Во второй половине дня 19 апреля два американских эсминца «Муррей» и «Итон» приблизились к побережью залива Свиней, чтобы эвакуировать десант, но после нескольких выстрелов в их сторону из танковых орудий ушли в открытое море. Решив, что их бросили на произвол судьбы, основная часть бойцов бригады 2506 капитулировала в 17.30 19 апреля. Зачистка местности с поиском пытавшихся спрятаться эмигрантов продолжалась еще пять дней.
Американские эсминцы «Итон», «Муррей», «Конвей» и «Кони», подлодка «Тредфин» и летающая лодка ЦРУ «Каталина» 21–22 апреля смогли спасти от 24 до 30 бойцов бригады 2506.
Опять встал вопрос о возможной высадке американской морской пехоты. Некоторые из участников совещаний советовали Кеннеди организовать высадку на Кубу войск стран – членов Организации Американских Государств, в частности, Никарагуа. Кеннеди эти советы отвверг. Создание коалиции и формирование группировки войск требовали значительного времени, а времени уже не было.
Утром 20 апреля Кеннеди вызвал к себе своего недавнего соперника по выборам Ричарда Никсона и прямо спросил: «Что делать с Кубой?» Никсон ответил: «Я бы поискал подходящее юридическое обоснование и пошел бы на американскую вооруженную интервенцию на Кубе». Совет Никсона был вполне разумен. Пока существовало марионеточное правительство Кубинского Революционного совета, можно было сослаться на его обращение и задействовать для вторжения на Кубу все боеспособные американские силы, которые в тот момент оказались бы под рукой, включая гарнизон Гуантанамо. Отсутствие предварительного плана их использования, конечно, затрудняло дело, но не могло служить непреодолимым препятствием, хотя и могло привести к дополнительным потерям среди американских военнослужащих. Однако армия Кастро все равно не смогла бы долго сопротивляться превосходящей американской мощи. И тогда бы не было Карибского кризиса.
Но Кеннеди это предложение отклонил, сославшись на то, что рисковать нельзя, ибо возможны ответные меры СССР в Западном Берлине. Однако Хрущев позднее признавал в мемуарах, что в случае американского вторжения на Кубу в апреле 1961 года Советский Союз еще не думал из-за Кастро оккупировать Западный Берлин с риском вызвать третью мировую войну.
В ходе боев в заливе Свиней кубинские регулярные силы потеряли 176 убитых. Кроме того, потери кубинской народной милиции в боях составили, по разным оценкам, от 500 до 4 тыс. убитыми, ранеными и пропавшими без вести. Потери бригады 2506 составили 114 убитых и 1202 пленных. Из числа последних 9 задохнулись во время транспортировки в закрытом грузовике. Кроме того, кубинские ВВС потеряли погибшими 6 летчиков, а антикастровские силы – 14 летчиков, включая 10 эмигрантов и 4 американских граждан. Во время налетов на кубинские аэродромы было убито 7 и ранено 53 гражданских лица.
В дальнейшем пятеро пленных были приговорены к смертной казни, и трое из них были действительно казнены. Остальным дали по 30 лет тюрьмы. В апреле 1962 года в США были репатриированы 60 раненых и больных пленных. 21 декабря 1962 года между Фиделем Кастро и американским представителем адвокатом Уильямом Б. Донованом было подписано соглашение о репатриации в США 1113 уцелевших к тому времени бойцов бригады 2506 в обмен на продовольствие и медикаменты на сумму 53 млн долларов, собранных в качестве благотворительной помощи. Именно в такую сумму Кастро оценил ущерб от вторжения. С Кубы не вернулось 29 пленных, из которых не менее 3 были казнены, а 9 задохнулись при транспортировке. Остальные, возможно, тоже были расстреляны или умерли в тюрьме.
28 декабря 1962 года Кеннеди с супругой и малолетним сыном Джоном приняли парад возвращенных пленников в присутствии 40 тыс. зрителей. Президенту вручили знамя бригады 2506, и он пообещал: «Заверяю вас, что это знамя будет возвращено бригаде в освобожденной Гаване!» Это обещание не было выполнено ни им, ни его преемниками. Знамя вернули ветеранам высадки в заливе Свиней в апреле 1976 года, когда надежды на свержение Кастро казались несбыточными. Жаклин произнесла короткую речь на испанском. Этим все и кончилось.
Президент Кеннеди с супругой на встрече с уцелевшими участниками высадки в заливе Свиней
Кеннеди свалил ответственность за провал высадки в заливе Свиней на ЦРУ и своих советников. Но ведь никто не мешал ему отложить осуществление операции, чтобы привлечь к ее осуществлению более значительные силы, включая американские войска.
Почти два года спустя, 21 января 1963 года, министр юстиции Роберт Кеннеди заявил, что ни один американец не погиб во время боев в заливе Свиней. Но уже 25 февраля его уличили во лжи. Сенатор-республиканец от Иллинойса Эверетт Дирксен заявил, что тогда погибли четверо американских летчиков. 6 марта 1963 года на пресс-конференции Кеннеди вынужден был признать, что четыре американца действительно погибли, но характер их миссии не позволяет обнародовать обстоятельства их гибели и их имена.