На исторический факультет Саратовского госуниверситета в 1945 году его приняли, но когда через пять лет он завершил учебу с «красным дипломом», то мечту об аспирантуре Кировскому стипендиату Борису Козенко пришлось оставить. Надзирающие органы забраковали кандидатуру сына бывшего военнопленного. Пришлось удовольствоваться предложенной должностью лаборанта на кафедре истории средних веков СГУ, хотя специализировался Б.Д. Козенко по новой истории США. Его диплом, получивший на защите высшую оценку, был посвящен внешней политике США в годы Первой мировой войны.
Через год, в 1951 году, Борис Дмитриевич принимает предложение из Тюмени и становится преподавателем местного педагогического института. Семь лет жизни и работы в Тюмени – время становления преподавателя истории, лектора.
После XX съезда и разоблачения «культа личности» у него, наконец, появляется надежда всерьез заняться наукой. В 1958 году Б.Д. Козенко возвращается в Саратовский университет на должность преподавателя кафедры новой истории. Там он получает рекомендацию Ученого совета для поступления в целевую аспирантуру Института истории АН СССР.
33-летний отец семейства уезжает из Саратова в Москву, где становится очным аспирантом Сектора истории США, где под руководством д.и.н. И.А. Белявской приступает к работе над диссертацией, посвященной проблемам рабочего движения в Соединенных Штатах в годы Первой мировой войны.
Сам БД считал запоздалые аспирантские годы лучшими в своей жизни. В Москве, под благожелательным попечительством тогдашнего заведующего Сектором, ныне академика Г.Н. Севостьянова, произошло становление Б.Д. Козенко, как ученого-американиста, его вхождение в круг советской академической американистики.
Итоги работы над кандидатской диссертацией, защищенной в Институте истории АН СССР, были представлены в его монографии, опубликованной в 1965 году. По окончании аспирантуры Б.Д. Козенко работал сначала старшим преподавателем, а затем доцентом кафедры новой и новейшей истории Саратовского университета. Здесь увидела свет его вторая монография, посвященная яркому лидеру и организатору американского рабочего движения Юджину Деббсу.
С первых научных публикаций Б.Д. Козенко заявил о себе как серьезный, скрупулезный, глубоко и широко мыслящий исследователь. Его отличала предельная требовательность к себе, к Источниковой и историографической базе проводимого исследования, не столь часто встречавшаяся даже в те, суровые для исторической науки времена. Что уж говорить о дне сегодняшнем, когда, при обретенной свободе творчества, до неприлично низкого уровня упала профессионально-нравственная планка, когда уровень многих диссертаций (а то и монографий) не превышает требований студенческого дипломного сочинения. Требовательным БД был и по отношению к своим ученикам, появившимся с конца 60-х годов. Пройти «школу Козенко» – означало получить своеобразный «знак качества».
Иногда бывает, что талантливый исследователь одновременно оказывается посредственным преподавателем. Б.Д. Козенко был хорош в двух этих ипостасях. На протяжении нескольких десятилетий лет он пользовался неизменной популярностью среди студентов, которых покорял не только обширностью познаний и глубиной суждений, но также свободной формой общения с ними. Его лекции отличались яркостью, образностью, тонкой иронией и психологизмом. В условиях жесткой идеологической цензуры он, как никто, умел говорить со своими слушателями на языке исторической правды, и студенты тянулись к нему. Это, разумеется, не могло нравиться «всевидящему оку». Когда в 1969 году в Саратове была арестована группа студентов, обвиненных в «антисоветской деятельности», подозрение в их идеологическом «совращении» пало на доцентов Б.Д. Козенко и Н.А. Троицкого – самых популярных лекторов исторического факультета СГУ. БД был тогда подвергнут партийной проработке, а его лекции стали негласно рецензироваться осведомителями местного управления КГБ.
Между тем, БД никогда не был ни антисоветчиком, ни диссидентом. Он лишь органически не выносил неизжитый после 1956 года сталинизм, считая его главным источником всех наших бед. До конца дней профессор Козенко оставался неисправимым «шестидесятником», который, в отличие от многих своих сверстников и коллег, не отрекся от убеждений молодости.