В начале 1957 г. капитан 1 ранга Анатолий Антонович Рулюк вступает в должность командира 125-й бпл (Камчатка, б. Крашенинникова) вместо убывшего к новому месту службы капитана 1 ранга Ивана Максимовича Руденко. В августе 1957 г. пл С-237 под командованием капитана 3 ранга Леонида Александровича Плесуна, перейдя Северным морским путем в составе ЭОН из Полярного на Камчатку, вошла в состав 125-й бпл. Командир БЧ-3 подводной лодки старший лейтенант Анатолий Батаршев вспоминает:
«Для нас, младших офицеров капитан 1 ранга А. А. Рулюк был непререкаемым авторитетом. Этот авторитет в наших глазах ещё более вырос, когда мы узнали, что он ещё штурманом служил на пл Щ-215 у самого Михаила Васильевича Грешилова на Черноморском флоте в период Великой Отечественной войны. Анатолий Антонович был волевым, настойчивым и требовательным военмором. Может быть, иногда он и допускал грубость по отношению к нерадивым офицерам, но мы-то знали: если он распекал кого-либо, то за дело. Запомнился он нам как требовательный, но справедливый комбриг».
К исходу первой недели июня 1962 г. штат 54-й обпл был полностью сформирован. Заместителем комбрига был назначен капитан 2 ранга Валентин Иванович Синельников. Начальником политотдела – капитан 2 ранга Александр Васильевич Каменев, помощником начПО по комсомольской работе – старший лейтенант Альберт Иматутдинович Гаджиев. Кстати, это – младший брат прославленного подводника Героя Советского Союза М. И. Гаджиева, командира дивизиона подводных лодок. Впервые на Севере во время Великой Отечественной войны подводные лодки К-2 и К-3 этого дивизиона применили для атаки артиллерийские орудия. Артиллерийским огнем при стрельбе 100-мм орудием с подводной лодки К-2 был повреждён транспорт, а при вынужденном всплытии с пл К-3 артиллерийским огнём потоплены сторожевой корабль и катер фашистов. В обоих случаях на подводных лодках в море выходил М. И. Гаджиев.
Начальником штаба бригады был назначен капитан 1 ранга Фёдор Диомидович Гришелёв, помощником начальника штаба – капитан-лейтенант Пётр Фёдорович Старостин.
Флагманскими специалистами стали: флагманским штурманом – капитан 3 ранга Анатолий Забарин, флагманским минёром – капитан-лейтенант Анатолий Батаршев, флагманским связистом – капитан-лейтенант Михаил Грищенко, флагманским специалистом РТС – капитан 3 ранга Николай Шмаков, флагманским врачом – майор м/с Альберт Максимов (на переходе двух подводных лодок в Индонезию в 1959 году он был врачом на пл С-71), флагманским механиком – капитан 3 ранга Виталий Иванов, помощником флагманского механика – инженер-капитан-лейтенант Олег Ребров.
К назначенному сроку определились и со штатами плавбазы Аяхта: командир – капитан 3 ранга Михаил Пантелеевич Воронов, заместитель командира по политчасти – капитан 3 ранга Трофимов, командир БЧ-3 – лейтенант Иван Степанченко, о котором говорилось выше.
Плавбаза Аяхта, как и аналогичная ей плавбаза Бахмут, была построена в качестве плавмастерской в ГДР в 50-х годах прошлого столетия. Оба корабля были дооборудованы в Ленинграде под плавбазы подводных лодок. Аяхта имела водоизмещение (полное) 5500 т. При мощности паровой машины 2 800 л. с. она развивала скорость 14 узлов. Основные её размерения: длина – 102,4 м, ширина – 14,4 м, осадка – 5,5 м. Экипаж корабля состоял из 120 чел. Плавбаза имела неплохо оборудованные механическую и торпедную мастерские.
За две недели до выхода в поход всему личному составу бригады сделали прививки против тропической лихорадки и язвы, ещё против каких-то болезней. В санчасти бригады ставили два укола – один в руку, другой – под лопатку. На следующий день после этого многие чувствовали себя скверно, разламывалась голова, некоторых бил озноб. При обращении к врачам санитарной части те отвечали, что всё естественно, это – реакция на уколы и свидетельство того, что прививка даёт качественный результат. Действительно, уже на третий день болезненные симптомы прошли, никаких осложнений со здоровьем моряков не происходило.