом Феофан наложил на казаков запрет – никогда больше не ходить войной на Россию.