Но тут в дело вмешалась Английская революция (1642–1649), а в Ирландии тем временем начался семилетний период беспорядочных стычек и борьбы между разными фракциями. После окончания Английской революции, с победой парламентской армии Оливера Кромвеля и казнью короля Карла в 1649 году, Ирландия оказалась полностью беззащитна перед силами английского парламента. Почти никто из политических лидеров в Ирландии не желал подобного развития событий. Но в 1649 году Кромвель со своей армией высадился в Ирландии – при этом его целью было отомстить ирландцам не за попытку перехватить политическую власть в стране, а за действия, которые он расценивал как религиозное католическое восстание. В 1649 году произошла резня в Дроэде (которая сохраняла верность Карлу), Вексфорде и других городах Ленстера. Первые сражения развернулись на севере и востоке, но вскоре война переместилась на юг и запад. В 1651 году был захвачен Лимерик вместе с другими значимыми областями Манстера. В 1652 году пал Голуэй, что позволило завоевательной армии Кромвеля получить более или менее полный контроль над островом.
Гибель населения в ходе боевых действий была лишь одним из факторов опустошительного кромвелевского завоевания. Не менее суровым было воздействие на сельское хозяйство и экономику страны. Разрушительные сражения и изгнание католиков с их земель повлекли за собой голод и болезни (в виде вспышки бубонной чумы). По разным оценкам, от войн, голода и болезней в этот период скончалось от 20 до 50 % населения Ирландии.
Кромвеля в конечном счете интересовали ирландские земли и потенциальный доход, который они могли принести. И именно кромвелевское поселение, начавшееся после завоевания, оставило в истории страны наиболее долгий след. Католические лендлорды, участвовавшие в восстании, лишились своих земель и даже права владеть землей. Тем католическим лендлордам, которые не принимали участия в восстании, выделили некоторые доли от их прежнего владения. Однако это были не те участки земли, что принадлежали им раньше. Ирландию поделили на две части. Католикам, не участвовавшим в восстании, давали земли в Коннахте и графстве Клэр – наименее плодородных районах Ирландии. (Эта политика нашла отражение в поговорке того времени, предлагавшей католикам «отправляться в ад или ехать в Коннахт».) Остальные земли были либо конфискованы для уплаты государственных долгов, либо розданы солдатам и офицерам армии Кромвеля. При этом кромвелевские поселения были совершенно не похожи на поселения и плантации при первых Стюартах. Большинство военных, получивших землю в Ирландии, продавали ее местным протестантским землевладельцам и возвращались в Англию. Никто не собирался строить города или основывать протестантские общины там, где их раньше не было. Однако структура землевладения, а вместе с ней и характер высших классов в Ирландии претерпели самые серьезные изменения.
Конец Протектората Кромвеля и восстановление на английском престоле Карла II принесли надежду на отмену кромвелевских поселений в Ирландии. Но Карлу II было нелегко одновременно удовлетворить запросы верных католиков в Ирландии и прислушиваться к требованиям протестантского английского парламента и кромвелевских поселенцев. Был достигнут непростой компромисс, по которому католикам, которые сохранили верность Карлу I (то есть не принимали участия в восстании), следовало возвратить часть их земель, а кромвелевцы должны были получить компенсацию за те земли, которые им придется вернуть. Однако осуществить это на практике оказалось очень трудно. Кромвелевцы сопротивлялись возвращению земель, поэтому многим католикам так и не удалось вернуть себе никакие владения. Некоторые лишившиеся земли католики «подались в тори» (стали изгоями) – они устраивали временные стоянки в лесах и на холмах, откуда совершали набеги на поселения. До начала Английской революции католикам в Ирландии принадлежало примерно 60 % земель. После того как страсти вокруг реставрации Карла II и земельных соглашений (Актов о поселении) улеглись, в собственности у католиков осталось примерно 20 % земель в стране. Естественно, подобное положение вызвало у католиков, хранивших верность английской короне, глубокое и продолжительное негодование.