В январские выборы 1929 года впервые в состав действительных членов Академии наук были избраны несколько коммунистов или близких к ним. Чтобы ввести в состав академии коммунистов, нужно было прежде всего создать кадры коммунистических ученых и изменить устав академии. Натиск правительства на академию начался в 1926 году. В следующем году был издан новый устав академии. Бок о бок с президентом и непременным секретарем был учрежден коллективный совет. Задачей академиков была объявлена не только научная деятельность, но и содействие социалистическому строительству. Число членов академии было увеличено с 45 до 85. Право номинации кандидатов для дополнительных выборов было предоставлено не только академикам, но и «общественным организациям». В такой обстановке проходили выборы новых академиков. Все кандидатуры сначала обсуждались в комиссиях академии. В некоторых комиссиях обсуждение было бурным. Многие академики роптали на вмешательство коммунистической партии в жизнь академии. Вернадский был во главе их.
Несмотря на введение коммунистов в состав АН СССР, последняя все еще сохраняла свою автономию, хотя и урезанную. В 1929 году была произведена чистка служебного персонала академии. Большинство служащих были объявлены обломками старого режима; многие из них арестованы, другие изгнаны со службы. Особой критике подверглись некоторые учреждения при академии, такие как Азиатский музей (во главе которого стоял Ольденбург), Комиссия по изучению естественных производительных сил (возглавляемая Вернадским) и Пушкинский Дом (во главе которого стоял историк С. Ф. Платонов).
В 1929 году было сфабриковано «архивное дело». Распоряжением Совнаркома С. Ф. Ольденбург был смещен с должности непременного секретаря, а академия реорганизована. Его имя не исчезло из советских энциклопедий и справочников, об С. Ф. Ольденбурге упоминали, как правило, в монографиях, посвященных истории востоковедения и Академии наук. Но вместе с тем стена молчания вокруг «незапрещенного» имени оказалась настолько прочной, что первые, после некрологических статей 1930-х годов, работы о нем появились ровно через 50 лет после кончины С. Ф. Ольденбурга.
Д. И. Шаховской откликнулся на отставку С. Ф. Ольденбурга в письме В. И. Вернадскому от 13 ноября 1929 года: «Очень интересно это распоряжение: уволен! Обрел волю от ярма. Мы были страшно поражены, как я думаю tout lе monde (все вокруг,
По-разному друзья С. Ф. Ольденбурга относились к его деятельности в Академии наук: от сочувствия и понимания до крайнего негативизма. 4 февраля 1938 года Е. Г. Ольденбург писала Д. И. Шаховскому: «Наша первая встреча весною 1925 г. в квартире Корниловых. Я ее хорошо помню. У меня в душе было чувство, что я чужая среди чужих мне людей… И скажу больше, у меня был такой осадок, что в сущности и у Сергея мало общего
В. И. Вернадский в основном поддерживал курс С. Ф. Ольденбурга, но в ряде случаев считал его уступки чрезмерными. В 1929–1930 годах наряду с физиологом И. П. Павловым он возглавлял академическую оппозицию грубому нажиму власти. Д. И. Шаховской был далек от внутриакадемических дел, но не от С. Ф. Ольденбурга. 19 декабря 1934 года он писал Е. Г. Ольденбург: «Я во многом не согласен был с линией поведения Сергея. Но в его служении интересам общественным и, в частности, интересам Академии я видел великий подвиг, им на себя принятый и честно им исполненный… Была у Ольденбургов и вообще какая-то монашеско-рыцарская потребность жертвы».
Наиболее непримиримо настроенным по отношению к С. Ф. Ольденбургу среди друзей оказался И. М. Гревс. В его переписке с Д. И. Шаховским завязался спор о С. Ф. Ольденбурге. Так, Д. И. Шаховской убеждал друга, что, несмотря на их несогласие «с Сергеем и по философским и по практическим вопросам», что даже и «спорить не приходится — а приходится более или менее почтительно молчать», необходимо поддерживать его. Если он провозглашает лозунг культурной революции, а «мы испокон века культурные революционеры», то «тут недостаточно сомневаться, соглашаться, размышлять, надо встать под этим знаменем и найти свое место в рядах», — настаивал Д. И. Шаховской.