Во главе Исполнительного Комитета встала администрация, Распорядительная комиссия в составе Александра Михайлова, Льва Тихомирова и Александра Квятковского. По мере развития событий руководство «Народной волей» осуществлял совет из тех членов Исполнительного Комитета, которые в определенный момент находили в Петербурге. В случае ареста все договорились называть себя агентами Исполнительного Комитета, чтобы он всегда оставался для полиции, жандармов, властей, общества неуловимым и грозным. Несколько народовольцев обладали большими политическими дарованиями, теоретическими знаниями, организаторскими способностями, являлись великолепными конспираторами, талантливыми ораторами и пропагандистами, техниками и оружейниками, мужественными людьми неукротимой воли, неуклонно добивавшимися общей цели. Эти невозможные люди объявили войну самодержавной власти и атаковали Александра II, стоявшего во главе государственной чиновничье-бюрократической машины – Молоха, которому приносились в массовую жертву экономическое благосостояние ста миллионов подданых и все права человека и гражданина. Вскоре Фридрих Энгельс писал на всю Европу: «В России – два правительства: царя и тайного Исполнительного Комитета заговорщиков-террористов».
К осени 1879 года Александр Михайлов с соратниками полностью создал инфраструктуру партии. Была налажена и отработана система жесткой конспирации с шифрами, предупреждающими сигналами, паролями, создана сеть конспиративных квартир с базовыми, центральными, с запасами продуктов, одежды для переодевания, оружия, средствами для гримирования, неприкосновенным запасом денег. Одна из центральных квартир находилась в Лештуковском переулке, между Гостиным двором и Витебским вокзалом. Недалеко от нее, в Троицком переулке, у Пяти углов, располагалась динамитная мастерская Николая Кибальчича, постоянно, на глазах у дворников, полиции, сыщиков, которых народовольцы называли «подошвами» и «пауками», снабжавшаяся всем необходимым для производства бомб, мин и ручных взрывных устройств. Третье отделение годами пыталось ее обнаружить, но так и не могло, что привело к его ликвидации. Центральная квартира, в которой часто встречались члены Исполнительного Комитета, была в доме 25 по Вознесенскому проспекту, между Мариинским театром и Сенной площадью. Именно здесь в ночь на 1 марта народовольцы во главе с Софьей Перовской и Николаем Кибальчичем сумели собрать четыре ручных бомбы, запалы к которым им передали офицеры из Кронштадта. Бомбы ранним утром сами Перовская и Кибальчич пронесли по Садовой улице мимо Сенной улицы, Гостиного двора, по Невскому проспекту мимо Аничкова дворца, где жил цесаревич Александр, мимо Московского вокзала до Тележной улицы, где четыре бомбы были переданы метальщикам И. Гриневицкому, Н. Рысакову, Т. Михайлову и А. Емельянову. В Саперном переулке, между Михайловским и Таврическими дворцами, находилась тайная Вольная типография, после захвата в январе 1880 года восстановленная на Подольской улице. В особой конспиративной квартире располагался народовольческий паспортный стол.
Александр Михайлов снял квартиру на Фонтанке, напротив Третьего отделения, и почти полгода смотрел за входом в политическую полицию. Он знал в лицо не только всех руководителей Третьего отделения, но и всех жандармских и полицейских офицеров, даже всех филеров не только Петербурга, но и многих других российских городов. Михайлов знал все петербургские проходные дворы. Он всему, что знал, обучал народовольцев и контролировал соблюдение условий конспирации. Михайлов часто прикрывал товарищей во время различных акций, спасая им жизнь. Один народоволец позднее рассказывал товарищам: «Я должен был сбежать с квартиры и скоро заметил упорное преследование. Я сел в конку, потом на извозчика. Ничего не помогло. Наконец мне удалось, бегом пробежавши рынок, вскочить в вагон с другой стороны. Я потерял из виду своего преследователя, но не успел вздохнуть свободно, как вдруг входит в вагон шпион, мне прекрасно известный: он постоянно присутствовал при всех проездах царя и выследил меня на мою квартиру, откуда я сбежал. Я был в полном отчаянии, но в то же мгновение совершенно неожиданно вижу – по улице идет Александр Михайлов. Я выскочил из вагона с другого конца и побежал вдогонку. Догнал, быстро прохожу мимо и говорю, не поворачивая головы: «Меня ловят». Александр, тоже не взглянувши на меня, ответил: «Иди вперед». Я пошел, а он в это время осмотрелся, что такое за мной делается. Через минуту он догоняет меня, проходит мимо и говорит: «Номер 37, во двор, через двор на Фонтанку, номер 50, опять во двор. Догоню». Я пошел, увидел скоро номер 37, иду во двор, который оказался очень тесным с какими-то закоулками, и вдруг неожиданно очутился на Фонтанке. Тут я в первый раз поверил в свое спасение. Скоро на Фонтанке оказался другой заворот, а за ним номер 50: прекрасное место, чтобы исчезнуть неожиданно. Вхожу во двор, смотрю, а там уже стоит Михайлов. Оказалось, что этот двор тоже проходной. Он отвез меня на квартиру!»